TkA04G123850 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G123850

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 32172383-32174773 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

819 bp · TkA04G123850|TK1151|cDNA

CAAGAAATTAGCTACCGAAACTACCCTCAGATTTTCGAATCAAATCCATTAAAATCAAGGACAAGTCAGGACTTTTTTTTACACTAGACATATCGTACCATCAAGCTTTCTCAATCATATCTCCTTCCAAGCATTCACATACTCCGAGATTACCGTCCTCCATCGCTACAATGGCGTTACAAATTCATCATGTTTCCCGACCGATTCCGCCGTCGTCTTCATTTGGACCACTGTCGTCATGTACGACTAAACAGTTTACC...

CDS

下载 CDS FASTA

543 bp · TkA04G123850|TK1151|CDS

ATGGCGTTACAAATTCATCATGTTTCCCGACCGATTCCGCCGTCGTCTTCATTTGGACCACTGTCGTCATGTACGACTAAACAGTTTACCATCGGCAGAGATGTTCGCCAATCCTATGCTTTAACGAAGACGATCAATAATAAAACCAGAAAAAGCTTGAGGTCTTCGGTAAGGGTGAGATCGAGCTTGGAGATGTCCGATCCATCGGTAGTTGTAGGTCAGGTTACTGAGGTTGATAAGGATACGTTTTGGCCAATCGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

180 aa · TkA04G123850|TK1151|PROTEIN

MALQIHHVSRPIPPSSSFGPLSSCTTKQFTIGRDVRQSYALTKTINNKTRKSLRSSVRVRSSLEMSDPSVVVGQVTEVDKDTFWPIVNAAGDKTVVLDMYTQWCGPCKIIAPKFQELAEKNLDVVFLKLDCNQENKPLAKELGIKVVPTFKILKHGKIQKEVTGAKLENIIAAMEEVRSS

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G123850`
TK1151 ID	TkA04G123850
OH-1004 ID	LXL04_035555
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 86.667 / OH-1004 42.162 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G123850

位置 Chr04:32172383-32174773 (-)

描述 Similar to Thioredoxin F-type, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g16400`	可能的硫醇-二硫化物氧化还原酶，参与对还原性戊糖磷酸途径（卡尔文-本森循环）和氧化性戊糖磷酸途径酶的氧化还原调控。	暂无已核实直接文献
`At3g02730`	硫醇-二硫氧化还原酶，参与还原性戊糖磷酸途径（卡尔文-本森循环）和氧化性戊糖磷酸途径酶的氧化还原调控。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0913000`	硫醇-二硫氧化还原酶，参与还原性戊糖磷酸途径（卡尔文-本森循环）和氧化性戊糖磷酸途径酶的氧化还原调控。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035555 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009642 response to light intensity 生物过程

GO:0045454 cell redox homeostasis 生物过程

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

GO:0008047 enzyme activator activity 分子功能

GO:0015035 protein-disulfide reductase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G16400

dosa:Os01g0913000

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.971

排名 1 · TkA04G123850 · TK1151

线粒体0.036

排名 2 · TkA04G123850 · TK1151

细胞核0.019

排名 3 · TkA04G123850 · TK1151

细胞质0.012

排名 4 · TkA04G123850 · TK1151

细胞膜0.009

排名 5 · TkA04G123850 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00085Thioredoxin75-175 aa

PF13098Thioredoxin_289-172 aa

PF00578AhpC-TSA91-143 aa

PF13905Thioredoxin_892-134 aa

PF08534Redoxin92-134 aa

PF14595Thioredoxin_993-154 aa

PF04756OST3_OST6103-155 aa

PF20207PedC-like104-164 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G123850	`PF00085`	Thioredoxin	75	175	4.7e-23	81.9
TkA04G123850	`PF13098`	Thioredoxin_2	89	172	8e-05	23.6
TkA04G123850	`PF00578`	AhpC-TSA	91	143	0.001	19.7
TkA04G123850	`PF13905`	Thioredoxin_8	92	134	0.00012	23.2
TkA04G123850	`PF08534`	Redoxin	92	134	0.005	17.4
TkA04G123850	`PF14595`	Thioredoxin_9	93	154	0.011	16.3
TkA04G123850	`PF04756`	OST3_OST6	103	155	0.1	12.7
TkA04G123850	`PF20207`	PedC-like	104	164	0.039	14.7
TkA04G123850	`PF13905`	Thioredoxin_8	133	154	0.00012	23.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9XFH9`	拟南芥	sp\|Q9XFH9\|TRXF2_ARATH Thioredoxin F2, chloroplastic	76.000%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9XFH8`	拟南芥	sp\|Q9XFH8\|TRXF1_ARATH Thioredoxin F1, chloroplastic	72.100%	Swiss-Prot	中等置信
`Q8S091`	水稻	sp\|Q8S091\|TRXF_ORYSJ Thioredoxin F, chloroplastic	78.200%	Swiss-Prot	中等置信

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