TkA04G109760 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G109760

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 28524905-28527959 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2220 bp · TkA04G109760|TK1151|cDNA

AGAAAATTGAAAAGAAAAAAAAAGCAGAAAAGCAAGGTGAAGAAATAAATGCTCCCACCCATCAGTATGATGATTGAGTTTTTAAAAAAGAAAGTAGAACCAGATGCATCATCTCTCACATCCACAACAGAATTTTTAATTTCCTTTCCTTTTCTTCTTTGCTTTTCCCCTTTTGAACTTTACTAAAATCAGCATACCCCCTTCAACCCTAACAATAATTTTCATTCCATTGTTTCACATTACACGATTTCCCGTTTCTG...

CDS

下载 CDS FASTA

1689 bp · TkA04G109760|TK1151|CDS

ATGATATCAGAAAATCCAACAAATGAAACATCATCACTTCATCAAGAACTCGAAGTACTAACCGTATCAAAACGTCTTGTAAGAAGCCTAAGCCAAAAACTAAAAAGAAAAAACCAAAGCAGTACACCCGATGACGTGGACAACACACGTGGCATTTCAATAAAATGCCCCACCCGTGGCGGCGGCTGCAAGGTCGGAGCCACCACCGGAGACGAATTCTCCGATTGCCGGGGCCGCCCTTCAACTTCCAATGACTATAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

562 aa · TkA04G109760|TK1151|PROTEIN

MISENPTNETSSLHQELEVLTVSKRLVRSLSQKLKRKNQSSTPDDVDNTRGISIKCPTRGGGCKVGATTGDEFSDCRGRPSTSNDYKPVCGPDDTTIDCFSYGVKERFWKRSNNRKITEMENTHQHVLFLPDDIVEMCLVKLPLTSLVRVRLVCKKWKVLTTTPRFLEMRRENGYQTPWLFLFGCVKNGICSKEINAFDVSSNKWHKIESEILKGRFMFSVVNIRDDVYIVGGCSSLTNFGRVDRSSVKTHKGVLVFSPL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G109760`
TK1151 ID	TkA04G109760
OH-1004 ID	LXL04_035768
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	97.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G109760

位置 Chr04:28524905-28527959 (+)

描述 Similar to At5g42350: F-box/kelch-repeat protein At5g42350

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g42350`	F-box/kelch重复蛋白 At5g42350。	暂无已核实直接文献
`At5g42360`	F-box/kelch重复蛋白 At5g42360。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035768 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001558 regulation of cell growth 生物过程

GO:0008361 regulation of cell size 生物过程

GO:0009585 red, far-red light phototransduction 生物过程

GO:0010017 red or far-red light signaling pathway 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0031146 SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0019005 SCF ubiquitin ligase complex 细胞组分

GO:0004842 ubiquitin-protein transferase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G30090

ath:AT2G24540

ath:AT5G15710

ath:AT5G42350

ath:AT5G42360

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.724

排名 1 · TkA04G109760 · TK1151

细胞质0.232

排名 2 · TkA04G109760 · TK1151

细胞膜0.071

排名 3 · TkA04G109760 · TK1151

内质网0.042

排名 4 · TkA04G109760 · TK1151

线粒体0.034

排名 5 · TkA04G109760 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13418Beta-prop_TYW492-113 aa

PF24981Beta-prop_ATRN-LZTR199-117 aa

PF12937F-box-like129-164 aa

PF00646F-box130-167 aa

PF24681Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7149-233 aa

PF13964Beta-prop_Calicin156-237 aa

PF07646Kelch_2180-208 aa

PF25210Kelch_FKB95181-296 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G109760	`PF13418`	Beta-prop_TYW4	92	113	0.068	13.8
TkA04G109760	`PF24981`	Beta-prop_ATRN-LZTR1	99	117	4e-06	27.0
TkA04G109760	`PF12937`	F-box-like	129	164	1e-05	25.9
TkA04G109760	`PF00646`	F-box	130	167	1.8e-08	34.7
TkA04G109760	`PF24681`	Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7	149	233	1.9e-11	44.4
TkA04G109760	`PF13964`	Beta-prop_Calicin	156	237	3e-07	30.5
TkA04G109760	`PF07646`	Kelch_2	180	208	0.00068	20.2
TkA04G109760	`PF25210`	Kelch_FKB95	181	296	1.7e-07	31.9
TkA04G109760	`PF13415`	Beta-prop_FBX42	181	238	0.00016	22.1
TkA04G109760	`PF24996`	NANM	193	234	0.045	13.3
TkA04G109760	`PF01344`	Kelch_1	197	209	5.3e-13	48.9
TkA04G109760	`PF13418`	Beta-prop_TYW4	197	240	0.068	13.8
TkA04G109760	`PF01344`	Kelch_1	216	271	5.3e-13	48.9
TkA04G109760	`PF07646`	Kelch_2	219	270	0.00068	20.2
TkA04G109760	`PF01344`	Kelch_1	355	386	5.3e-13	48.9
TkA04G109760	`PF13964`	Beta-prop_Calicin	355	406	3e-07	30.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FII2`	拟南芥	sp\|Q9FII2\|FK117_ARATH F-box/kelch-repeat protein At5g42350	52.900%	Swiss-Prot	高置信
`Q9FII1`	拟南芥	sp\|Q9FII1\|FK118_ARATH F-box/kelch-repeat protein At5g42360	52.900%	Swiss-Prot	高置信

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