TkA04G117960 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G117960

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 30677346-30680855 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2264 bp · TkA04G117960|TK1151|cDNA

AAACGAAGGGGTAAAACTGCGAACAATATGTTCACCTCGCTTCAAATCAGAATTTCAAAATTAGCGGGAGTAGTTCTTCACAATCTCAGGTTCATTCTAGTATTCGACCATGCCTGCCATCAGGATGATATAACCTCTGAGTCATAGAATTTATCGAAAATATTCAATCTTACGCCTGTTCTTCTCAACATGGAACAAAATTTGCCCTAGATTCTCCTATCGAAATTCCTAATTCCAAAACCCTAAATCGACAGAGAATG...

CDS

下载 CDS FASTA

1887 bp · TkA04G117960|TK1151|CDS

ATGGAGAGAGTAGTGTGTCCCGAAAATACGGAGCTTGTTGAGTTCATGTTGAAAAAACAAAAGGAATTGGTGGATTTATCGGAGAATAACTCCAAGACGATATCGAAAGCCTGCTTGAAGGTGTGCAGTTCCAAGACCCCAATCAAAACCCTCAAGGACTTCTCCAATGTCAAAGGTGTGGGAAAGTGGATTTTGAGAATCATGAAAGATTTCTTCACTGATGAAGCTGAGAACGAAGACATAATAGAAAGCAGTAAGAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

628 aa · TkA04G117960|TK1151|PROTEIN

MERVVCPENTELVEFMLKKQKELVDLSENNSKTISKACLKVCSSKTPIKTLKDFSNVKGVGKWILRIMKDFFTDEAENEDIIESSKRNKGNKQYVPQKNSAAYALLITLYRGTSNGIEFMRKQELMEAAQASGLSRSPIMPEIGKGKAGQFGVSSGRDWYSGWSCMKKLLDKGLAVKSSNPAKYMLTEQGKEAARDCMLRSGLVDSTESLATVELNQNNIRDSVRTNAELADDVASRHVSSSSQKRPVVIPPDTLDKLVR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G117960`
TK1151 ID	TkA04G117960
OH-1004 ID	LXL04_035633
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	97.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G117960

位置 Chr04:30677346-30680855 (+)

描述 Similar to MUS81: Crossover junction endonuclease MUS81

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g30870`	与 EME1 相互作用，形成 DNA 结构特异性核酸内切酶，其底物优先选择分支切口处具有 5' 末端的分支 DNA 结构。	The role of AtMUS81 in DNA repair and its genetic interaction with the helicase AtRecQ4A.2006 · DOI: 10.1093/nar/gkl576 The role of AtMUS81 in interference-insensitive crossovers in A. thaliana.2007 · DOI: 10.1371/journal.pgen.0030132 Expression and functional analysis of AtMUS81 in Arabidopsis meiosis reveals a role in the second pathway of crossing-over.2008 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03403.x Two distinct MUS81-EME1 complexes from Arabidopsis process Holliday junctions.2009 · DOI: 10.1104/pp.109.136846 RAD5A, RECQ4A, and MUS81 have specific functions in homologous recombination and define different pathways of DNA repair in Arabidopsis thaliana.2010 · DOI: 10.1105/tpc.110.078568 The Structure-Specific Endonucleases MUS81 and SEND1 Are Essential for Telomere Stability in Arabidopsis.2016 · DOI: 10.1105/tpc.15.00898

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0948100`	与 EME1 相互作用，形成 DNA 结构特异性核酸内切酶，其底物优先选择分支切口处具有 5' 末端的分支 DNA 结构。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035633 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000712 resolution of meiotic recombination intermediates 生物过程

GO:0000723 telomere maintenance 生物过程

GO:0000724 double-strand break repair via homologous recombination 生物过程

GO:0000727 double-strand break repair via break-induced replication 生物过程

GO:0006265 DNA topological change 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006308 DNA catabolic process 生物过程

GO:0006312 mitotic recombination 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0007129 homologous chromosome pairing at meiosis 生物过程

GO:0031297 replication fork processing 生物过程

GO:0031573 mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G30870

dha:DEHA2G05214g

dosa:Os01g0948100

dre:406839

kla:KLLA0_E03015g

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.873

排名 1 · TkA04G117960 · TK1151

细胞质0.193

排名 2 · TkA04G117960 · TK1151

线粒体0.035

排名 3 · TkA04G117960 · TK1151

细胞膜0.025

排名 4 · TkA04G117960 · TK1151

内质网0.013

排名 5 · TkA04G117960 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02732ERCC480-107 aa

PF21136WHD_MUS8196-194 aa

PF20008DUF6429162-198 aa

PF02732ERCC4212-260 aa

PF00627UBA252-271 aa

PF07223DUF1421254-268 aa

PF02732ERCC4388-511 aa

PF21292EME1-MUS81_C388-403 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G117960	`PF02732`	ERCC4	80	107	1e-24	87.8
TkA04G117960	`PF21136`	WHD_MUS81	96	194	2.6e-12	47.7
TkA04G117960	`PF20008`	DUF6429	162	198	0.11	12.9
TkA04G117960	`PF02732`	ERCC4	212	260	1e-24	87.8
TkA04G117960	`PF00627`	UBA	252	271	0.038	14.6
TkA04G117960	`PF07223`	DUF1421	254	268	0.17	12.5
TkA04G117960	`PF02732`	ERCC4	388	511	1e-24	87.8
TkA04G117960	`PF21292`	EME1-MUS81_C	388	403	3.9e-06	27.7
TkA04G117960	`PF21292`	EME1-MUS81_C	493	515	3.9e-06	27.7
TkA04G117960	`PF21292`	EME1-MUS81_C	558	598	3.9e-06	27.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q5W9E7`	拟南芥	sp\|Q5W9E7\|MUS81_ARATH Crossover junction endonuclease MUS81	51.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q8GT06`	水稻	sp\|Q8GT06\|MUS81_ORYSJ Crossover junction endonuclease MUS81	44.500%	Swiss-Prot	中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情