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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G114670
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 29772318-29777391 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2362 bp · TkA04G114670|TK1151|cDNA

CACTGATGAGTCTTGTCCGTGTATAGCGATTTTAAATCTGGTGTTGGATTACACCCGATGAGTCGCAATCTCACCTGCCATCCGACGGCTCATGTTTATCCGGATCCTCTCACCATACAAAACCAAATGCCCCCACCAAAATTATTTTTTTTCTTATCTCACCACACCTCCCACGGTGGCAATGGCCGAAACCCCAACACCGTTGCAGCCGTCGTCTCCGCCGCCGCAGGCTGCCTCCGATAATCCCGATCCCGTACAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1212 bp · TkA04G114670|TK1151|CDS

ATGTTTATCCGGATCCTCTCACCATACAAAACCAAATGCCCCCACCAAAATTATTTTTTTTCTTATCTCACCACACCTCCCACGGTGGCAATGGCCGAAACCCCAACACCGTTGCAGCCGTCGTCTCCGCCGCCGCAGGCTGCCTCCGATAATCCCGATCCCGTACAATACTGGTGTTACCAGTGCGATAAACGAGTCCCCGTCGAAACCCGACCCGATGATCCGGATATCATCTGTTTTGAGTGTAAGAACGGATTTGT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

403 aa · TkA04G114670|TK1151|PROTEIN

MFIRILSPYKTKCPHQNYFFSYLTTPPTVAMAETPTPLQPSSPPPQAASDNPDPVQYWCYQCDKRVPVETRPDDPDIICFECKNGFVESISVPSHAREVSDEDTPAFGNEFLQVLRLIAQSAREEDEPPPPPPAGHPVGDNDYLRIELDGWDNRILDVNEVEEEEDPQVDEGRARFYYDDDDEEDDDEQEEEGEEIENRNQEEEEVDEDIVRRERRDVLRLRLRDFASRASNRRNRILDWAEILMGLEDQSIEFRLQVPG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G114670
TK1151 IDTkA04G114670
OH-1004 IDLXL04_035701
关系 / 置信度序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)98.100
蛋白覆盖度 (%)TK1151 91.315 / OH-1004 34.659
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G114670
位置Chr04:29772318-29777391 (-)
描述Similar to BIR2: Inactive LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase BIR2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g64920 E3 泛素蛋白连接酶，介导靶蛋白的泛素化和随后的蛋白酶体降解。
The RING finger motif of photomorphogenic repressor COP1 specifically interacts with the RING-H2 motif of a novel Arabidopsis protein.1999 · DOI: 10.1074/jbc.274.39.27674
Biochemical evidence for ubiquitin ligase activity of the Arabidopsis COP1 interacting protein 8 (CIP8).2002 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2002.01298.x
At3g19950 E3 泛素蛋白连接酶以硫酯的形式接受来自 E2 泛素结合酶的泛素，然后将泛素直接转移至目标底物。 暂无已核实直接文献
At5g59550 参与正向调控脱落酸依赖干旱胁迫响应的E3泛素蛋白连接酶。
Suppression of Arabidopsis RING-DUF1117 E3 ubiquitin ligases, AtRDUF1 and AtRDUF2, reduces tolerance to ABA-mediated drought stress.2012 · DOI: 10.1016/j.bbrc.2012.02.131
At2g40830 可能的 E3 泛素蛋白连接酶，在体外可能具有 E3 泛素连接酶活性。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035701 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程
GO:0006952 defense response 生物过程
GO:0009626 plant-type hypersensitive response 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0031348 negative regulation of defense response 生物过程
GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程
GO:0045088 regulation of innate immune response 生物过程
GO:1900150 regulation of defense response to fungus 生物过程
GO:1900425 negative regulation of defense response to bacterium 生物过程
GO:0005576 extracellular region 细胞组分
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G27190
ath:AT1G69990
ath:AT3G28450
ath:AT5G48380
ath:AT5G64920
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.600
排名 1 · TkA04G114670 · TK1151
细胞核0.441
排名 2 · TkA04G114670 · TK1151
细胞膜0.082
排名 3 · TkA04G114670 · TK1151
内质网0.079
排名 4 · TkA04G114670 · TK1151
溶酶体／液泡0.058
排名 5 · TkA04G114670 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF21363TRAF3_RING6-16 aa
PF11789zf-Nse10-15 aa
PF29452FAR1_N12-26 aa
PF03604Zn_ribbon_RPAB454-82 aa
PF01155HypA54-88 aa
PF23412zf_RING_Vps855-62 aa
PF14369Zn_ribbon_1956-90 aa
PF23413zf_RING_Vps8_fungal56-64 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G114670PF21363TRAF3_RING6160.1612.5
TkA04G114670PF11789zf-Nse10150.1213.0
TkA04G114670PF29452FAR1_N12260.0813.7
TkA04G114670PF03604Zn_ribbon_RPAB454820.939.6
TkA04G114670PF01155HypA54888.57.2
TkA04G114670PF23412zf_RING_Vps855621.39.7
TkA04G114670PF14369Zn_ribbon_1956901e-1145.5
TkA04G114670PF23413zf_RING_Vps8_fungal56645.07.2
TkA04G114670PF13920zf-C3HC4_358670.005317.2
TkA04G114670PF27108PHD_Pygo58830.04414.6
TkA04G114670PF24042DUF7351591087.17.1
TkA04G114670PF23413zf_RING_Vps8_fungal73865.07.2
TkA04G114670PF23555zf-RING_Vps4176830.0003221.0
TkA04G114670PF23412zf_RING_Vps876821.39.7
TkA04G114670PF14447Prok-RING_4771020.3211.6
TkA04G114670PF23146Zf_IFT144_1st77831.49.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SPL2拟南芥sp|Q9SPL2|CIP8_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase CIP845.500%Swiss-Prot中等置信
Q8LPN7拟南芥sp|Q8LPN7|RNG1L_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase RING1-like51.800%Swiss-Prot低置信
Q940T5拟南芥sp|Q940T5|RDUF2_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase RDUF246.500%Swiss-Prot低置信
O22197拟南芥sp|O22197|RHC1A_ARATH Probable E3 ubiquitin-protein ligase RHC1A45.300%Swiss-Prot低置信

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