TkA04G124470 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G124470

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 32341191-32345734 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2773 bp · TkA04G124470|TK1151|cDNA

AAAAGGGAAAGTGAATTTCAATTCCAATTCCAAGGCTGAATGGAAAAGCTACAAATTGCAATTCCGGAAGTAGCTTTAGCTGCTTTTTCGGCCATGTCTTCCCCTCGCCCCTCTTCTTTCCCTTTCTTTTGACAAGCTTCAGTGACATTATTGTTCTTTCCTTCACTCACTCACACATTCTCTCTTTCTACCTGGACATGAACGGTTATAGTTGAGGGACGCAGGCGTTTTCCTCCATGGCAGCAGTTGCTGATTCATCA...

CDS

下载 CDS FASTA

2391 bp · TkA04G124470|TK1151|CDS

ATGGCAGCAGTTGCTGATTCATCACACATTTTACTTGTTTGCTGCTACCTCTGTCCAAACAAGAAAACATACAAGAGATTGAGTAAATACTGCTCTCTCGAGCTCGATGGTTCTTCTTATCCTACTAGGGTTTCGTTTGATTCGTTGTCAACAAGGCGGCAAAGAGGATTTTCGTTGTCTGTAACCGGTCGAGAAATTGCTGACGTTCGAGTCACTGATAATAGCAACAATGTTCATCATACACGATCTGCATTTGTTGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

796 aa · TkA04G124470|TK1151|PROTEIN

MAAVADSSHILLVCCYLCPNKKTYKRLSKYCSLELDGSSYPTRVSFDSLSTRRQRGFSLSVTGREIADVRVTDNSNNVHHTRSAFVEIPVTCYQVRCPRFILGIPAKSEKDEIVKSMKHLKLAEMEEGYTMDTVVSRQNLLMDVRDKLLFEADYAGNVREKVPPKSSLQIPWSWLPGALSLLQEVGEEKLALDIGRTALQHPDSKPFVHDLLLSMALAECAIAKSNFEKNKISQGFEALARAQSLLKSKPSLEQMTLLSQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G124470`
TK1151 ID	TkA04G124470
OH-1004 ID	LXL04_035541
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G124470

位置 Chr04:32341191-32345734 (+)

描述 Similar to CDP1: Plastid division protein CDP1, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g19180`	PDV1 定位到收缩位点所需的质体分裂机器的组件。	PARC6, a novel chloroplast division factor, influences FtsZ assembly and is required for recruitment of PDV1 during chloroplast division in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2009.03905.x CDP1, a novel component of chloroplast division site positioning system in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1038/cr.2009.78 The chloroplast min system functions differentially in two specific nongreen plastids in Arabidopsis thaliana.2013 · DOI: 10.1371/journal.pone.0071190 Roles of Arabidopsis PARC6 in Coordination of the Chloroplast Division Complex and Negative Regulation of FtsZ Assembly.2016 · DOI: 10.1104/pp.15.01460 Isolation and analysis of a stromule-overproducing Arabidopsis mutant suggest the role of PARC6 in plastid morphology maintenance in the leaf epidermis.2018 · DOI: 10.1111/ppl.12648 ARC3 Activation by PARC6 Promotes FtsZ-Ring Remodeling at the Chloroplast Division Site.2019 · DOI: 10.1105/tpc.18.00948

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035541 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009658 chloroplast organization 生物过程

GO:0009739 response to gibberellin 生物过程

GO:0010020 chloroplast fission 生物过程

GO:0043572 plastid fission 生物过程

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009528 plastid inner membrane 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0009706 chloroplast inner membrane 细胞组分

GO:0009941 chloroplast envelope 细胞组分

GO:0042803 protein homodimerization activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G19180

ath:AT5G42480

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.961

排名 1 · TkA04G124470 · TK1151

细胞核0.042

排名 2 · TkA04G124470 · TK1151

线粒体0.036

排名 3 · TkA04G124470 · TK1151

细胞质0.028

排名 4 · TkA04G124470 · TK1151

细胞膜0.018

排名 5 · TkA04G124470 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25515Arm_PDR169-315 aa

PF13355ARC6-like_IMS312-362 aa

PF25515Arm_PDR319-350 aa

PF23468ARC6354-483 aa

PF13355ARC6-like_IMS629-647 aa

PF23468ARC6667-688 aa

PF25240PUB2_N667-679 aa

PF13355ARC6-like_IMS670-787 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G124470	`PF25515`	Arm_PDR	169	315	1.2e-47	162.4
TkA04G124470	`PF13355`	ARC6-like_IMS	312	362	9.6e-29	101.0
TkA04G124470	`PF25515`	Arm_PDR	319	350	1.2e-47	162.4
TkA04G124470	`PF23468`	ARC6	354	483	3e-10	40.5
TkA04G124470	`PF13355`	ARC6-like_IMS	629	647	9.6e-29	101.0
TkA04G124470	`PF23468`	ARC6	667	688	3e-10	40.5
TkA04G124470	`PF25240`	PUB2_N	667	679	0.056	14.2
TkA04G124470	`PF13355`	ARC6-like_IMS	670	787	9.6e-29	101.0
TkA04G124470	`PF25240`	PUB2_N	728	789	0.056	14.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8VY16`	拟南芥	sp\|Q8VY16\|CDP1_ARATH Plastid division protein CDP1, chloroplastic	51.600%	Swiss-Prot	高置信

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