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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G052550
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 14089953-14094197 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

4165 bp · TkA04G052550|TK1151|cDNA

CCTGGCGATTAGATTCTGTTCAGAAATAAAATAGTTTCTTATTTCATTATTTCTCGTTTATTACCACTAAATACCCAATCATCCTTACGTGGAAGACCCACCAACGGCTACTTTCTTTTAATAATCCGACCGTTTATTTTCGAAGCCACAAAGTCCACCCTTTTCAATCTTAACGGCAGCCTGGGCCTACCGTTTGTCGCCGTAAGTCCAGATCAATATATCTTGACCGCATGATTTCAATAAGTAAACGGCTGAGATCA...

CDS

下载 CDS FASTA

3525 bp · TkA04G052550|TK1151|CDS

ATGGTGCTTGATCGTAATTCTCCGTCGTCGTCTCCGGTGAGAATCACAGTTTCTTCCTCCGGCGGGTTTCGAAATGTAGGCTTGACAAGTCCCGTGCGGCGAGCTTCTATTTCAAATTCTCCACTTAGCGGTGGGGAAATCAAGCGGTTGAGCGGTGGAAGACGAGGTTCCGGCGTCAGTGGCGGTGGTGCAGGGAGGTATCTTTCTATGTCCAAGGATGAAAGCGATGAATATGTTGCTTACACTGTTCAAATCCCTCC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

1174 aa · TkA04G052550|TK1151|PROTEIN

MVLDRNSPSSSPVRITVSSSGGFRNVGLTSPVRRASISNSPLSGGEIKRLSGGRRGSGVSGGGAGRYLSMSKDESDEYVAYTVQIPPTPEHHFMSNSLTSSEYSEVHGNPNENRIKDTVFTGGFNSETRAHARRMKSVEEIVASKSKLLCQVDGCDEKLLDKSSKAQCECGFRICNECYVDYCSSRGGVCPGCKEPFREAGEDEDDDDCQPIMSEEKDTLNPLRRNRGGIKLENNFSLVRSFKAPNQEFDHTRWLFETNG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G052550
TK1151 IDTkA04G052550
OH-1004 IDLXL04_036358
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G052550
位置Chr04:14089953-14094197 (+)
描述Similar to CSLD5: Cellulose synthase-like protein D5
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g02730 参与茎和根的生长。
Disruption of ATCSLD5 results in reduced growth, reduced xylan and homogalacturonan synthase activity and altered xylan occurrence in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2007.03281.x
At3g03050 被认为是定位于高尔基体的β-聚糖合酶，催化植物细胞壁非纤维素多糖（半纤维素）主链的聚合。
AtCSLD3, a cellulose synthase-like gene important for root hair growth in arabidopsis.2001 · DOI: 10.1104/pp.126.2.575
At5g16910 被认为是定位于高尔基体的β-聚糖合酶，催化植物细胞壁非纤维素多糖（半纤维素）主链的聚合。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os12g0555600 被认为是定位于高尔基体的β-聚糖合酶，催化植物细胞壁非纤维素多糖（半纤维素）主链的聚合。 暂无已核实直接文献
UniProt: A2ZAK8 被认为是定位于高尔基体的β-聚糖合酶，催化植物细胞壁非纤维素多糖（半纤维素）主链的聚合。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036358 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000919 cell plate assembly 生物过程
GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程
GO:0009409 response to cold 生物过程
GO:0009414 response to water deprivation 生物过程
GO:0009625 response to insect 生物过程
GO:0009651 response to salt stress 生物过程
GO:0009833 plant-type primary cell wall biogenesis 生物过程
GO:0030244 cellulose biosynthetic process 生物过程
GO:0042546 cell wall biogenesis 生物过程
GO:0048367 shoot system development 生物过程
GO:0048767 root hair elongation 生物过程
GO:0071555 cell wall organization 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G02730
ath:AT3G03050
ath:AT5G16910
dosa:Os10g0578200
dosa:Os12g0555600
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.529
排名 1 · TkA04G052550 · TK1151
内质网0.204
排名 2 · TkA04G052550 · TK1151
高尔基体0.154
排名 3 · TkA04G052550 · TK1151
细胞质0.141
排名 4 · TkA04G052550 · TK1151
细胞核0.095
排名 5 · TkA04G052550 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF28309LIC11073120-196 aa
PF05290Baculo_IE-1149-202 aa
PF14570zf-RING_4152-197 aa
PF21363TRAF3_RING164-193 aa
PF14569zf-UDP166-201 aa
PF13632Glyco_trans_2_3311-327 aa
PF05290Baculo_IE-1345-367 aa
PF13641Glyco_tranf_2_3392-430 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G052550PF28309LIC110731201961.19.7
TkA04G052550PF05290Baculo_IE-11492020.002618.5
TkA04G052550PF14570zf-RING_41521974e-0936.8
TkA04G052550PF21363TRAF3_RING1641931.39.5
TkA04G052550PF14569zf-UDP1662014.28.2
TkA04G052550PF13632Glyco_trans_2_33113272.8e-0628.0
TkA04G052550PF05290Baculo_IE-13453670.002618.5
TkA04G052550PF13641Glyco_tranf_2_33924300.003317.9
TkA04G052550PF03552Cellulose_synt39411601164.2
TkA04G052550PF13632Glyco_trans_2_36487692.8e-0628.0
TkA04G052550PF13632Glyco_trans_2_38639902.8e-0628.0
TkA04G052550PF13641Glyco_tranf_2_38699180.003317.9
TkA04G052550PF19393DUF596895710060.05214.4
TkA04G052550PF19393DUF5968109611560.05214.4
TkA04G052550PF13632Glyco_trans_2_3110311532.8e-0628.0
TkA04G052550PF13253DUF4044113611531.19.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SRW9拟南芥sp|Q9SRW9|CSLD5_ARATH Cellulose synthase-like protein D567.600%Swiss-Prot高置信
Q9M9M4拟南芥sp|Q9M9M4|CSLD3_ARATH Cellulose synthase-like protein D361.500%Swiss-Prot高置信
Q9LFL0拟南芥sp|Q9LFL0|CSLD2_ARATH Cellulose synthase-like protein D260.400%Swiss-Prot高置信
Q2QNS6水稻sp|Q2QNS6|CSLD4_ORYSJ Cellulose synthase-like protein D461.400%Swiss-Prot高置信
A2ZAK8水稻sp|A2ZAK8|CSLD1_ORYSI Cellulose synthase-like protein D160.500%Swiss-Prot高置信

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