TkA04G191070 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G191070

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 49301284-49305074 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2118 bp · TkA04G191070|TK1151|cDNA

ATGAAACCTTGACCTTGGTGCAATTGAAGTGCGAATCCGCCTGTTCGCTCACAAAATCACACCCAAATTTTACAGCTCTTCCCCCTTTCTTTCGACTCTCTCTCTTCCCCCCGACATTACTTCACAAATCAAACTTTCCAATTCACAGCAACGAACCCACCAAAGATCGAACAACACTTCCAGAAAAATCCGTAAATTCTGACGGCCCCCATTCATGGATTTATCGGAGCAAGAGGTAGACTTGTTCGGTGATTTGGAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1632 bp · TkA04G191070|TK1151|CDS

ATGGATTTATCGGAGCAAGAGGTAGACTTGTTCGGTGATTTGGAATTCGAAAACGAAGATACCCATAAAAAGGAAGAAGATAGCCAACAATCCTCGTCATCTTCATCGTCATCGTCATCTGGTGGGTCGTCTTCCTCGTATTCATCTTCCAATCGCAGCAGTAGCGGAGGAGCGGGAAGTGGCAGTGGCAGTGATAGCAGCGGCGGTTCCGTCAGTCGTGGCGCTGCTGGCGGCGATGCTGGTGGTGCGGCTGTGGCTGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

543 aa · TkA04G191070|TK1151|PROTEIN

MDLSEQEVDLFGDLEFENEDTHKKEEDSQQSSSSSSSSSSGGSSSSYSSSNRSSSGGAGSGSGSDSSGGSVSRGAAGGDAGGAAVAGAEEVDEEEDNGEVKSSYYNQQYGYDDDYNVVEEDKDLFGSDNDEYVKTQIASPFPVPVLPQPPARNTNNPSRGGYGRGGRWQNDRGGAGILPRPGGGPFPQRQNYGYGSKFYAPRNDERFVSELKFSKSEETLSRKVIAFQEPSELGCYSRVESGEVYFDDSSLRLFKRLITE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G191070`
TK1151 ID	TkA04G191070
OH-1004 ID	LXL04_029860
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G191070

位置 Chr04:49301284-49305074 (-)

描述 Similar to At4g17620: Decapping nuclease DXO homolog, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g17620`	NAD帽RNA的去帽酶：通过从NAD帽RNA的5'末端移除整个NAD部分，特异性水解部分RNA的烟酰胺腺嘌呤二核苷酸（NAD）帽。	Arabidopsis DXO1 links RNA turnover and chloroplast function independently of its enzymatic activity.2019 · DOI: 10.1093/nar/gkz100

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029860 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000448 cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) 生物过程

GO:0000956 nuclear-transcribed mRNA catabolic process 生物过程

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0006402 mRNA catabolic process 生物过程

GO:0030846 termination of RNA polymerase II transcription, poly(A)-coupled 生物过程

GO:0031087 deadenylation-independent decapping of nuclear-transcribed mRNA 生物过程

GO:0050779 RNA destabilization 生物过程

GO:0071028 nuclear mRNA surveillance 生物过程

GO:0071035 nuclear polyadenylation-dependent rRNA catabolic process 生物过程

GO:0090304 nucleic acid metabolic process 生物过程

GO:0110154 RNA decapping 生物过程

GO:0110155 NAD-cap decapping 生物过程

KEGG 基因交叉引用

afm:AFUA_6G05060

ani:ANIA_06514

ath:AT4G17620

ncr:NCU04191

xla:496313

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.524

排名 1 · TkA04G191070 · TK1151

细胞核0.480

排名 2 · TkA04G191070 · TK1151

线粒体0.089

排名 3 · TkA04G191070 · TK1151

内质网0.061

排名 4 · TkA04G191070 · TK1151

细胞膜0.056

排名 5 · TkA04G191070 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07218RAP17-93 aa

PF27836GIP47-64 aa

PF10500SR-2517-56 aa

PF22584CFAP14327-96 aa

PF08652RAI1228-530 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G191070	`PF07218`	RAP1	7	93	1.8	7.5
TkA04G191070	`PF27836`	GIP4	7	64	5.5	6.1
TkA04G191070	`PF10500`	SR-25	17	56	0.31	11.3
TkA04G191070	`PF22584`	CFAP143	27	96	6.2	7.2
TkA04G191070	`PF08652`	RAI1	228	530	2.6e-87	293.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8RY73`	拟南芥	sp\|Q8RY73\|DXO_ARATH NAD-capped RNA hydrolase DXO1	71.000%	Swiss-Prot	高置信

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