LXL04_029860 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_029860

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 102333915-102337485 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1819 bp · LXL04_029860|LXL04_029860|OH1004|cDNA

TGCGAATCCGCCTGTTCGCTCACAAAATCACACCCAAATTTTACAGCTCTTCCCCCTTTCTTtcgactctctctctcttcccCCCGACATTACTTCACAAATCGAACTTTCCAATTCACAGCACCGAACCCACCAAAGATCGAACAACACTTCCAGAAAAATCCGTAAATTCTGACGGCCCCCATTCATGGATTTATCGGAGCAAGAGGTAGACTTGTTCGGTGATTTGGAATTCGAAAATGAAGATACCCATAAAAAGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1632 bp · LXL04_029860|LXL04_029860|OH1004|CDS

ATGGATTTATCGGAGCAAGAGGTAGACTTGTTCGGTGATTTGGAATTCGAAAATGAAGATACCCATAAAAAGGAAGAAGATAGCCAACAATCCTCGTCATCTTCATCGTCATCGTCATCTGGTGGGTCGTCTTCCTCGTATTCATCTTCCAATCGCAGCAGTAGCGGAGGAGCGGGAAGTGGCAGTGGCAGTGATAGCAGCGGCGGTTCCGCCAGTCGTGGCGCTGCTGGCGGCGATGCTGGTGGTGCGGCTGTGGCTGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

543 aa · LXL04_029860|LXL04_029860|OH1004|PROTEIN

MDLSEQEVDLFGDLEFENEDTHKKEEDSQQSSSSSSSSSSGGSSSSYSSSNRSSSGGAGSGSGSDSSGGSASRGAAGGDAGGAAVAGAEEVEEEEDNGEVKSSYYNQQYGYDDDYNVVEEDKDLFGSDNDEYVKTQIASPFPVPVLPQPPARNTNNPSRGGYGRGGRWQNDRGGAGILPRPGGGPFPQRQNYGYGSKFYAPRNDERFVSELKFSKSEETLSRKVIAFQEPSELGCYSRVESGEVYFDDSSLRLFKRLITE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_029860`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_029860

位置 Chr06:102333915-102337485 (+)

描述 Similar to At4g17620: Decapping nuclease DXO homolog, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g17620`	NAD帽RNA的去帽酶：通过从NAD帽RNA的5'末端移除整个NAD部分，特异性水解部分RNA的烟酰胺腺嘌呤二核苷酸（NAD）帽。	Arabidopsis DXO1 links RNA turnover and chloroplast function independently of its enzymatic activity.2019 · DOI: 10.1093/nar/gkz100

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029860 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000448 cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) 生物过程

GO:0000956 nuclear-transcribed mRNA catabolic process 生物过程

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0006402 mRNA catabolic process 生物过程

GO:0030846 termination of RNA polymerase II transcription, poly(A)-coupled 生物过程

GO:0031087 deadenylation-independent decapping of nuclear-transcribed mRNA 生物过程

GO:0050779 RNA destabilization 生物过程

GO:0071028 nuclear mRNA surveillance 生物过程

GO:0071035 nuclear polyadenylation-dependent rRNA catabolic process 生物过程

GO:0090304 nucleic acid metabolic process 生物过程

GO:0110154 RNA decapping 生物过程

GO:0110155 NAD-cap decapping 生物过程

KEGG 基因交叉引用

afm:AFUA_6G05060

ani:ANIA_06514

ath:AT4G17620

ncr:NCU04191

xla:496313

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.525

排名 1 · LXL04_029860 · OH-1004

细胞核0.477

排名 2 · LXL04_029860 · OH-1004

线粒体0.090

排名 3 · LXL04_029860 · OH-1004

内质网0.062

排名 4 · LXL04_029860 · OH-1004

细胞膜0.056

排名 5 · LXL04_029860 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08652.18RAI1228-530 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_029860	`PF08652.18`	RAI1	228	530	3.7e-87	293.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8RY73`	拟南芥	NAD-capped RNA hydrolase DXO1	68.750%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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