TkA04G111910 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G111910

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 29105199-29109043 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1758 bp · TkA04G111910|TK1151|cDNA

CAAGCACAGACTCGTAATTCCGCTGAAGACCGCTGAAGAATCAAGTCGATGCCTCATGCCTTCGTTCTTTGTCTTTGACAATTGACTCCGGCCAATCGATTCTCTGAAAAAACAATTGAAATCTGCTCCTGAAATACCGAATCCCCTGATGTCGATTCCCAAGTAGAATCAAAGCAATTTCATGAAGATGATACAGTGGATCTTGAAAGCCATGAAAACGAGAAGTAAAATCTAGAACAAGTAAAAAGCAATCTGAAGTT...

CDS

下载 CDS FASTA

897 bp · TkA04G111910|TK1151|CDS

ATGCCATCTTTACACAAAGCCAAGCTCGATAAACTCCAATCCAAATTAATAATCCTCCAAAACCTCGGCTTCACCTCTTCCGACTTGGTCAAAATCATAAGCTGTAGGCCCCGTTTCCTAAATTCAAGGCTCAACAATTGCCTCGATGAACGTGTCCAATACCTCGAAAACCTTTTCGGATCAAAACAAACCCTCCAAAAAGCCATTCTCAGAAACCCTTCGATTCTAACTTACGATTTAGAAAAATTAATCAAACCCAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

298 aa · TkA04G111910|TK1151|PROTEIN

MPSLHKAKLDKLQSKLIILQNLGFTSSDLVKIISCRPRFLNSRLNNCLDERVQYLENLFGSKQTLQKAILRNPSILTYDLEKLIKPTIELYKSMGISGADLALMLLSRPTIIPRTSLTPEKLDYIRRTGASKDSKMYKYVVTLMAISRTETIREKIANLEKFGFTEDEVFRLIGTSPLLLTLSVDKVQRNMTFVVASMKLPARAVLSHPFLLFNNLEAVMKPRMIVAGKIEDLGLVPRIEGLKIFTALRMTERRFVKAFI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G111910`
TK1151 ID	TkA04G111910
OH-1004 ID	LXL04_011486
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	83.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 75.635 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA04G111910`
位置	Chr04:29105199-29109043 (+)
描述	Similar to Os05g0404000: Transcription termination factor MTERF4, chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_011486` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006353 DNA-templated transcription termination 生物过程 GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程 GO:0008380 RNA splicing 生物过程 GO:0009651 response to salt stress 生物过程 GO:0009658 chloroplast organization 生物过程 GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程 GO:0010343 singlet oxygen-mediated programmed cell death 生物过程 GO:0032502 developmental process 生物过程 GO:0042254 ribosome biogenesis 生物过程 GO:0042793 plastid transcription 生物过程 GO:0042794 plastid rRNA transcription 生物过程 GO:0048364 root development 生物过程
KEGG 基因交叉引用	ath:AT4G02990 ath:AT5G55580 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.821

排名 1 · TkA04G111910 · TK1151

质体0.126

排名 2 · TkA04G111910 · TK1151

细胞核0.044

排名 3 · TkA04G111910 · TK1151

细胞质0.032

排名 4 · TkA04G111910 · TK1151

细胞膜0.012

排名 5 · TkA04G111910 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02536mTERF9-46 aa

PF03069FmdA_AmdA15-37 aa

PF23950MLLE_219-31 aa

PF02536mTERF40-255 aa

PF14777BBIP10100-128 aa

PF03069FmdA_AmdA107-181 aa

PF23950MLLE_2153-169 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G111910	`PF02536`	mTERF	9	46	3.8e-38	131.9
TkA04G111910	`PF03069`	FmdA_AmdA	15	37	0.0031	17.2
TkA04G111910	`PF23950`	MLLE_2	19	31	0.1	13.2
TkA04G111910	`PF02536`	mTERF	40	255	3.8e-38	131.9
TkA04G111910	`PF14777`	BBIP10	100	128	0.089	13.1
TkA04G111910	`PF03069`	FmdA_AmdA	107	181	0.0031	17.2
TkA04G111910	`PF23950`	MLLE_2	153	169	0.1	13.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情