RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G100940
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 26278080-26281078 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2185 bp · TkA04G100940|TK1151|cDNA

ATCCATTTGTAAGTCCATATTACATATTTATCTATAGTGATAAACAATAAAGGCAAAGCTTCTAAACAGAAAATATTTAAACAAGCAAAAGTTGATAAAATCATAAAACACCAACACCCTGTTGTGGACTTGTGGTACAGAACTGCAGAGTGCAGATTGTAAATTTCTATGCCGAATACACCGAACAGCAAACCAGGTAGCCCAAATTTACACTTTTACTTTTAAGCCAGGTAGTTCAAAAGCCCATTTAATCTTGCTTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1449 bp · TkA04G100940|TK1151|CDS

ATGTCTCTCCTTCTTCATCATCCATGTTGTAAGTTTCTGCCTCCCTTAGATACCTTCTTTATCTGCAAAACCCCCATTAACAGATTCATTTCTTTCCCTAAACCCCCCAAACACTTCGACAACCTACCTTCTCTTACCAAATACCCAATCTTTAGAACCACCCATGTTGTAAATTGCTCGAATAACGAAGTCATTGATGAATTTACAAACACTCAATTGGACCAAACTCAAGAAAATGAGATCGAAGAGCTTGGATTGTT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

482 aa · TkA04G100940|TK1151|PROTEIN

MSLLLHHPCCKFLPPLDTFFICKTPINRFISFPKPPKHFDNLPSLTKYPIFRTTHVVNCSNNEVIDEFTNTQLDQTQENEIEELGLLGKPSPMPISVPPPPEVEDEHIKPQKEEVLEPFYKFFRDGKSVEDTSDSEDVSDEISIEEEEEEDKKVSVEYYDPKQGDFVVGVVVSGNEYKLDVNIGADLLGTMLTKEVLPLYDKELDNLLCDFEKNAEEFFTKGKIGIVRNQEALSGGPVAGQPVVEHGTVLFAEVLGRTLS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G100940
TK1151 IDTkA04G100940
OH-1004 IDLXL04_035878
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)94.700
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G100940
位置Chr04:26278080-26281078 (+)
描述Similar to PDE338: Protein PIGMENT DEFECTIVE 338, chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g71720 RNA 结合蛋白，作为 RNA 伴侣来重塑 RNA 结构并激活其翻译。
A novel RNA binding protein affects rbcL gene expression and is specific to bundle sheath chloroplasts in C4 plants.2013 · DOI: 10.1186/1471-2229-13-138
PBR1 selectively controls biogenesis of photosynthetic complexes by modulating translation of the large chloroplast gene Ycf1 in Arabidopsis.2016 · DOI: 10.1038/celldisc.2016.3

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035878 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006412 translation 生物过程
GO:0009416 response to light stimulus 生物过程
GO:0009657 plastid organization 生物过程
GO:0010196 nonphotochemical quenching 生物过程
GO:0032544 plastid translation 生物过程
GO:0043489 RNA stabilization 生物过程
GO:0045727 positive regulation of translation 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0005840 ribosome 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0009536 plastid 细胞组分
GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G71720
ath:AT5G30510
syc:syc0836_d
syn:slr1356
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.928
排名 1 · TkA04G100940 · TK1151
细胞核0.062
排名 2 · TkA04G100940 · TK1151
线粒体0.054
排名 3 · TkA04G100940 · TK1151
细胞质0.031
排名 4 · TkA04G100940 · TK1151
细胞膜0.017
排名 5 · TkA04G100940 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF26008DUF800118-26 aa
PF11081Adeno_L433K_22K98-142 aa
PF21266S1_RRP4159-187 aa
PF00575S1161-185 aa
PF31157RLSB_S1166-274 aa
PF00575S1284-295 aa
PF26008DUF8001286-322 aa
PF00575S1303-328 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G100940PF26008DUF800118261.88.8
TkA04G100940PF11081Adeno_L433K_22K981420.5111.2
TkA04G100940PF21266S1_RRP41591870.1213.3
TkA04G100940PF00575S11611852.1e-1144.7
TkA04G100940PF31157RLSB_S11662742e-56189.7
TkA04G100940PF00575S12842952.1e-1144.7
TkA04G100940PF26008DUF80012863221.88.8
TkA04G100940PF00575S13033282.1e-1144.7
TkA04G100940PF00575S13393982.1e-1144.7
TkA04G100940PF26008DUF80013734011.88.8
TkA04G100940PF11081Adeno_L433K_22K4334700.5111.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9M9H4拟南芥sp|Q9M9H4|PD338_ARATH Protein PIGMENT DEFECTIVE 338, chloroplastic59.300%Swiss-Prot高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看