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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G102250
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 26578917-26582833 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2187 bp · TkA04G102250|TK1151|cDNA

TTTGGAGTTATACGTTTCGTTGGAAGTTATATTCCATAGTTTTTCAGATCGGGGACTACAAATAACCACATCTCGGCACGTCTGTCATTTAGACCGCCGTGCGATTCTCCGGCGGCCAAATCCCGGCGAATCTCCGAGTTAAAGGCGCAAATCCATACTAAGAAATGGCTGTTCCGCAAGAGAGATGGTGTGTTGTCACTGGAGGAAGAGGCTTTGCTGCACGGCATTTAGTTGATATGCTTATTCGGTATGAAATATAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1695 bp · TkA04G102250|TK1151|CDS

ATGGCTGTTCCGCAAGAGAGATGGTGTGTTGTCACTGGAGGAAGAGGCTTTGCTGCACGGCATTTAGTTGATATGCTTATTCGGTATGAAATATATTCAGTTCGGATTGCTGATTTGGGACCTGATATAAAGCTGGACACACATGAAGAGAAGGGAAATCTTGGTCAAGCTTTACGGTTAGGTCGTGCTCAATATGTATCTATGGATCTCCGCGACAAATCTCAAGTATATAAAGCTTGTGAAGGGGCCGAAGTTGTTTT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

564 aa · TkA04G102250|TK1151|PROTEIN

MAVPQERWCVVTGGRGFAARHLVDMLIRYEIYSVRIADLGPDIKLDTHEEKGNLGQALRLGRAQYVSMDLRDKSQVYKACEGAEVVFHMAAPDSSINNYQLHHSVNVQGTKNIIDACTKLNVKRLIYTSSPSVVFDGIHGIHNGEETLPYASKHNDSYSETKAEGEALVIKANGVNGLLTCCIRPSSIFGPGDKLLVPSLVAAARAGKSKFIIGDGTNMYDFTYVENVAHAHVCAERALASDGSASKKAAGEAYFITNME...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G102250
TK1151 IDTkA04G102250
OH-1004 IDLXL04_035859
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G102250
位置Chr04:26578917-26582833 (-)
描述Similar to 3BETAHSD/D2: 3beta-hydroxysteroid-dehydrogenase/decarboxylase isoform 2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g26260 3β-羟基类固醇脱氢酶/脱羧酶参与甾醇合成。
Molecular and enzymatic characterizations of novel bifunctional 3beta-hydroxysteroid dehydrogenases/C-4 decarboxylases from Arabidopsis thaliana.2006 · DOI: 10.1074/jbc.m604431200
Overexpression of 3β-hydroxysteroid dehydrogenases/C-4 decarboxylases causes growth defects possibly due to abnormal auxin transport in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1007/s10059-012-0102-6
At1g47290 参与甾醇合成的3β-羟基类固醇脱氢酶/脱羧酶。
Molecular and enzymatic characterizations of novel bifunctional 3beta-hydroxysteroid dehydrogenases/C-4 decarboxylases from Arabidopsis thaliana.2006 · DOI: 10.1074/jbc.m604431200
Overexpression of 3β-hydroxysteroid dehydrogenases/C-4 decarboxylases causes growth defects possibly due to abnormal auxin transport in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1007/s10059-012-0102-6
At2g43420 3β-羟基类固醇脱氢酶/脱羧酶同工型3。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035859 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006695 cholesterol biosynthetic process 生物过程
GO:0007224 smoothened signaling pathway 生物过程
GO:0008203 cholesterol metabolic process 生物过程
GO:0016126 sterol biosynthetic process 生物过程
GO:0033489 cholesterol biosynthetic process via desmosterol 生物过程
GO:0033490 cholesterol biosynthetic process via lathosterol 生物过程
GO:0036197 zymosterol biosynthetic process 生物过程
GO:0060918 auxin transport 生物过程
GO:0099402 plant organ development 生物过程
GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分
GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分
GO:0005811 lipid droplet 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G47290
ath:AT2G26260
ath:AT2G43420
hsa:50814
mmu:18194
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.566
排名 1 · TkA04G102250 · TK1151
细胞质0.148
排名 2 · TkA04G102250 · TK1151
高尔基体0.128
排名 3 · TkA04G102250 · TK1151
细胞膜0.117
排名 4 · TkA04G102250 · TK1151
细胞核0.098
排名 5 · TkA04G102250 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF010733Beta_HSD10-284 aa
PF01370Epimerase10-238 aa
PF02719Polysacc_synt_210-130 aa
PF05368NmrA10-130 aa
PF16363GDP_Man_Dehyd11-234 aa
PF07993NAD_binding_411-210 aa
PF13460NAD_binding_1013-32 aa
PF13460NAD_binding_1061-158 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G102250PF010733Beta_HSD102841.8e-77260.8
TkA04G102250PF01370Epimerase102387.5e-35121.2
TkA04G102250PF02719Polysacc_synt_2101304.8e-0936.5
TkA04G102250PF05368NmrA101303.1e-0524.4
TkA04G102250PF16363GDP_Man_Dehyd112349e-1762.2
TkA04G102250PF07993NAD_binding_4112101.1e-1455.0
TkA04G102250PF13460NAD_binding_1013323.6e-0937.5
TkA04G102250PF13460NAD_binding_10611583.6e-0937.5
TkA04G102250PF04321RmlD_sub_bind632831.3e-1041.6
TkA04G102250PF02719Polysacc_synt_22452784.8e-0936.5
TkA04G102250PF25127DUF78192803350.0006720.3
TkA04G102250PF16363GDP_Man_Dehyd3283519e-1762.2
TkA04G102250PF10166DUF23683313450.1512.4
TkA04G102250PF02453Reticulon3815381.1e-30107.4
TkA04G102250PF10166DUF23684885320.1512.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q67ZE1拟南芥sp|Q67ZE1|HSDD2_ARATH 3beta-hydroxysteroid-dehydrogenase/decarboxylase isoform 267.000%Swiss-Prot高置信
Q9FX01拟南芥sp|Q9FX01|HSDD1_ARATH 3beta-hydroxysteroid-dehydrogenase/decarboxylase isoform 167.000%Swiss-Prot高置信
A9X4U2拟南芥sp|A9X4U2|HSDD3_ARATH 3beta-hydroxysteroid-dehydrogenase/decarboxylase isoform 340.700%Swiss-Prot中等置信

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