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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G121590
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 31588487-31591263 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1845 bp · TkA04G121590|TK1151|cDNA

GAAAGTTGTATGATTGAACGATATTTTCCTTTTATTCGGGGCAATTGACGTAGTTACTTGGAACCACCCGAAATCACATATTTCTCTCTCGCAACTCCTAACTAGAATCCCATTAGGCCATAACACAACCCGCGAACAAAACAGGATTACGCGGTTTACACATCTGCCTTCCAATATAACTTCCCTCTCTCGATCCCAAAGCTTCGTTGACCCGAAATCTCCCAGTCTCGTTCTTGATTCCCACTTTTTTCAGATCAGTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1308 bp · TkA04G121590|TK1151|CDS

ATGTACAGCAATTTTAAGGAACAGGCAATTGTGTATGTAAAGCAAGCAGTTGAAGAAGACACAGCTGGTAACTATGCAAAGGCGTTTACACTATACATGAACGCATTAGAATACTTCAAGACTCATTTGAAGTACGAAAAGAATCCGAAGCTTAAAGAAGCAATCACCCAAAAATTCACGGATTATCTGAGGAGGGCTGAGGAAATTAGGGCTGTTCTTGAGGATGGAGGAGGGAATAAACCGTCATCAAATGGAGGAGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

435 aa · TkA04G121590|TK1151|PROTEIN

MYSNFKEQAIVYVKQAVEEDTAGNYAKAFTLYMNALEYFKTHLKYEKNPKLKEAITQKFTDYLRRAEEIRAVLEDGGGNKPSSNGGDTGVATRPKSNKKNGDGDGGDDSEQSKLRSGLNSAIIREKPNVKWNDVAGLQSAKQALQEAVILPVKFPQFFVGKRRPWRAFLLYGPPGTGKSYLAKAVATEADSTFFSISSSDLVSKWMGESEKLVSNLFQMARESAPSIIFIDEIDSLVGQRGEGNESEASRRIKTELLVQM...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G121590
TK1151 IDTkA04G121590
OH-1004 IDLXL04_035595
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)92.400
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G121590
位置Chr04:31588487-31591263 (-)
描述Similar to SKD1: Protein SUPPRESSOR OF K(+) TRANSPORT GROWTH DEFECT 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g27600 参与从前液泡/内体区向液泡转运生物合成膜蛋白。
The Arabidopsis AAA ATPase SKD1 is involved in multivesicular endosome function and interacts with its positive regulator LYST-INTERACTING PROTEIN5.2007 · DOI: 10.1105/tpc.106.049346
The AAA-type ATPase AtSKD1 contributes to vacuolar maintenance of Arabidopsis thaliana.2010 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2010.04310.x
Seeds of Arabidopsis plants expressing dominant-negative AtSKD1 under control of the GL2 promoter show a transparent testa phenotype and a mucilage defect.2010 · DOI: 10.4161/psb.5.10.13134
The Arabidopsis deubiquitinating enzyme AMSH3 interacts with ESCRT-III subunits and regulates their localization.2011 · DOI: 10.1105/tpc.111.087254
Artificial ubiquitylation is sufficient for sorting of a plasma membrane ATPase to the vacuolar lumen of Arabidopsis cells.2012 · DOI: 10.1007/s00425-012-1587-0
Suppressor of K+ transport growth defect 1 (SKD1) interacts with RING-type ubiquitin ligase and sucrose non-fermenting 1-related protein kinase (SnRK1) in the halophyte ice plant.2013 · DOI: 10.1093/jxb/ert097
A novel endosomal sorting complex required for transport (ESCRT) component in Arabidopsis thaliana controls cell expansion and development.2014 · DOI: 10.1074/jbc.m113.529685
The Arabidopsis Endosomal Sorting Complex Required for Transport III Regulates Internal Vesicle Formation of the Prevacuolar Compartment and Is Required for Plant Development.2014 · DOI: 10.1104/pp.114.238378

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035595 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006623 protein targeting to vacuole 生物过程
GO:0006914 autophagy 生物过程
GO:0006997 nucleus organization 生物过程
GO:0007032 endosome organization 生物过程
GO:0007033 vacuole organization 生物过程
GO:0007080 mitotic metaphase chromosome alignment 生物过程
GO:0009306 protein secretion 生物过程
GO:0010091 trichome branching 生物过程
GO:0010824 regulation of centrosome duplication 生物过程
GO:0010971 positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle 生物过程
GO:0015031 protein transport 生物过程
GO:0016125 sterol metabolic process 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G27600
bta:539357
cal:CAALFM_C503090WA
hsa:9525
sce:YPR173C
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.668
排名 1 · TkA04G121590 · TK1151
细胞核0.289
排名 2 · TkA04G121590 · TK1151
细胞膜0.114
排名 3 · TkA04G121590 · TK1151
内质网0.068
排名 4 · TkA04G121590 · TK1151
溶酶体／液泡0.066
排名 5 · TkA04G121590 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13521AAA_285-66 aa
PF04212MIT7-70 aa
PF13479AAA_2410-43 aa
PF08969USP8_dimer13-75 aa
PF01637ATPase_214-59 aa
PF05673DUF815123-232 aa
PF25199nSTAND_NTPase5131-239 aa
PF13191AAA_16162-197 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G121590PF13521AAA_285660.07114.0
TkA04G121590PF04212MIT7701.9e-1970.2
TkA04G121590PF13479AAA_2410430.02415.1
TkA04G121590PF08969USP8_dimer13750.1513.0
TkA04G121590PF01637ATPase_214590.09113.3
TkA04G121590PF05673DUF8151232320.00218.1
TkA04G121590PF25199nSTAND_NTPase51312390.09813.2
TkA04G121590PF13191AAA_161621971.8e-0526.1
TkA04G121590PF01637ATPase_21621890.09113.3
TkA04G121590PF06068TIP491652160.0002820.9
TkA04G121590PF13173AAA_141662360.0001822.2
TkA04G121590PF07724AAA_21662340.003318.2
TkA04G121590PF24883NPHP3_N1661910.003318.3
TkA04G121590PF06745ATPase1661830.2411.4
TkA04G121590PF01057Parvo_NS11671870.0712.8
TkA04G121590PF12775AAA_71671950.09113.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9ZNT0拟南芥sp|Q9ZNT0|VPS4_ARATH Protein SUPPRESSOR OF K(+) TRANSPORT GROWTH DEFECT 184.200%Swiss-Prot高置信

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