TkA04G124680 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G124680

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 32388796-32402896 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4991 bp · TkA04G124680|TK1151|cDNA

AAAATTCCGAGATCCCGTTTCTCCGAAAAACTCATATTTCAATTAATTGTACCTATCACTGTCGTCTTTCTGATCTTTCATCACAACTAAGGAACTGATTTTGCTGCTGCCAAATTTCTTGTTGAGTTTTGCTTTTCATGTTCCGTTGACCCTTACGAAGAACATTAAGTGTAAGAAATGACGCCTGTAGATATTGCTGTTTCTGTTTTGGCAAAGCTGCTTGAATATATTGCTCGTCCAATCGTACAGCCGTTTGATTA...

CDS

下载 CDS FASTA

4359 bp · TkA04G124680|TK1151|CDS

ATGACGCCTGTAGATATTGCTGTTTCTGTTTTGGCAAAGCTGCTTGAATATATTGCTCGTCCAATCGTACAGCCGTTTGATTACATTTTTCACCATAATACCAACATTAATGGTTTAAGAAACCGGATGTTGTGTCTGGAAAATACTCGAACCGGGGTCCATCGTCAGGTGCATATAGCTGAAAGGAATGGAGACCTTGTTCTCCCAAACGTACAAGATTGGCTTGCCAAAGCAAATGGTTTAGCAACAGAATCTCAGAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1452 aa · TkA04G124680|TK1151|PROTEIN

MTPVDIAVSVLAKLLEYIARPIVQPFDYIFHHNTNINGLRNRMLCLENTRTGVHRQVHIAERNGDLVLPNVQDWLAKANGLATESQNFLSDEVDRNHRCLSGSCPDLKLIYKSSREAKKKRAAIDELVERGKFDYVSQPARRPPIWPSIAVAATTSLGDLDGFESRKSQLRSTMEALEDDNVNIIGVYGMGGIGKTTFVEEVARQADALQLFDEMVMMVVSHKPNLKKLQGDLAEMLELNLKEEGELLRTARLRERLNQV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G124680`
TK1151 ID	TkA04G124680
OH-1004 ID	LXL04_035536
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G124680

位置 Chr04:32388796-32402896 (+)

描述 Similar to At4g27220: Probable disease resistance protein At4g27220

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g27190`	抗病蛋白。	暂无已核实直接文献
`At4g27220`	可能的疾病抗性蛋白。	暂无已核实直接文献
`At5g05400`	潜在的抗病蛋白。	暂无已核实直接文献
`At1g15890`	可能的疾病抗性蛋白。	暂无已核实直接文献
`At1g12220`	抗病蛋白，特异性识别来自丁香假单胞菌的 avrPphB III 型效应无毒蛋白。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035536 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002220 innate immune response activating cell surface receptor signaling pathway 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0009626 plant-type hypersensitive response 生物过程

GO:0012501 programmed cell death 生物过程

GO:0016045 detection of bacterium 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0098542 defense response to other organism 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0000166 nucleotide binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G12220

ath:AT4G26090

ath:AT4G27190

ath:AT4G27220

ath:AT5G05400

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.492

排名 1 · TkA04G124680 · TK1151

细胞质0.319

排名 2 · TkA04G124680 · TK1151

细胞核0.220

排名 3 · TkA04G124680 · TK1151

内质网0.103

排名 4 · TkA04G124680 · TK1151

溶酶体／液泡0.034

排名 5 · TkA04G124680 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25201nSTAND674-114 aa

PF13985YbgS82-108 aa

PF01637ATPase_2165-273 aa

PF25201nSTAND6166-238 aa

PF13191AAA_16168-208 aa

PF05621TniB169-269 aa

PF00931NB-ARC170-331 aa

PF13401AAA_22183-269 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G124680	`PF25201`	nSTAND6	74	114	7.9e-06	26.7
TkA04G124680	`PF13985`	YbgS	82	108	0.37	11.7
TkA04G124680	`PF01637`	ATPase_2	165	273	0.0011	19.6
TkA04G124680	`PF25201`	nSTAND6	166	238	7.9e-06	26.7
TkA04G124680	`PF13191`	AAA_16	168	208	0.0018	19.5
TkA04G124680	`PF05621`	TniB	169	269	0.085	13.0
TkA04G124680	`PF00931`	NB-ARC	170	331	9.4e-33	113.9
TkA04G124680	`PF13401`	AAA_22	183	269	2.3e-05	25.4
TkA04G124680	`PF05729`	NACHT	186	270	9e-05	23.1
TkA04G124680	`PF23952`	LRR_EndoS	200	261	0.00018	22.4
TkA04G124680	`PF01637`	ATPase_2	372	415	0.0011	19.6
TkA04G124680	`PF05621`	TniB	387	408	0.085	13.0
TkA04G124680	`PF12799`	LRR_4	402	413	0.0002	22.2
TkA04G124680	`PF23247`	LRR_RPS2	541	667	1.6e-85	285.7
TkA04G124680	`PF13855`	LRR_8	560	603	2.2e-05	24.9
TkA04G124680	`PF25019`	LRR_R13L1-DRL21	576	620	3.1e-06	27.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9T048`	拟南芥	sp\|Q9T048\|DRL27_ARATH Disease resistance protein At4g27190	29.100%	Swiss-Prot	低置信
`O81825`	拟南芥	sp\|O81825\|DRL28_ARATH Probable disease resistance protein At4g27220	29.400%	Swiss-Prot	低置信
`Q9FLB4`	拟南芥	sp\|Q9FLB4\|DRL31_ARATH Putative disease resistance protein At5g05400	26.900%	Swiss-Prot	低置信
`Q9LMP6`	拟南芥	sp\|Q9LMP6\|DRL3_ARATH Probable disease resistance protein At1g15890	25.700%	Swiss-Prot	低置信
`O64973`	拟南芥	sp\|O64973\|RPS5_ARATH Disease resistance protein RPS5	28.100%	Swiss-Prot	低置信

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