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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G102070
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 26514225-26515667 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1443 bp · TkA04G102070|TK1151|cDNA

ATGCTCACGTGCAAGCCGGACGCTCTCACGTGCTCCTTCACCCTCAAAGCTTGCGCACGAGCCTTAGCTTGTAACGAAGCGATCCAAATCCATTCACAAGTTATTCGATTTGGATTCATAGCAGACATCCTACTGCAAACCACTTTGCTAGATGTCTACGCAAAATCTGGTTATTTGGACAACGCCCGCAAACTGTTCGACGAAATGTCCAACAGAGATGTCACATGTTGGAATGCAATGATCGCTGGGTTGGCTCAAGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1443 bp · TkA04G102070|TK1151|CDS

ATGCTCACGTGCAAGCCGGACGCTCTCACGTGCTCCTTCACCCTCAAAGCTTGCGCACGAGCCTTAGCTTGTAACGAAGCGATCCAAATCCATTCACAAGTTATTCGATTTGGATTCATAGCAGACATCCTACTGCAAACCACTTTGCTAGATGTCTACGCAAAATCTGGTTATTTGGACAACGCCCGCAAACTGTTCGACGAAATGTCCAACAGAGATGTCACATGTTGGAATGCAATGATCGCTGGGTTGGCTCAAGG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

480 aa · TkA04G102070|TK1151|PROTEIN

MLTCKPDALTCSFTLKACARALACNEAIQIHSQVIRFGFIADILLQTTLLDVYAKSGYLDNARKLFDEMSNRDVTCWNAMIAGLAQGNQPNEALQLFTRMRDLGFKPNEITVLGALSACAQLGVVREGENIYNYIKNQNLEKNEQVCNVVIDMFGKCGYVTKAYQVFNSMKCTKTLITWNTMIMVLATNGESLEALQLFNQMSKEGFRPDNVSYLAVLCACNHAGMVKNGVELFEKMTKDGSVVPNIKHYGTMVDLLGRS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G102070
TK1151 IDTkA04G102070
OH-1004 IDLXL04_035863
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)99.200
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 83.189
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G102070
位置Chr04:26514225-26515667 (+)
描述Similar to PCMP-H68: Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g34160
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g34160 含五重复肽序列蛋白At1g34160。 暂无已核实直接文献
At1g08070 参与叶绿体中多个位点的RNA编辑事件。 暂无已核实直接文献
At3g47530 含五肽重复序列的蛋白质 At3g47530。 暂无已核实直接文献
At2g02980 参与叶绿体中的RNA编辑事件。
A study of new Arabidopsis chloroplast RNA editing mutants reveals general features of editing factors and their target sites.2009 · DOI: 10.1105/tpc.109.071472

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os12g0270200 参与线粒体中多个位点的RNA编辑事件。
Rice OGR1 encodes a pentatricopeptide repeat-DYW protein and is essential for RNA editing in mitochondria.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2009.03909.x
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035863 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0080156 mitochondrial mRNA modification 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G34160
ath:AT3G56550
ath:AT4G21065
ath:AT5G06540
dosa:Os12g0270200
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.668
排名 1 · TkA04G102070 · TK1151
质体0.177
排名 2 · TkA04G102070 · TK1151
细胞核0.064
排名 3 · TkA04G102070 · TK1151
细胞质0.036
排名 4 · TkA04G102070 · TK1151
过氧化物酶体0.007
排名 5 · TkA04G102070 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041PPR_24-20 aa
PF17177PPR_long12-171 aa
PF01535PPR15-39 aa
PF13812PPR_336-72 aa
PF13428TPR_1446-73 aa
PF01535PPR47-73 aa
PF13041PPR_247-75 aa
PF12854PPR_147-70 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G102070PF13041PPR_24202.9e-41140.0
TkA04G102070PF17177PPR_long121716.2e-0936.3
TkA04G102070PF01535PPR15391.9e-42141.3
TkA04G102070PF13812PPR_336722e-1557.3
TkA04G102070PF13428TPR_1446731.2e-0526.3
TkA04G102070PF01535PPR47731.9e-42141.3
TkA04G102070PF13041PPR_247752.9e-41140.0
TkA04G102070PF12854PPR_147703.5e-30104.1
TkA04G102070PF23276TPR_2447742.1e-0834.8
TkA04G102070PF29070MSC6_N49903.8e-1246.7
TkA04G102070PF22330Rib_mS39_PPR60860.1312.7
TkA04G102070PF28771RMD9_mid651020.1812.2
TkA04G102070PF13041PPR_2721202.9e-41140.0
TkA04G102070PF12854PPR_1731013.5e-30104.1
TkA04G102070PF13812PPR_3731112e-1557.3
TkA04G102070PF01535PPR761051.9e-42141.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9FX24拟南芥sp|Q9FX24|PPR71_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g3416057.900%Swiss-Prot高置信
Q9LN01拟南芥sp|Q9LN01|PPR21_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g08070, chloroplastic42.100%Swiss-Prot中等置信
Q9SN85拟南芥sp|Q9SN85|PP267_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g4753040.700%Swiss-Prot中等置信
Q8LK93拟南芥sp|Q8LK93|PP145_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g02980, chloroplastic40.600%Swiss-Prot中等置信
B8YEK4水稻sp|B8YEK4|OGR1_ORYSJ Pentatricopeptide repeat-containing protein OGR1, mitochondrial54.600%Swiss-Prot高置信

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