TkA04G098760 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G098760

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 25743704-25747429 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1891 bp · TkA04G098760|TK1151|cDNA

GTTATGGAAGCGTAGCAAAGATAATATATGAAAAAAGCCCATACTTTACCCTGACTTTACCCTGTTATCAATTGAAGCAAAGTCAAAAACATTGAAGATCGTAACTAGGGCGAAGTCCCCACCCAATACGATTCCCGGTTAGACACTCTCTCTTTGCCGCTTCCAGCTTCGGCTGACTTCGTTTATCGTCTTCAGGATAATTTGAAATGGCAGAGCCTTCTAAAGTCATCCACGTTCGGAATGTTGGCCATGAGATTTCA...

CDS

下载 CDS FASTA

1047 bp · TkA04G098760|TK1151|CDS

ATGATGGGGTGCGATTGGACGCGGTATGGAATACAGCCTAACCGTATACTCCTGGTTACAATCCACCACATGCTCTACCCTATTACAGTGGAAGTCCTGCATCAAGTCTTTTCTCCTCATGGCCACGTGGAGAAAATTGTCACTTTCCAAAAGTCAGCTGGTTTTCAAGCACTTATTCAATTTAATTCGCGCCAGAGTGCTGTGGCTGCTAGAAATTCACTTCAGGGGCGTAATATATACGATGGTTGTTGCCAGCTGGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

348 aa · TkA04G098760|TK1151|PROTEIN

MMGCDWTRYGIQPNRILLVTIHHMLYPITVEVLHQVFSPHGHVEKIVTFQKSAGFQALIQFNSRQSAVAARNSLQGRNIYDGCCQLDIQFSNLEELQVNYNNERSRDFTNPSLPSEQKGRPSQPGYGDAGVGFPQMNNAAAIAAAFGGGLPPGISGTNERCTVLASNLNPDRIDEDKLFNLFSLYGNIVRIKLLRNKPDHALVQMGDGFQSELAVHFLKGATLFGKRLEVNFSKHSNITMGAETHEYLNSNLNRFNRNAA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G098760`
TK1151 ID	TkA04G098760
OH-1004 ID	LXL04_035891
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	99.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 97.414 / OH-1004 78.472 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G098760

位置 Chr04:25743704-25747429 (+)

描述 Similar to At1g43190: Polypyrimidine tract-binding protein homolog 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g43190`	在前mRNA剪接中发挥作用。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035891 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000381 regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0000956 nuclear-transcribed mRNA catabolic process 生物过程

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0006417 regulation of translation 生物过程

GO:0008380 RNA splicing 生物过程

GO:0033119 negative regulation of RNA splicing 生物过程

GO:0043484 regulation of RNA splicing 生物过程

GO:0045595 regulation of cell differentiation 生物过程

GO:0045727 positive regulation of translation 生物过程

GO:0045944 positive regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0048025 negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0070935 3'-UTR-mediated mRNA stabilization 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G43190

hsa:5725

mmu:19205

rno:29497

ssc:397461

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.670

排名 1 · TkA04G098760 · TK1151

细胞核0.455

排名 2 · TkA04G098760 · TK1151

细胞膜0.073

排名 3 · TkA04G098760 · TK1151

线粒体0.032

排名 4 · TkA04G098760 · TK1151

溶酶体／液泡0.031

排名 5 · TkA04G098760 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13893RRM_514-96 aa

PF11835RRM_814-91 aa

PF28976RRM_ACIN119-77 aa

PF00076RRM_127-81 aa

PF22976RRM_1028-70 aa

PF17797RL29-67 aa

PF16842RRM_occluded31-79 aa

PF23085RRM_PARP14_338-65 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G098760	`PF13893`	RRM_5	14	96	4.4e-38	130.5
TkA04G098760	`PF11835`	RRM_8	14	91	4.7e-23	81.9
TkA04G098760	`PF28976`	RRM_ACIN1	19	77	8.9e-07	29.6
TkA04G098760	`PF00076`	RRM_1	27	81	5.7e-23	81.3
TkA04G098760	`PF22976`	RRM_10	28	70	1.7e-05	25.6
TkA04G098760	`PF17797`	RL	29	67	4.6e-05	24.0
TkA04G098760	`PF16842`	RRM_occluded	31	79	2.7e-08	34.3
TkA04G098760	`PF23085`	RRM_PARP14_3	38	65	0.0077	17.0
TkA04G098760	`PF25015`	RBD_AKAP-17A	43	79	0.14	12.3
TkA04G098760	`PF28441`	RRM_11	56	70	0.17	13.0
TkA04G098760	`PF13893`	RRM_5	145	246	4.4e-38	130.5
TkA04G098760	`PF16367`	RRM_7	146	155	0.062	14.0
TkA04G098760	`PF23085`	RRM_PARP14_3	163	196	0.0077	17.0
TkA04G098760	`PF00076`	RRM_1	166	228	5.7e-23	81.3
TkA04G098760	`PF17797`	RL	169	189	4.6e-05	24.0
TkA04G098760	`PF16842`	RRM_occluded	170	227	2.7e-08	34.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q6ICX4`	拟南芥	sp\|Q6ICX4\|PTBP3_ARATH Polypyrimidine tract-binding protein homolog 3	83.100%	Swiss-Prot	高置信

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