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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G188160
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 48482907-48487684 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

4089 bp · TkA04G188160|TK1151|cDNA

CCATTTTTCGTAGGGAGAGACAGCCCCATTGTCGGCGACCATGGAAGAAGCCATATACCAGATAGTTACAGAGCTTGAAACACACCACAACGACTCACATTCACATACTCCCATCACCGAATCAACCCTATTAGCTCTTCAAACCCTCTTAGACTACACACTCGACAAAGATGATCCAATCGAAATTGAAAATCTCTCCGACGAACTCTCCTCCAAGAACCTCTCTCTCGCCTCCTCCCTCCTCCACCCTCTCACCTCCT...

CDS

下载 CDS FASTA

3915 bp · TkA04G188160|TK1151|CDS

ATGGAAGAAGCCATATACCAGATAGTTACAGAGCTTGAAACACACCACAACGACTCACATTCACATACTCCCATCACCGAATCAACCCTATTAGCTCTTCAAACCCTCTTAGACTACACACTCGACAAAGATGATCCAATCGAAATTGAAAATCTCTCCGACGAACTCTCCTCCAAGAACCTCTCTCTCGCCTCCTCCCTCCTCCACCCTCTCACCTCCTCAATGGAATCCGGCGTACCCCATCGCTCTCTTCTCGCTTC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

1304 aa · TkA04G188160|TK1151|PROTEIN

MEEAIYQIVTELETHHNDSHSHTPITESTLLALQTLLDYTLDKDDPIEIENLSDELSSKNLSLASSLLHPLTSSMESGVPHRSLLASKVYLSLLLTPNFPVLSLFTPMAFLSLLRTVRRSFKNPQSGPPSGNQGKKKRGGRGGGRSKNTSKNVEEEGEEEREPVREFDVRALFPVLERLHLVLGLIHLGRFPDSLKGLVQTVAEIPVTALESCKNSANYTKLCNLCSQILSELLKSEHGDKSITAAEVLKSLSSSIILSK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G188160
TK1151 IDTkA04G188160
OH-1004 IDLXL04_029896
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)98.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G188160
位置Chr04:48482907-48487684 (+)
描述Similar to NCAPD3: Condensin-2 complex subunit D3
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g15890 凝缩素-2 复合物的调节亚基，该复合物建立有丝分裂染色体结构并参与染色单体轴的物理刚性（通过相似性推测）。
The Arabidopsis CAP-D proteins are required for correct chromatin organisation, growth and fertility.2013 · DOI: 10.1007/s00412-013-0424-y
The condensin complexes play distinct roles to ensure normal chromosome morphogenesis during meiotic division in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1111/tpj.12628
The PHD Finger Protein MMD1/DUET Ensures the Progression of Male Meiotic Chromosome Condensation and Directly Regulates the Expression of the Condensin Gene CAP-D3.2016 · DOI: 10.1105/tpc.16.00040

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029896 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000070 mitotic sister chromatid segregation 生物过程
GO:0000278 mitotic cell cycle 生物过程
GO:0006325 chromatin organization 生物过程
GO:0007062 sister chromatid cohesion 生物过程
GO:0007076 mitotic chromosome condensation 生物过程
GO:0009556 microsporogenesis 生物过程
GO:0010032 meiotic chromosome condensation 生物过程
GO:0030261 chromosome condensation 生物过程
GO:0045132 meiotic chromosome segregation 生物过程
GO:0051301 cell division 生物过程
GO:0051307 meiotic chromosome separation 生物过程
GO:0051315 attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT4G15890
cel:CELE_Y110A7A.1
hsa:23310
mmu:78658
xla:398742
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.919
排名 1 · TkA04G188160 · TK1151
细胞质0.146
排名 2 · TkA04G188160 · TK1151
细胞膜0.025
排名 3 · TkA04G188160 · TK1151
线粒体0.014
排名 4 · TkA04G188160 · TK1151
内质网0.014
排名 5 · TkA04G188160 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25786HEAT_GCN1_C6-45 aa
PF26777NCAPD3_N82-163 aa
PF12717Cnd1200-262 aa
PF24571HEAT_SCC3-SA222-263 aa
PF25786HEAT_GCN1_C225-291 aa
PF02985HEAT230-254 aa
PF12719Cnd3230-248 aa
PF13646HEAT_2230-250 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G188160PF25786HEAT_GCN1_C6450.006617.2
TkA04G188160PF26777NCAPD3_N821630.02814.9
TkA04G188160PF12717Cnd12002627.5e-2588.6
TkA04G188160PF24571HEAT_SCC3-SA2222636.07.4
TkA04G188160PF25786HEAT_GCN1_C2252910.006617.2
TkA04G188160PF02985HEAT2302542.7e-0730.9
TkA04G188160PF12719Cnd32302480.001119.0
TkA04G188160PF13646HEAT_22302500.001319.7
TkA04G188160PF21989RA_22383020.01815.8
TkA04G188160PF13513HEAT_EZ3423611.510.1
TkA04G188160PF25786HEAT_GCN1_C3764030.006617.2
TkA04G188160PF23325TPR_283784050.2112.2
TkA04G188160PF12717Cnd13794127.5e-2588.6
TkA04G188160PF02985HEAT3794062.7e-0730.9
TkA04G188160PF13513HEAT_EZ3793981.510.1
TkA04G188160PF13646HEAT_23804220.001319.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
O24610拟南芥sp|O24610|CNDD3_ARATH Condensin-2 complex subunit CAP-D357.800%Swiss-Prot高置信

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