TkA04G078980 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G078980

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 20708226-20711390 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3165 bp · TkA04G078980|TK1151|cDNA

ATGAGTACCGAAGTCAGCTTTCAGATTTTGTTGATGGGGTTGTACGTGATCATGTTTGGTGTTATGTCCACATCGGTTTCTGGTCAATGTCAAATCGACCAGCAATCGATTTTAATCCGGTTGAAGAAGGAGTTACACTTCAGTTCTTCATTATCAACAAAACTAGTGTCTTGGGACCCAAATGTGACAGATTGTTGCACCTGGGTAGGAGTTAATTGCAGCATCGAGGGTGAAGTTATAGGTCTAGATTTAAGCAACGA...

CDS

下载 CDS FASTA

3165 bp · TkA04G078980|TK1151|CDS

ATGAGTACCGAAGTCAGCTTTCAGATTTTGTTGATGGGGTTGTACGTGATCATGTTTGGTGTTATGTCCACATCGGTTTCTGGTCAATGTCAAATCGACCAGCAATCGATTTTAATCCGGTTGAAGAAGGAGTTACACTTCAGTTCTTCATTATCAACAAAACTAGTGTCTTGGGACCCAAATGTGACAGATTGTTGCACCTGGGTAGGAGTTAATTGCAGCATCGAGGGTGAAGTTATAGGTCTAGATTTAAGCAACGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1054 aa · TkA04G078980|TK1151|PROTEIN

MSTEVSFQILLMGLYVIMFGVMSTSVSGQCQIDQQSILIRLKKELHFSSSLSTKLVSWDPNVTDCCTWVGVNCSIEGEVIGLDLSNETISAGIDGSSALFGLKNLETLNLAGNYFNFTPIPSRFGSLTNLRNLNLSNSWFSSQIPGELSQLTNLQVLDLSSLFSGIRSLKLENPNLGMLVGNLTQIRVLALDSVNISAQKSDWCQALSSSLLHLEVLSLSNCQLSGPLDDSLGKLKSLSVICLAQNNLNTSVPDFFGDFR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G078980`
TK1151 ID	TkA04G078980
OH-1004 ID	LXL04_036049
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	78.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 96.774 / OH-1004 89.771 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G078980

位置 Chr04:20708226-20711390 (-)

描述 Similar to RLP7: Receptor-like protein 7

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g11080`	类受体蛋白 35。	暂无已核实直接文献
`At5g27060`	类受体蛋白 53。	暂无已核实直接文献
`At3g05660`	类受体蛋白33。	暂无已核实直接文献
`At2g33060`	类受体蛋白27。	暂无已核实直接文献
`At1g47890`	受体样蛋白 7。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036049 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0009791 post-embryonic development 生物过程

GO:0051707 response to other organism 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G45616

ath:AT1G47890

ath:AT2G15080

ath:AT3G05660

ath:AT3G11010

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.868

排名 1 · TkA04G078980 · TK1151

内质网0.088

排名 2 · TkA04G078980 · TK1151

细胞质0.057

排名 3 · TkA04G078980 · TK1151

细胞核0.046

排名 4 · TkA04G078980 · TK1151

溶酶体／液泡0.024

排名 5 · TkA04G078980 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08263LRRNT_234-74 aa

PF13855LRR_882-114 aa

PF12799LRR_482-113 aa

PF24758LRR_At5g5637082-180 aa

PF13306LRR_598-159 aa

PF25013LRR_Zer-199-202 aa

PF23598LRR_14102-215 aa

PF13516LRR_6103-113 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G078980	`PF08263`	LRRNT_2	34	74	5.3e-07	30.5
TkA04G078980	`PF13855`	LRR_8	82	114	1.3e-55	185.7
TkA04G078980	`PF12799`	LRR_4	82	113	9.4e-49	163.1
TkA04G078980	`PF24758`	LRR_At5g56370	82	180	1.6e-12	48.3
TkA04G078980	`PF13306`	LRR_5	98	159	0.031	14.9
TkA04G078980	`PF25013`	LRR_Zer-1	99	202	2.3e-10	41.5
TkA04G078980	`PF23598`	LRR_14	102	215	1.6e-36	126.6
TkA04G078980	`PF13516`	LRR_6	103	113	1.4e-07	31.8
TkA04G078980	`PF00560`	LRR_1	104	127	1.6e-61	191.6
TkA04G078980	`PF24141`	LRR_ComC	113	145	1.3e-07	32.3
TkA04G078980	`PF24048`	LRR_NXF1-5	116	159	0.46	10.8
TkA04G078980	`PF13855`	LRR_8	124	161	1.3e-55	185.7
TkA04G078980	`PF13516`	LRR_6	127	138	1.4e-07	31.8
TkA04G078980	`PF12799`	LRR_4	128	161	9.4e-49	163.1
TkA04G078980	`PF00560`	LRR_1	129	151	1.6e-61	191.6
TkA04G078980	`PF07723`	LRR_2	129	142	0.097	14.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SRL7`	拟南芥	sp\|Q9SRL7\|RLP35_ARATH Receptor-like protein 35	31.800%	Swiss-Prot	低置信
`Q9S9U3`	拟南芥	sp\|Q9S9U3\|RLP53_ARATH Receptor-like protein 53	33.200%	Swiss-Prot	低置信
`F4J8G2`	拟南芥	sp\|F4J8G2\|RLP33_ARATH Receptor-like protein 33	40.700%	Swiss-Prot	低置信
`F4IUU1`	拟南芥	sp\|F4IUU1\|RLP27_ARATH Receptor like protein 27	41.700%	Swiss-Prot	低置信
`Q9C699`	拟南芥	sp\|Q9C699\|RLP7_ARATH Receptor-like protein 7	41.200%	Swiss-Prot	中等置信

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