TkA04G123890 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G123890

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 32181205-32189815 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3467 bp · TkA04G123890|TK1151|cDNA

GGGAAAAACCACGGGCAGCGGAAGCCGAGAACCAATTCACTATATTTTTAGAATGTTACAGAGATTGGATAGAGATTACAAAAGAGAGAGAGCTATATGGTGAAAGGTTTTGTTTTTGGTTATAACAAACCAATTAATTCAGACGATCTTATAAACTGATCGCGATCTATATATATATATAGATCGTCTTGCAAAAAAATTCAAAAGGTGCAGGTCCCACAGATTGACAAAAGCCTTCTCAATTGTCAAAAAGGAACAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

2301 bp · TkA04G123890|TK1151|CDS

ATGGCGTCCTTTGCATTGTTTGTGGGGTTCGTTGTTGGGGCATTAGCTGTAATCGGTGTTGAAGTTTTGGGAGTATTGTTCTTCATACGAAAATTAAGTAGAAAGGTGAAGGAAGATGATCTTAAGGTCGCGAAATCTGTGTCGTCTGAAAGAGAGGAACTCCAATTTTCATTCCCCAACAAACAGGGTTGGGTTTGGATTTTAGAAAAGGAAAAGATCCCAAAGACTTCACCATCTAGTGATAAAGGACCACGTCTACA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

766 aa · TkA04G123890|TK1151|PROTEIN

MASFALFVGFVVGALAVIGVEVLGVLFFIRKLSRKVKEDDLKVAKSVSSEREELQFSFPNKQGWVWILEKEKIPKTSPSSDKGPRLQKRKIEVLEVSPVRKHASIKDLSLIITEPDGTLTKIPLSGCTAEAVSATNLPSRKWAKKYPVKLENKSSVLYHGSKLFYLYFETSCEKESWCKALRLASCDDKEKLKWFHKSRADFHNYLGSLNVEYPSFLKPSIGFNQETGDKTIKIDTSSSKVRHFLKKLAKKTSKAGKEDK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G123890`
TK1151 ID	TkA04G123890
OH-1004 ID	LXL04_035554
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA04G123890`
位置	Chr04:32181205-32189815 (+)
描述	Similar to Tex2: Testis-expressed protein 2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_035554` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006665 sphingolipid metabolic process 生物过程 GO:0006869 lipid transport 生物过程 GO:0007165 signal transduction 生物过程 GO:0035621 ER to Golgi ceramide transport 生物过程 GO:1990854 vacuole-ER tethering 生物过程 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分 GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分 GO:0016020 membrane 细胞组分 GO:0031965 nuclear membrane 细胞组分 GO:0033116 endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane 细胞组分 GO:0071561 nucleus-vacuole junction 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	hsa:55852 mmu:21763 sce:YPR091C spo:2540553 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.315

排名 1 · TkA04G123890 · TK1151

高尔基体0.261

排名 2 · TkA04G123890 · TK1151

细胞膜0.256

排名 3 · TkA04G123890 · TK1151

细胞质0.242

排名 4 · TkA04G123890 · TK1151

细胞核0.128

排名 5 · TkA04G123890 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23065PH_SMPa60-186 aa

PF17095CAMSAP_CC187-93 aa

PF00169PH97-184 aa

PF16746BAR_3230-304 aa

PF28649SKIP24_C239-266 aa

PF01642MM_CoA_mutase280-318 aa

PF30350COG1_C316-351 aa

PF26547PDZD8_N323-417 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G123890	`PF23065`	PH_SMPa	60	186	2.6e-54	183.6
TkA04G123890	`PF17095`	CAMSAP_CC1	87	93	3.8	8.2
TkA04G123890	`PF00169`	PH	97	184	0.0089	17.3
TkA04G123890	`PF16746`	BAR_3	230	304	0.00048	20.6
TkA04G123890	`PF28649`	SKIP24_C	239	266	8.5	7.1
TkA04G123890	`PF01642`	MM_CoA_mutase	280	318	0.13	11.3
TkA04G123890	`PF30350`	COG1_C	316	351	0.63	11.0
TkA04G123890	`PF26547`	PDZD8_N	323	417	1.9e-14	54.6
TkA04G123890	`PF10296`	MMM1	326	415	0.0046	17.0
TkA04G123890	`PF26544`	Mdm12	338	385	0.0076	16.5
TkA04G123890	`PF30350`	COG1_C	338	361	0.63	11.0
TkA04G123890	`PF01642`	MM_CoA_mutase	399	493	0.13	11.3
TkA04G123890	`PF16746`	BAR_3	422	496	0.00048	20.6
TkA04G123890	`PF26544`	Mdm12	430	485	0.0076	16.5
TkA04G123890	`PF30350`	COG1_C	442	491	0.63	11.0
TkA04G123890	`PF28649`	SKIP24_C	445	515	8.5	7.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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