RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G137400
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 35688856-35690974 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1651 bp · TkA04G137400|TK1151|cDNA

AAAATCCCCAAATCCTAATGATAAACCTTTTCAAAAAATTCCGTACGAATCTGTCATTGTAAACAGTCCGGTGTTACCTTCCCACATCGTAATTAACCAATCGAGCGATCGTCGGCCGTTTGCTCTTCTCGGGCGCGGAATTCCTCCATTTTCCACTCTGCTCAATCGGTTCTTGGGTTTACACAGTTGTGCTACACAGTCTAATCTAGGGTTTTTCTTACCCACCTCAAAACACCAATCATTTTTCCAATTTATAGAAG...

CDS

下载 CDS FASTA

1062 bp · TkA04G137400|TK1151|CDS

ATGTCTGACTGGCAACAGTATGCTCAAACAATAATATTCGGTTTGATATTTTCATTTCTTCTTGCAAAGCTCTTTTCTATAATATTCTCGTTTCGCGACCAAAATCTCCGTATTACTCGTGCTAACTCTGACGAAGATCAATCTTACGAAAAAGTAAGTGAATCTGAATCCGAATCACCACACAAAGAGAAGAAACCAAGCGCGGAGTTTCCAAAGGATTACAATACTAGCGATGAAGACAAACCATTAGTTGTTCAAGG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

353 aa · TkA04G137400|TK1151|PROTEIN

MSDWQQYAQTIIFGLIFSFLLAKLFSIIFSFRDQNLRITRANSDEDQSYEKVSESESESPHKEKKPSAEFPKDYNTSDEDKPLVVQGHGNAWSSSDSDDDWEGVESTELDEAFSAATAFVAATAADRSSPKVSNDLQLQLYGLYKIATEGPCSVPQPSALKMTARAKWNAWQKLGAMPTDEAMLKYLEIITELYPTWVAGSTSKTRDGNANERSSNDTRPMGPVFSSLIHEEESNELKLDAIHAFAREGDTDNLLKCVEG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G137400
TK1151 IDTkA04G137400
OH-1004 IDLXL04_035369
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 89.822
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G137400
位置Chr04:35688856-35690974 (+)
描述Similar to ACBP1: Acyl-CoA-binding domain-containing protein 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g53470 以非常高的亲和力结合中链和长链酰基辅酶A酯。
Arabidopsis ACBP3 is an extracellularly targeted acyl-CoA-binding protein.2006 · DOI: 10.1007/s00425-005-0139-2
Overexpression of membrane-associated acyl-CoA-binding protein ACBP1 enhances lead tolerance in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03402.x
Acyl-CoA-Binding Protein ACBP1 Modulates Sterol Synthesis during Embryogenesis.2017 · DOI: 10.1104/pp.17.00412
Arabidopsis ACYL-COA-BINDING PROTEIN1 interacts with STEROL C4-METHYL OXIDASE1-2 to modulate gene expression of homeodomain-leucine zipper IV transcription factors.2018 · DOI: 10.1111/nph.14965
At4g27780 以非常高的亲和力结合中链和长链酰基辅酶A酯。
Single amino acid substitutions at the acyl-CoA-binding domain interrupt 14[C]palmitoyl-CoA binding of ACBP2, an Arabidopsis acyl-CoA-binding protein with ankyrin repeats.2000 · DOI: 10.1023/a:1026524108095
ACBP4 and ACBP5, novel Arabidopsis acyl-CoA-binding proteins with kelch motifs that bind oleoyl-CoA.2004 · DOI: 10.1007/s11103-004-0642-z
Overexpression of membrane-associated acyl-CoA-binding protein ACBP1 enhances lead tolerance in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03402.x
At4g24230 以非常高的亲和力结合中链和长链酰基辅酶A酯。
Arabidopsis ACBP3 is an extracellularly targeted acyl-CoA-binding protein.2006 · DOI: 10.1007/s00425-005-0139-2

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os04g0681900 以高亲和力结合中链和长链酰基辅酶 A 酯。
The rice acyl-CoA-binding protein gene family: phylogeny, expression and functional analysis.2011 · DOI: 10.1111/j.1469-8137.2010.03546.x
Subcellular localization of rice acyl-CoA-binding proteins (ACBPs) indicates that OsACBP6::GFP is targeted to the peroxisomes.2014 · DOI: 10.1111/nph.12809
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035369 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0001666 response to hypoxia 生物过程
GO:0006629 lipid metabolic process 生物过程
GO:0006869 lipid transport 生物过程
GO:0009409 response to cold 生物过程
GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程
GO:0010029 regulation of seed germination 生物过程
GO:0010162 seed dormancy process 生物过程
GO:0010288 response to lead ion 生物过程
GO:0048316 seed development 生物过程
GO:0055089 fatty acid homeostasis 生物过程
GO:0055092 sterol homeostasis 生物过程
GO:1900140 regulation of seedling development 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT4G27780
ath:AT5G53470
bta:618245
dosa:Os04g0681900
hsa:84320
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.250
排名 1 · TkA04G137400 · TK1151
细胞核0.233
排名 2 · TkA04G137400 · TK1151
内质网0.203
排名 3 · TkA04G137400 · TK1151
质体0.155
排名 4 · TkA04G137400 · TK1151
高尔基体0.154
排名 5 · TkA04G137400 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF285484TM_phosphoesterase7-40 aa
PF00887ACBP110-189 aa
PF12796Ank_2228-301 aa
PF00887ACBP234-252 aa
PF00023Ank241-268 aa
PF24521Ank_KRIT1241-345 aa
PF13637Ank_4242-291 aa
PF13606Ank_3242-256 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G137400PF285484TM_phosphoesterase7400.07114.4
TkA04G137400PF00887ACBP1101899.7e-2690.5
TkA04G137400PF12796Ank_22283015.7e-29101.2
TkA04G137400PF00887ACBP2342529.7e-2690.5
TkA04G137400PF00023Ank2412681.9e-1763.1
TkA04G137400PF24521Ank_KRIT12413450.1212.8
TkA04G137400PF13637Ank_42422917.6e-1968.1
TkA04G137400PF13606Ank_32422562.5e-1143.4
TkA04G137400PF12796Ank_22433345.7e-29101.2
TkA04G137400PF13857Ank_52593111.6e-1454.6
TkA04G137400PF13606Ank_32702982.5e-1143.4
TkA04G137400PF00023Ank2713021.9e-1763.1
TkA04G137400PF13637Ank_42753247.6e-1968.1
TkA04G137400PF23745ANK_LRRK22753260.1812.4
TkA04G137400PF13857Ank_52933431.6e-1454.6
TkA04G137400PF13606Ank_33033282.5e-1143.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SM23拟南芥sp|Q9SM23|ACBP1_ARATH Acyl-CoA-binding domain-containing protein 164.400%Swiss-Prot高置信
Q9STP8拟南芥sp|Q9STP8|ACBP2_ARATH Acyl-CoA-binding domain-containing protein 260.900%Swiss-Prot高置信
Q9STX1拟南芥sp|Q9STX1|ACBP3_ARATH Acyl-CoA-binding domain-containing protein 345.900%Swiss-Prot低置信
A3AYR1水稻sp|A3AYR1|ACBP4_ORYSJ Acyl-CoA-binding domain-containing protein 450.800%Swiss-Prot高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看