TkA04G067350 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G067350

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 17853116-17856440 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

735 bp · TkA04G067350|TK1151|cDNA

CTACTTCGTCAGCCAGCCCTACTCTTCAATCGCTCCCAAAGCACCCCTTGAGCTTGAAGAATGCCATCGTTTCCTCAGCCAGGCTCAGTTACTGTATGCGAAATCAACAGAGATCTAATTACCGCTGAAAGTTTTTCGGAGGATCAAGCAAAGGAAACTTATGGAAAAGTTCTTGGAGTAGTATTCGGTCCAATTTCGTACCAGTTGGAGTATCCACCGTCGCCACATCCCGATAGAGGCGTAGAACTGCCAGTGAATCG...

CDS

下载 CDS FASTA

1317 bp · TkA04G067350|TK1151|CDS

ATGCCATCGTTTCCTCAGCCAGGCTCAGTTACTGTATGCGAAATCAACAGAGATCTAATTACCGCTGAAAGTTTTTCGGAGGATCAAGCAAAGGAAACTTATGGAAAAGTTCTTGGAGTAGTATTCGGTCCAATTTCGTACCAGTTGGAGTATCCACCGTCGCCACATCCCGATAGAGGCGTAGAACTGCCAGTGAATCGTTTATCGCGTTTACTTCAAGCAGTCTCTTATGGTCCGCTTAAAAGCCTTCTTGGTTCAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

438 aa · TkA04G067350|TK1151|PROTEIN

MPSFPQPGSVTVCEINRDLITAESFSEDQAKETYGKVLGVVFGPISYQLEYPPSPHPDRGVELPVNRLSRLLQAVSYGPLKSLLGSDDVKLLQHVDLKCVGWHQKKDILAFISARNQVTIRDYGDSEGKEPCILMNDLQREAKLLEWRPNAGKTLSVGCKGGICIWAASYPGNTACVRPGVSSGSLSRGSGVKWTLVDFLRVHSDEQITALSWSPDGRYVASASYGSSSFTIWDAAQGVGTPLRRGFGSISLLKWSPTRD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G067350`
TK1151 ID	TkA04G067350
OH-1004 ID	LXL04_036173
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	95.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G067350

位置 Chr04:17853116-17856440 (+)

描述 Similar to AAAS: Aladin

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g56900`	阿拉丁（Aladin）。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036173 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001578 microtubule bundle formation 生物过程

GO:0006749 glutathione metabolic process 生物过程

GO:0006913 nucleocytoplasmic transport 生物过程

GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程

GO:0009566 fertilization 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0035264 multicellular organism growth 生物过程

GO:0046822 regulation of nucleocytoplasmic transport 生物过程

GO:0051028 mRNA transport 生物过程

GO:0090307 mitotic spindle assembly 生物过程

GO:1902365 positive regulation of protein localization to spindle pole body 生物过程

GO:0000922 spindle pole 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G56900

dme:Dmel_CG16892

hsa:8086

mmu:223921

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.495

排名 1 · TkA04G067350 · TK1151

细胞核0.311

排名 2 · TkA04G067350 · TK1151

细胞膜0.147

排名 3 · TkA04G067350 · TK1151

高尔基体0.118

排名 4 · TkA04G067350 · TK1151

溶酶体／液泡0.105

排名 5 · TkA04G067350 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23383Beta-prop_IFT140_1st90-172 aa

PF24797Beta-prop_WDR35_TULP_N92-123 aa

PF25460Beta-prop_Aladin94-430 aa

PF24817WD40_WDHD1_1st96-169 aa

PF23381Beta-prop_IFT122_1st97-160 aa

PF23414Beta-prop_EML_297-238 aa

PF25174Beta-prop_THOC398-160 aa

PF23389Beta-prop_WDR19_1st98-163 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G067350	`PF23383`	Beta-prop_IFT140_1st	90	172	1.5e-07	31.2
TkA04G067350	`PF24797`	Beta-prop_WDR35_TULP_N	92	123	1.6e-05	24.9
TkA04G067350	`PF25460`	Beta-prop_Aladin	94	430	1.1e-52	180.0
TkA04G067350	`PF24817`	WD40_WDHD1_1st	96	169	1.5e-11	44.8
TkA04G067350	`PF23381`	Beta-prop_IFT122_1st	97	160	5e-14	53.0
TkA04G067350	`PF23414`	Beta-prop_EML_2	97	238	4.1e-09	36.9
TkA04G067350	`PF25174`	Beta-prop_THOC3	98	160	5.6e-15	55.8
TkA04G067350	`PF23389`	Beta-prop_WDR19_1st	98	163	6.7e-10	39.2
TkA04G067350	`PF24814`	WD40_Prp19	98	126	1e-06	28.7
TkA04G067350	`PF24807`	WD40_CDC20-Fz	101	163	4.1e-10	40.2
TkA04G067350	`PF12894`	ANAPC4_WD40	102	174	5.5e-16	59.3
TkA04G067350	`PF23775`	Beta-prop_RIG_2nd	104	170	2.1e-06	28.1
TkA04G067350	`PF25175`	Beta-prop_WDR5	110	151	7.4e-10	39.3
TkA04G067350	`PF24105`	Beta-prop_CAF1B_HIR1	144	238	1.1e-09	38.4
TkA04G067350	`PF00400`	WD40	152	166	3.6e-13	50.1
TkA04G067350	`PF00400`	WD40	196	234	3.6e-13	50.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8GWR1`	拟南芥	sp\|Q8GWR1\|AAAS_ARATH Aladin	64.700%	Swiss-Prot	高置信

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