TkA04G141670 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G141670

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 36608574-36616367 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3889 bp · TkA04G141670|TK1151|cDNA

TCTGAATCTCAAAACTCGGGAAAGGAAGCTCGTAATCGCGACTTGATGTGTTTCTGTAAAAACCATATGCCTACAATGGAAAGGGTTTCATGGTCTGATTCAACCCTAGGTAGAAGATTCTGCAACTGTGTAGACTCGACGAGCCCAGGAAGCCCAAGCTCATGACCACTGCACTCTTTCCCGCCAATTCTTCCCCAATCGCTGAGAAAGTTTAGGGGAGAAAGGAAGGCAGAACCGCTAGTTGTTGTTGATGATGATGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1824 bp · TkA04G141670|TK1151|CDS

ATGGCCGATGCTAGGGTTTTCAATGGACCCGCCGGGGCTTTGCAAGCAGGCGTCATCACCAAAATCCGGTTAGAGAACTTCATGTGCCATACTCATATGGAAATTGATATTGGCGACCGTGTCAATTTCATCACTGGACAAAACGGAAGTGGAAAGAGTGCGATACTTACGGCGTTGTGTATTGCTTTTGGATGTCGAGCAAAAAGTACAGACAGAGCAACGACATTGAAGGATTTTATAAAGACTGGTTGCAGCTACGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

607 aa · TkA04G141670|TK1151|PROTEIN

MADARVFNGPAGALQAGVITKIRLENFMCHTHMEIDIGDRVNFITGQNGSGKSAILTALCIAFGCRAKSTDRATTLKDFIKTGCSYALVHLEIKNQGEDAFKPTTYGDFIILERRITETTSTSVLKDWQGRKVATRREDIRELVEHFNIDVENPCVVMSQDKSREFLHSGNDKDKFKFFFKATLLSQVDDLLKSVKDNLDKANSEVVELERSIAPIEKELNELQGKIRSMEHIEEISQKVQLLTKKFAWSLVYDIDKQIH...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G141670`
TK1151 ID	TkA04G141670
OH-1004 ID	LXL04_035340
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.835 / OH-1004 55.750 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G141670

位置 Chr04:36608574-36616367 (+)

描述 Similar to SMC6B: Structural maintenance of chromosomes protein 6B

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g61460`	SMC5-SMC6复合物的核心组分，促进DNA损伤后的姊妹染色单体排列，并通过姊妹染色单体间的同源重组促进双链DNA断裂（DSBs）的修复。	暂无已核实直接文献
`At5g07660`	SMC5-SMC6复合物的核心组分，促进DNA损伤后的姊妹染色单体排列，并通过姊妹染色单体间的同源重组促进双链DNA断裂（DSBs）的修复。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035340 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000722 telomere maintenance via recombination 生物过程

GO:0000724 double-strand break repair via homologous recombination 生物过程

GO:0006302 double-strand break repair 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0007062 sister chromatid cohesion 生物过程

GO:0010165 response to X-ray 生物过程

GO:0016925 protein sumoylation 生物过程

GO:0032204 regulation of telomere maintenance 生物过程

GO:0044828 host-mediated suppression of viral genome replication 生物过程

GO:0051984 positive regulation of chromosome segregation 生物过程

GO:0090398 cellular senescence 生物过程

GO:0140588 chromatin looping 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G07660

ath:AT5G61460

hsa:79677

mmu:67241

xla:398986

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.931

排名 1 · TkA04G141670 · TK1151

细胞质0.167

排名 2 · TkA04G141670 · TK1151

线粒体0.024

排名 3 · TkA04G141670 · TK1151

细胞膜0.015

排名 4 · TkA04G141670 · TK1151

细胞外0.009

排名 5 · TkA04G141670 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02463SMC_N19-219 aa

PF13175AAA_1519-400 aa

PF13476AAA_2321-229 aa

PF13514AAA_2721-71 aa

PF13555AAA_2930-60 aa

PF04310MukB33-62 aa

PF13166AAA_1339-56 aa

PF13191AAA_1640-60 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G141670	`PF02463`	SMC_N	19	219	6e-10	39.6
TkA04G141670	`PF13175`	AAA_15	19	400	1.1e-06	29.2
TkA04G141670	`PF13476`	AAA_23	21	229	3e-16	61.4
TkA04G141670	`PF13514`	AAA_27	21	71	0.7	10.2
TkA04G141670	`PF13555`	AAA_29	30	60	0.00041	20.8
TkA04G141670	`PF04310`	MukB	33	62	7.5	6.9
TkA04G141670	`PF13166`	AAA_13	39	56	5.8e-08	32.6
TkA04G141670	`PF13191`	AAA_16	40	60	0.27	12.4
TkA04G141670	`PF13304`	AAA_21	41	64	0.0015	19.2
TkA04G141670	`PF00005`	ABC_tran	41	60	0.092	14.1
TkA04G141670	`PF03266`	NTPase_1	43	59	0.27	11.8
TkA04G141670	`PF17755`	UvrA_DNA-bind	78	126	0.033	15.2
TkA04G141670	`PF11611`	DUF4352	81	115	0.039	15.0
TkA04G141670	`PF17755`	UvrA_DNA-bind	126	181	0.033	15.2
TkA04G141670	`PF05478`	Prominin	133	274	0.054	12.3
TkA04G141670	`PF30779`	DUF8732	137	159	1.3	10.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FII7`	拟南芥	sp\|Q9FII7\|SMC6B_ARATH Structural maintenance of chromosomes protein 6B	54.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q9FLR5`	拟南芥	sp\|Q9FLR5\|SMC6A_ARATH Structural maintenance of chromosomes protein 6A	52.600%	Swiss-Prot	高置信

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