TkA04G201940 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G201940

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 51916866-51917292 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

360 bp · TkA04G201940|TK1151|cDNA

ATGGAGGAGCCTAATTGGGGGCTAAACCTAAGGATTTGCGCCATGATTAACAGTGAAGAGTTCAACGGAACGGAAATCGTGAAAGCGATTAAGAAGAAGATTGGGTCGGGTAAGAGCGCGATTAATCAGCGGCTGAGCCTTGATTTGTTGGAGATGTGTACGTCGAACTGCGATAAGGTGTTCTCGGAGGTCGCGTCGGAGAAAGTGCTTGAGGATATGGTTGCGATGGTTCAGGATGTTCGGACTGATGAACGGAATAG...

CDS

下载 CDS FASTA

360 bp · TkA04G201940|TK1151|CDS

ATGGAGGAGCCTAATTGGGGGCTAAACCTAAGGATTTGCGCCATGATTAACAGTGAAGAGTTCAACGGAACGGAAATCGTGAAAGCGATTAAGAAGAAGATTGGGTCGGGTAAGAGCGCGATTAATCAGCGGCTGAGCCTTGATTTGTTGGAGATGTGTACGTCGAACTGCGATAAGGTGTTCTCGGAGGTCGCGTCGGAGAAAGTGCTTGAGGATATGGTTGCGATGGTTCAGGATGTTCGGACTGATGAACGGAATAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

119 aa · TkA04G201940|TK1151|PROTEIN

MEEPNWGLNLRICAMINSEEFNGTEIVKAIKKKIGSGKSAINQRLSLDLLEMCTSNCDKVFSEVASEKVLEDMVAMVQDVRTDERNRTKAVQLIRAWGESEELMYLPVFRQTHLEAMWL

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G201940`
TK1151 ID	TkA04G201940
OH-1004 ID	LXL04_035441
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	49.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 94.958 / OH-1004 26.218 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G201940

位置 Chr04:51916866-51917292 (+)

描述 Similar to TOL1: TOM1-like protein 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g06210`	在体外结合泛素。	暂无已核实直接文献
`At5g16880`	可能有助于ESCRT机械装置的装载。	暂无已核实直接文献
`At4g32760`	可能有助于ESCRT机械装置的装载。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035441 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0043328 protein transport to vacuole involved in ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0035091 phosphatidylinositol binding 分子功能

GO:0043130 ubiquitin binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G06210

ath:AT1G21380

ath:AT1G76970

ath:AT4G32760

ath:AT5G16880

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.574

排名 1 · TkA04G201940 · TK1151

细胞核0.373

排名 2 · TkA04G201940 · TK1151

细胞膜0.142

排名 3 · TkA04G201940 · TK1151

高尔基体0.079

排名 4 · TkA04G201940 · TK1151

线粒体0.073

排名 5 · TkA04G201940 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00790VHS2-99 aa

PF27287YomO9-45 aa

PF28366GAMMACA1_C11-34 aa

PF11841ELMO_ARM26-96 aa

PF13238AAA_1834-99 aa

PF28366GAMMACA1_C48-71 aa

PF27287YomO54-90 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G201940	`PF00790`	VHS	2	99	1.5e-16	61.2
TkA04G201940	`PF27287`	YomO	9	45	0.019	15.4
TkA04G201940	`PF28366`	GAMMACA1_C	11	34	0.005	17.5
TkA04G201940	`PF11841`	ELMO_ARM	26	96	0.0042	17.7
TkA04G201940	`PF13238`	AAA_18	34	99	0.055	14.7
TkA04G201940	`PF28366`	GAMMACA1_C	48	71	0.005	17.5
TkA04G201940	`PF27287`	YomO	54	90	0.019	15.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LNC6`	拟南芥	sp\|Q9LNC6\|TOL2_ARATH TOM1-like protein 2	65.800%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LFL3`	拟南芥	sp\|Q9LFL3\|TOL1_ARATH TOM1-like protein 1	52.600%	Swiss-Prot	高置信
`Q8L860`	拟南芥	sp\|Q8L860\|TOL9_ARATH TOM1-like protein 9	39.800%	Swiss-Prot	中等置信

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