TkA04G131930 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G131930

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 34337697-34341614 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2284 bp · TkA04G131930|TK1151|cDNA

AGGAATCATACCAAATAATATTAATGTTATTAATTCAGATATGAGTCGTTGGGGGGTCTGGATCAGAGATCTGAAAGTCAGAGATACTCTTCCCCCTGTCATCCCTCCCTTTCATAATGCTCCCCCACCACTCACCTCCGATCACCATCCCCTTCCTCCTCCATTCCCATCTCTCTGCTTAATCTTCCACCTCCCATGTCCATAACTCTCAGGCGCCGCTCATAAACATCCTTAAACTCCCGACACAAAAATGACAGCCA...

CDS

下载 CDS FASTA

1758 bp · TkA04G131930|TK1151|CDS

ATGACAGCCAATCTAGGATCCATGTCGCGCAATTTTACAGACAAAAGCAAAGAAAGGTTGCTGCCTCGAAAGGGATACTCGGAATTAGGTTTTTTTAATGAATCCTATAGCACCATCAACAGCGAAGATGCTTCACTTTTCAGTAAAATCAAGGAATGGTGGAACGATGTTCGACTGTTCCTTGTTAAAGCTTACGAGATGGGCCGATCCGATCCCAGACAGTTCATCTTTGCTGCTAAATCGGGGTTGGCACTTGCTAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

585 aa · TkA04G131930|TK1151|PROTEIN

MTANLGSMSRNFTDKSKERLLPRKGYSELGFFNESYSTINSEDASLFSKIKEWWNDVRLFLVKAYEMGRSDPRQFIFAAKSGLALAIVSVLIFFKEPFNFITQYSIWAILTVIVVFEFSIGATLSKGFNRALGTFSAGVLALAIAQLSVWAGEWQEIVIVVSIFVAGSISSYVKLYPSMKPYEYGFRVFMLTFCIVLVSGTSHFVQTAVSRLLLIGVGAGVCLIVNICVYPIWAGEDLHKLVVKNFRGVATSLEGCVNNY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G131930`
TK1151 ID	TkA04G131930
OH-1004 ID	LXL04_035423
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	98.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G131930

位置 Chr04:34337697-34341614 (+)

描述 Similar to ALMT9: Aluminum-activated malate transporter 9

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g25480`	苹果酸转运蛋白。	暂无已核实直接文献
`At3g18440`	液泡苹果酸通道。	The Arabidopsis vacuolar malate channel is a member of the ALMT family.2007 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2007.03367.x
`At1g68600`	苹果酸转运蛋白。	暂无已核实直接文献
`At2g17470`	苹果酸转运蛋白。	暂无已核实直接文献
`At1g18420`	苹果酸转运蛋白。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035423 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0015743 malate transport 生物过程

GO:0016036 cellular response to phosphate starvation 生物过程

GO:0034220 monoatomic ion transmembrane transport 生物过程

GO:0071423 malate transmembrane transport 生物过程

GO:0090332 stomatal closure 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005773 vacuole 细胞组分

GO:0005774 vacuolar membrane 细胞组分

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009705 plant-type vacuole membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G18420

ath:AT1G25480

ath:AT1G68600

ath:AT2G17470

ath:AT3G18440

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.677

排名 1 · TkA04G131930 · TK1151

溶酶体／液泡0.117

排名 2 · TkA04G131930 · TK1151

内质网0.113

排名 3 · TkA04G131930 · TK1151

细胞质0.070

排名 4 · TkA04G131930 · TK1151

高尔基体0.047

排名 5 · TkA04G131930 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF10111Glyco_tranf_2_28-53 aa

PF28175T4SS_LegC2C742-59 aa

PF11744ALMT66-553 aa

PF08507COPI_assoc81-181 aa

PF13515FUSC_2100-225 aa

PF06081ArAE_1104-228 aa

PF04632FUSC107-258 aa

PF10111Glyco_tranf_2_2270-318 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G131930	`PF10111`	Glyco_tranf_2_2	8	53	0.19	11.9
TkA04G131930	`PF28175`	T4SS_LegC2C7	42	59	0.17	11.5
TkA04G131930	`PF11744`	ALMT	66	553	9.6e-180	599.2
TkA04G131930	`PF08507`	COPI_assoc	81	181	0.14	12.9
TkA04G131930	`PF13515`	FUSC_2	100	225	6.1e-10	40.0
TkA04G131930	`PF06081`	ArAE_1	104	228	0.015	16.1
TkA04G131930	`PF04632`	FUSC	107	258	1.2e-06	28.1
TkA04G131930	`PF10111`	Glyco_tranf_2_2	270	318	0.19	11.9
TkA04G131930	`PF28175`	T4SS_LegC2C7	348	415	0.17	11.5
TkA04G131930	`PF01815`	Rop	380	410	0.23	12.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C6L8`	拟南芥	sp\|Q9C6L8\|ALMT4_ARATH Aluminum-activated malate transporter 4	56.700%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LS46`	拟南芥	sp\|Q9LS46\|ALMT9_ARATH Aluminum-activated malate transporter 9	52.600%	Swiss-Prot	高置信
`Q93Z29`	拟南芥	sp\|Q93Z29\|ALMT5_ARATH Aluminum-activated malate transporter 5	59.900%	Swiss-Prot	高置信
`Q9SHM1`	拟南芥	sp\|Q9SHM1\|ALMT6_ARATH Aluminum-activated malate transporter 6	54.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LPQ8`	拟南芥	sp\|Q9LPQ8\|ALMT3_ARATH Putative aluminum-activated malate transporter 3	52.500%	Swiss-Prot	高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情