TkA04G052570 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G052570

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 14101559-14106335 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1200 bp · TkA04G052570|TK1151|cDNA

ATGGGGGAGAGTGACGCCGAAGTCGTGCAACAGCAAGTATGGAGCAGAGAAACAGTGCCGAAGGTGATGAAGATTATAAGTACCAGACTCCGACTGCCTCAGCGAGACCTCATCTCTCTTCTTCTCGTCTCCTCGTCTCTCCACCGTACTCTCGTTTCCACCGCTTCCCTATGGCTGGTTCTTGATTTTCATGAGATGAATAATGCCGGAGATCGACTTCTAGCTGCCCTTGCGCTGAAGAGATATCATCATGTGAAGCA...

CDS

下载 CDS FASTA

1200 bp · TkA04G052570|TK1151|CDS

ATGGGGGAGAGTGACGCCGAAGTCGTGCAACAGCAAGTATGGAGCAGAGAAACAGTGCCGAAGGTGATGAAGATTATAAGTACCAGACTCCGACTGCCTCAGCGAGACCTCATCTCTCTTCTTCTCGTCTCCTCGTCTCTCCACCGTACTCTCGTTTCCACCGCTTCCCTATGGCTGGTTCTTGATTTTCATGAGATGAATAATGCCGGAGATCGACTTCTAGCTGCCCTTGCGCTGAAGAGATATCATCATGTGAAGCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

399 aa · TkA04G052570|TK1151|PROTEIN

MGESDAEVVQQQVWSRETVPKVMKIISTRLRLPQRDLISLLLVSSSLHRTLVSTASLWLVLDFHEMNNAGDRLLAALALKRYHHVKQINLEFAQDIEDKHLDILKNKFAGSLKHLEHLNLNVCQKISDKGIEAITAATSSLKIFSIYWNVRVTDVGISHLVKNCKHIVELNLSGCKGISDKSLQMVGDNYECLELLDITRCIKITDGGLQHIMTKCSGLKSLNLYALSRYQSFISEKDVNAPIKFVCFTDEAYKKLSLLG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G052570`
TK1151 ID	TkA04G052570
OH-1004 ID	LXL04_036356
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	75.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 92.732 / OH-1004 99.282 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G052570

位置 Chr04:14101559-14106335 (-)

描述 Similar to At3g58530: F-box protein At3g58530

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g58530`	F-box蛋白At3g58530。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036356 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0010506 regulation of autophagy 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0031146 SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0044830 host-mediated perturbation of viral RNA genome replication 生物过程

GO:0051896 regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0019005 SCF ubiquitin ligase complex 细胞组分

GO:0004842 ubiquitin-protein transferase activity 分子功能

GO:0005516 calmodulin binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G58530

bta:616212

mmu:101358

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.636

排名 1 · TkA04G052570 · TK1151

细胞质0.265

排名 2 · TkA04G052570 · TK1151

线粒体0.083

排名 3 · TkA04G052570 · TK1151

细胞膜0.042

排名 4 · TkA04G052570 · TK1151

内质网0.022

排名 5 · TkA04G052570 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12937F-box-like25-59 aa

PF25372LRR_FBXL1535-189 aa

PF13516LRR_683-99 aa

PF19729LRR_FBXL1884-133 aa

PF24758LRR_At5g56370109-149 aa

PF12799LRR_4110-128 aa

PF29594LRR_SKP2112-176 aa

PF13516LRR_6113-134 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G052570	`PF12937`	F-box-like	25	59	0.064	13.8
TkA04G052570	`PF25372`	LRR_FBXL15	35	189	6.5e-20	71.7
TkA04G052570	`PF13516`	LRR_6	83	99	1.3e-16	59.9
TkA04G052570	`PF19729`	LRR_FBXL18	84	133	0.042	13.0
TkA04G052570	`PF24758`	LRR_At5g56370	109	149	0.00014	22.3
TkA04G052570	`PF12799`	LRR_4	110	128	2e-10	41.3
TkA04G052570	`PF29594`	LRR_SKP2	112	176	1.2e-15	58.3
TkA04G052570	`PF13516`	LRR_6	113	134	1.3e-16	59.9
TkA04G052570	`PF19729`	LRR_FBXL18	131	183	0.042	13.0
TkA04G052570	`PF13516`	LRR_6	140	158	1.3e-16	59.9
TkA04G052570	`PF12799`	LRR_4	140	180	2e-10	41.3
TkA04G052570	`PF29594`	LRR_SKP2	152	240	1.2e-15	58.3
TkA04G052570	`PF13516`	LRR_6	163	185	1.3e-16	59.9
TkA04G052570	`PF24758`	LRR_At5g56370	163	226	0.00014	22.3
TkA04G052570	`PF13516`	LRR_6	192	210	1.3e-16	59.9
TkA04G052570	`PF12799`	LRR_4	193	224	2e-10	41.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8LB33`	拟南芥	sp\|Q8LB33\|FB330_ARATH F-box protein At3g58530	41.000%	Swiss-Prot	中等置信

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