基因详情
输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
基因概览
TkA04G052870
当前版本: TK1151
染色体: Chr04
坐标: 14167744-14176247
链方向: -
类型: protein_coding
cDNA / CDS / 蛋白序列
cDNA
下载 cDNA FASTA1513 bp · TkA04G052870|TK1151|cDNA
ACATACTTGGTTTTTAATCAAATTTAAATTTAGAAAATTGTCAAGTAACCAAATACCTAAATAAAATACGATTTTAAAATCGGGGATCATATTTTAAAGATTTGATAGATGGGGACAGAAAAGAAAATGGCGACTCTTGCTCTCTGAATTTTCTACTGTATGCGGGTTCATTAGATTATACATTCGGACAATGTGCTTGATTATCGCAGCTAGAAATCGCCAACAATAGTGGTTACAAAGACAACAAAAACACCCAGTTT...
CDS
下载 CDS FASTA1200 bp · TkA04G052870|TK1151|CDS
ATGGATCAAGATCCTAACACCCCTCCACCAAACCAAAACCAACAATCTTTGGGATTTTCCCAATTTGCCCAAACACCCGAATTTAGAGAATTAATTTCTGTGTTAAGGCAAGGAGGATTGTCACCAAATATACCCAATCAACGCCAATTTACTCCAACTGTATCACCTACTATACCCTTCCAAAACCTCCAACAAAACTTCAGTCCCCACGCCATTTACAACCAAAACTTTAACGACCCACGAGCATTTGCACAACACGA...
400 aa · TkA04G052870|TK1151|PROTEIN
MDQDPNTPPPNQNQQSLGFSQFAQTPEFRELISVLRQGGLSPNIPNQRQFTPTVSPTIPFQNLQQNFSPHAIYNQNFNDPRAFAQHEFQNPNFYGGGSSSAQYPQNETQMPLTHEVFPETQMPPSQETVPETQRPRREPKNKQKAPTTRRGKTKPSMEIQDDKIPWTEDERIALADAWCSTSQNPTQGNDQNKATYWQSIRAKLANTMGRDENYRSTNSITSKWTLMKTQLTKFNGIYMRLSRNPPSGWNEMKILDEAVE...
上下游序列下载
序列方向与下载说明
上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。
多版本 ID 对照
| 输入 ID | TkA04G052870 |
|---|---|
| TK1151 ID | TkA04G052870 |
| OH-1004 ID | LXL04_037050 |
| 关系 / 置信度 | 跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系 |
| 蛋白一致性 (%) | 50.800 |
| 蛋白覆盖度 (%) | TK1151 97.000 / OH-1004 25.469覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。 |
| 版本 | TK1151 / GWHBCHF00000000 |
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151
展开后加载该基因的变异记录。
基因基本信息与功能注释
| 基因 ID | TkA04G052870 | |||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 位置 | Chr04:14167744-14176247 (-) | |||||||||||||||||||||
| 描述 | Similar to ATG18A: Autophagy-related protein 18a | |||||||||||||||||||||
| 拟南芥 / 水稻参考基因与文献 |
拟南芥
水稻
| |||||||||||||||||||||
| 功能注释来源 | 查看注释来源功能注释来源：OH1004 · | |||||||||||||||||||||
| GO 注释（OH1004 来源） | GO:0000045 autophagosome assembly 生物过程 GO:0000422 autophagy of mitochondrion 生物过程 GO:0000425 pexophagy 生物过程 GO:0006914 autophagy 生物过程 GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程 GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程 GO:0009267 cellular response to starvation 生物过程 GO:0009414 response to water deprivation 生物过程 GO:0009651 response to salt stress 生物过程 GO:0010150 leaf senescence 生物过程 GO:0010508 positive regulation of autophagy 生物过程 GO:0015031 protein transport 生物过程 | |||||||||||||||||||||
| KEGG 基因交叉引用 | ath:AT2G40810 ath:AT3G56440 ath:AT3G62770 ath:AT5G05150 xla:447310 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。 |
基因表达
查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。
数据来源与对应关系说明
表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。
亚细胞定位 Top 5
以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。
细胞核0.968
细胞质0.151
线粒体0.015
细胞膜0.012
细胞外0.007
LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果
预测功能结构域
结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
PF14303NAM-associated105-215 aaPF13837Myb_DNA-bind_4165-235 aaPF05880Fiji_64_capsid183-280 aaPF14303NAM-associated270-396 aa| 基因 ID | 结构域编号 | 结构域名称 | 起始 aa | 终止 aa | E 值 | 评分 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| TkA04G052870 | PF14303 | NAM-associated | 105 | 215 | 4.3e-05 | 25.1 |
| TkA04G052870 | PF13837 | Myb_DNA-bind_4 | 165 | 235 | 0.00016 | 22.7 |
| TkA04G052870 | PF05880 | Fiji_64_capsid | 183 | 280 | 0.15 | 11.0 |
| TkA04G052870 | PF14303 | NAM-associated | 270 | 396 | 4.3e-05 | 25.1 |
拟南芥 / 水稻蛋白同源
仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。
| 蛋白 | 物种 | 描述 | 一致性 | 数据库 | 置信等级 |
|---|---|---|---|---|---|
Q9M2P4 | 拟南芥 | sp|Q9M2P4|SINA2_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase SINAT2 | 71.700% | Swiss-Prot | 高置信 |
P93748 | 拟南芥 | sp|P93748|SINA1_ARATH Putative E3 ubiquitin-protein ligase SINAT1 | 77.200% | Swiss-Prot | 高置信 |
Q84JL3 | 拟南芥 | sp|Q84JL3|SINA3_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase SINAT3 | 74.300% | Swiss-Prot | 高置信 |
Q8S3N1 | 拟南芥 | sp|Q8S3N1|SINA5_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase SINAT5 | 72.400% | Swiss-Prot | 高置信 |
Q10L91 | 水稻 | sp|Q10L91|DIS1_ORYSJ E3 ubiquitin-protein ligase DIS1 | 71.600% | Swiss-Prot | 高置信 |