TkA04G175660 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G175660

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 45481002-45483640 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2071 bp · TkA04G175660|TK1151|cDNA

GGGATATGTGTGGTAAACATGAGCCCATATAATGCATAAAGTTGTTAAATGCTAACCCCAAAACCCCATCTCCCAATCTTAAAACCTTCAAACGAACAATCAGTTTCTGACAGCCACGTGGCAGAGCGCGCAATCTTGTTTTTGTGGACTTCAATGACTCAAAAACTAATCCACCCCCATCTTAACTTCATCACTATAAGTCATCATCTCTTACTACCTTCAGATCATTCTGCAGTCCGTCTTCACTCCTGCTTTCTATC...

CDS

下载 CDS FASTA

1437 bp · TkA04G175660|TK1151|CDS

ATGGCAGCCGCCGTCTCCACCATTGGAGCCGTCAACCGTATTCCGTTGAACTTGAATGGAAGCAGCGGAAGTGTTGCAGTCCCAAACTCCAGTTTCTTGGGAAGCAGCTTGAAGAAGATAGTGAACTCGAGATTTATCAACAACAGCAACAAGTCTTTCTCCTTCAAAATATTCGCAGCTGAGAAGGAAATCGAGGAAACCCAACAGACTGACAAAGACAGATGGAAGGGACTCGCATATGATATGTCTGATGATCAACA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

478 aa · TkA04G175660|TK1151|PROTEIN

MAAAVSTIGAVNRIPLNLNGSSGSVAVPNSSFLGSSLKKIVNSRFINNSNKSFSFKIFAAEKEIEETQQTDKDRWKGLAYDMSDDQQDITRGKGMVDSLFQAPQDVGTHFAVMSSYEYISTGLRSYNLDNSMDGFYIAPAFMDKLVVHITKNFMTLPNIKVPLILGVWGGKGQGKSFQCELVFAKMGITPIMMSAGELESGNAGEPAKLIRQRYREAADIIKKGKMCCLFINDLDAGAGRMGGTTQYTVNNQMVNATLMN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G175660`
TK1151 ID	TkA04G175660
OH-1004 ID	LXL04_035043
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 92.469 / OH-1004 85.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G175660

位置 Chr04:45481002-45483640 (+)

描述 Similar to RCA: Ribulose bisphosphate carboxylase/oxygenase activase, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g39730`	RuBisCO（核酮糖-1,5-二磷酸羧化酶/加氧酶；EC 4.1.1.39）的激活涉及赖氨酸ε-氨基的ATP依赖性羧化，形成羧酸铵结构。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os11g0707000`	RuBisCO（核酮糖-1,5-二磷酸羧化酶/加氧酶；EC 4.1.1.39）的激活涉及赖氨酸ε-氨基的ATP依赖性羧化，形成羧酸铵结构。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035043 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

GO:0009579 thylakoid 细胞组分

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0016887 ATP hydrolysis activity 分子功能

GO:0046863 ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase activator activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

mdm:103456062

vra:106757684

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.919

排名 1 · TkA04G175660 · TK1151

细胞核0.043

排名 2 · TkA04G175660 · TK1151

细胞质0.040

排名 3 · TkA04G175660 · TK1151

线粒体0.037

排名 4 · TkA04G175660 · TK1151

内质网0.029

排名 5 · TkA04G175660 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF06309Torsin127-185 aa

PF00004AAA167-310 aa

PF00154RecA_N188-248 aa

PF10722YbjN303-352 aa

PF21228RuBisCO_activase_AAA_helical313-408 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G175660	`PF06309`	Torsin	127	185	0.0013	19.6
TkA04G175660	`PF00004`	AAA	167	310	4.7e-17	63.4
TkA04G175660	`PF00154`	RecA_N	188	248	0.15	12.2
TkA04G175660	`PF10722`	YbjN	303	352	0.24	12.3
TkA04G175660	`PF21228`	RuBisCO_activase_AAA_helical	313	408	2.9e-38	130.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P10896`	拟南芥	sp\|P10896\|RCA_ARATH Ribulose bisphosphate carboxylase/oxygenase activase, chloroplastic	79.400%	Swiss-Prot	高置信
`P93431`	水稻	sp\|P93431\|RCA_ORYSJ Ribulose bisphosphate carboxylase/oxygenase activase, chloroplastic	76.800%	Swiss-Prot	高置信

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