RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G189220
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 48800018-48805082 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2498 bp · TkA04G189220|TK1151|cDNA

TACTTCTTCGCTTCAAGACGGCGTCGCACGTCACCCCAAGGGCCCAACGACCCACCACTCCTAGTAATAAAACCCCATCTAAATCCTCTTCCTGCATCTATACTCCCAATTTTGTTAAAAACGGAAGTTTTTTCTACTACACTACTCAGGATGGGAGGAACATCAACGATCTCTGTTGGCTCCGATGGGGTGGCTATCATCACCATCATCAACCCACCTGTTAATTCACTTTCTCTCGATGTACTCAATAGCTTAAAAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

2328 bp · TkA04G189220|TK1151|CDS

TACTTCTTCGCTTCAAGACGGCGTCGCACGTCACCCCAAGGGCCCAACGACCCACCACTCCTAGTAATAAAACCCCATCTAAATCCTCTTCCTGCATCTATACTCCCAATTTTGTTAAAAACGGAAGTTTTTTCTACTACACTACTCAGGATGGGAGGAACATCAACGATCTCTGTTGGCTCCGATGGGGTGGCTATCATCACCATCATCAACCCACCTGTTAATTCACTTTCTCTCGATGTACTCAATAGCTTAAAAGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

775 aa · TkA04G189220|TK1151|PROTEIN

YFFASRRRRTSPQGPNDPPLLVIKPHLNPLPASILPILLKTEVFSTTLLRMGGTSTISVGSDGVAIITIINPPVNSLSLDVLNSLKDSFDQALQRDDVKAIVVTGAKGKFSGGFDISAFGGMHEGKAMSTGPSSKPGYVSIDILSDTLEAARKPSVAAIDGLALGGGLEIAMACHARIATSTAQLGLPELQLGVIPGFGGTQRLPRLVGLAKALEMMLTSKPVRGLEAHTLGLVDEIVPGDQLLQTARKYALDILERRKP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G189220
TK1151 IDTkA04G189220
OH-1004 IDLXL04_029884
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)92.400
蛋白覆盖度 (%)TK1151 95.226 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G189220
位置Chr04:48800018-48805082 (-)
描述Similar to Glyoxysomal fatty acid beta-oxidation multifunctional protein MFP-a
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g06860 参与种子萌发过程中的过氧化物酶体脂肪酸β-氧化。
The Arabidopsis thaliana multifunctional protein gene (MFP2) of peroxisomal beta-oxidation is essential for seedling establishment.2006 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2005.02650.x
The multifunctional protein in peroxisomal beta-oxidation: structure and substrate specificity of the Arabidopsis thaliana protein MFP2.2010 · DOI: 10.1074/jbc.m110.106005
Peroxisomal β-oxidation regulates histone acetylation and DNA methylation in Arabidopsis .2019 · DOI: 10.1073/pnas.1904143116
At4g29010 参与过氧化物酶体脂肪酸β-氧化。
A defect in beta-oxidation causes abnormal inflorescence development in Arabidopsis.1999 · DOI: 10.1105/tpc.11.10.1911
Jasmonate biosynthesis in Arabidopsis thaliana requires peroxisomal beta-oxidation enzymes--additional proof by properties of pex6 and aim1.2007 · DOI: 10.1016/j.phytochem.2007.04.024
The multifunctional protein in peroxisomal beta-oxidation: structure and substrate specificity of the Arabidopsis thaliana protein MFP2.2010 · DOI: 10.1074/jbc.m110.106005

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os02g0274100 参与脂肪酸 β-氧化的多功能酶。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029884 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006635 fatty acid beta-oxidation 生物过程
GO:0009695 jasmonic acid biosynthetic process 生物过程
GO:0009845 seed germination 生物过程
GO:0009908 flower development 生物过程
GO:0005730 nucleolus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005777 peroxisome 细胞组分
GO:0005829 cytosol 细胞组分
GO:0005874 microtubule 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
GO:0009505 plant-type cell wall 细胞组分
GO:0009506 plasmodesma 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G06860
ath:AT4G29010
bna:106389027
csv:101210295
dosa:Os02g0274100
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

过氧化物酶体0.527
排名 1 · TkA04G189220 · TK1151
线粒体0.208
排名 2 · TkA04G189220 · TK1151
细胞质0.207
排名 3 · TkA04G189220 · TK1151
质体0.097
排名 4 · TkA04G189220 · TK1151
细胞核0.058
排名 5 · TkA04G189220 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00378ECH_162-264 aa
PF16113ECH_274-245 aa
PF01343Peptidase_S49150-186 aa
PF01343Peptidase_S49224-249 aa
PF07992Pyr_redox_2359-400 aa
PF027373HCDH_N364-542 aa
PF07992Pyr_redox_2364-492 aa
PF03807F420_oxidored364-394 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G189220PF00378ECH_1622648.3e-42144.0
TkA04G189220PF16113ECH_2742455e-2589.4
TkA04G189220PF01343Peptidase_S491501860.09413.4
TkA04G189220PF01343Peptidase_S492242490.09413.4
TkA04G189220PF07992Pyr_redox_23594000.006316.7
TkA04G189220PF027373HCDH_N3645421.6e-61208.1
TkA04G189220PF07992Pyr_redox_23644920.006316.7
TkA04G189220PF03807F420_oxidored3643940.01716.4
TkA04G189220PF01266DAO3643920.02115.1
TkA04G189220PF03446NAD_binding_23643980.212.4
TkA04G189220PF16113ECH_23653785e-2589.4
TkA04G189220PF14838INTS5_C3864660.211.0
TkA04G189220PF007253HCDH5456383.5e-2795.5
TkA04G189220PF07992Pyr_redox_26476660.006316.7
TkA04G189220PF007253HCDH6807583.5e-2795.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9ZPI5拟南芥sp|Q9ZPI5|MFP2_ARATH Peroxisomal fatty acid beta-oxidation multifunctional protein MFP274.500%Swiss-Prot高置信
Q9ZPI6拟南芥sp|Q9ZPI6|AIM1_ARATH Peroxisomal fatty acid beta-oxidation multifunctional protein AIM158.200%Swiss-Prot高置信
Q8W1L6水稻sp|Q8W1L6|MFP_ORYSJ Peroxisomal fatty acid beta-oxidation multifunctional protein57.400%Swiss-Prot高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看