TkA04G112920 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G112920

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 29305568-29311320 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3286 bp · TkA04G112920|TK1151|cDNA

TAGGACTCTTAACCCGTTTGCTTGAATATATTAGGCTAAATTAACATTTTCATGAATAACCTAACTCATTGTCACCCTCTGTTTTATATATCAATTTTTAAAAAGAGCTCCAGTCTTTTATATTCAGTCAAATGGAAGTAGAATATTCGGTGCTGTATATTTTAAAATACATCAATCATCTCGACCTTCAATTTACGACTTCCTTTTCGTGTATGCGTACTCTACCTCTGCAAATGCTCTAATTTGCTGATTAAATCTCT...

CDS

下载 CDS FASTA

2154 bp · TkA04G112920|TK1151|CDS

ATGAGTATCATTGAAGAGAAGACTGGGGGTTACAGTTTACTTGGGGATATGAAATTGGTGAAGGAAATGCAGGATCATTGTGGGAAAAAGAAGTCAATAAATTCAGAGCTATGGCATGCATGTGCGGGGCCATTGGTAAATTTACCACAGCTTGGAAGCCTTGTTTATTACTTCCCGCAAGGACACAGTGAACAGGTGGCGGCCTCGACAAATCGAACTGCAACAACACAAGTTCCAAATTACCCGAATCTTCCTTCACA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

717 aa · TkA04G112920|TK1151|PROTEIN

MSIIEEKTGGYSLLGDMKLVKEMQDHCGKKKSINSELWHACAGPLVNLPQLGSLVYYFPQGHSEQVAASTNRTATTQVPNYPNLPSQLLCHVQNTTLHADKDTDEIYAQISLQPMNSEKDVFPIPDFGMKPSKHPTEFFCKTLTPSDTSTHGGFSVPRRAAEKLFPQLDFAMQPPTQELVVRDLHDNTWTFRHIYRGQPKRHLLTTGWSMFVSAKRLKAGDAVLFVRDERSQLLLGVRRANRQQTASSSSVLSADSMHIG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G112920`
TK1151 ID	TkA04G112920
OH-1004 ID	LXL04_035732
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G112920

位置 Chr04:29305568-29311320 (+)

描述 Similar to ARF5: Auxin response factor 5

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g19850`	生长素反应因子是与生长素反应启动子元件中发现的 DNA 序列 5'-TGTCTC-3' 特异性结合的转录因子。	Overlapping and non-redundant functions of the Arabidopsis auxin response factors MONOPTEROS and NONPHOTOTROPIC HYPOCOTYL 4.2004 · DOI: 10.1242/dev.00925 AMP1 and MP antagonistically regulate embryo and meristem development in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1242/dev.006759

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: Q01K26`	生长素反应因子 (ARF) 是与生长素反应启动子元件 (AuxRE) 中发现的 DNA 序列 5'-TGTCTC-3' 特异性结合的转录因子。	暂无已核实直接文献
`Os04g0664400`	生长素反应因子 (ARF) 是与生长素反应启动子元件 (AuxRE) 中发现的 DNA 序列 5'-TGTCTC-3' 特异性结合的转录因子。	暂无已核实直接文献
`UniProt: Q258Y5`	生长素反应因子 (ARF) 是与生长素反应启动子元件 (AuxRE) 中发现的 DNA 序列 5'-TGTCTC-3' 特异性结合的转录因子。	暂无已核实直接文献
`Os04g0671900`	生长素反应因子 (ARF) 是与生长素反应启动子元件 (AuxRE) 中发现的 DNA 序列 5'-TGTCTC-3' 特异性结合的转录因子。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035732 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0009942 longitudinal axis specification 生物过程

GO:0010051 xylem and phloem pattern formation 生物过程

GO:0010305 leaf vascular tissue pattern formation 生物过程

GO:0048364 root development 生物过程

GO:0048507 meristem development 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G19850

dosa:Os04g0664400

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.952

排名 1 · TkA04G112920 · TK1151

细胞质0.104

排名 2 · TkA04G112920 · TK1151

细胞膜0.030

排名 3 · TkA04G112920 · TK1151

质体0.017

排名 4 · TkA04G112920 · TK1151

内质网0.017

排名 5 · TkA04G112920 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25313BRWD_AD48-96 aa

PF13580SIS_251-122 aa

PF02362B3139-240 aa

PF02309AUX_IAA208-218 aa

PF25313BRWD_AD271-371 aa

PF06507ARF_AD288-370 aa

PF02309AUX_IAA606-694 aa

PF00564PB1618-673 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G112920	`PF25313`	BRWD_AD	48	96	9.3e-09	36.2
TkA04G112920	`PF13580`	SIS_2	51	122	0.078	13.7
TkA04G112920	`PF02362`	B3	139	240	1e-23	83.9
TkA04G112920	`PF02309`	AUX_IAA	208	218	3e-11	44.2
TkA04G112920	`PF25313`	BRWD_AD	271	371	9.3e-09	36.2
TkA04G112920	`PF06507`	ARF_AD	288	370	4.1e-29	101.0
TkA04G112920	`PF02309`	AUX_IAA	606	694	3e-11	44.2
TkA04G112920	`PF00564`	PB1	618	673	0.24	12.1
TkA04G112920	`PF06507`	ARF_AD	653	665	4.1e-29	101.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P93024`	拟南芥	sp\|P93024\|ARFE_ARATH Auxin response factor 5	55.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q01K26`	水稻	sp\|Q01K26\|ARFK_ORYSI Auxin response factor 11	43.800%	Swiss-Prot	中等置信
`Q8S983`	水稻	sp\|Q8S983\|ARFK_ORYSJ Auxin response factor 11	43.800%	Swiss-Prot	中等置信
`Q258Y5`	水稻	sp\|Q258Y5\|ARFL_ORYSI Auxin response factor 12	41.900%	Swiss-Prot	中等置信
`Q0J951`	水稻	sp\|Q0J951\|ARFL_ORYSJ Auxin response factor 12	41.800%	Swiss-Prot	中等置信

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