TkA04G037300 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G037300

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 10002574-10007529 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

414 bp · TkA04G037300|TK1151|cDNA

TGGATTCTCCGTGTTCCTTACTCTGCTGTTGAAGCTATTGTTTGGTCTCTTATTGTTTATTATAGCGTCGGCTTTTCCCCTAGTGTAGGAAGGTTTTTTGGTTACGTGTTTGTTCTGTTTTCAATGCACCAGATGGCGTTAGGTCTGTTTCGTACATTGCCTGTAGTTGCTAGAAATGTCATAATTGCTAATACTTTTGGTTCGGCTGCCTTGCTTGTGGTGTTCTTGCTTGGTGGATTTATCATGCCCAAAGATATGAT...

CDS

下载 CDS FASTA

2061 bp · TkA04G037300|TK1151|CDS

TCTATCTTAACTTCTTGTTTATTAAACTCCAATTTTGCCACGTTGCAGAAGCTTATTGGTACAAATACTACCTTAGGCTACACTGTTCTTCAGTTCCATGATCTGCCTACCAATGATAACTGGTACTGGATTGGAGTTGGTGCTTTGTTACTATACGCTGTCGTTTTCAACATCATAGTGACTCTCAGTTTGGCTTATCTTAATCCTCTAAAAAACGCACAAATAGTTCCACCTGATGCTAGCGATCAAACACCATCTTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

686 aa · TkA04G037300|TK1151|PROTEIN

SILTSCLLNSNFATLQKLIGTNTTLGYTVLQFHDLPTNDNWYWIGVGALLLYAVVFNIIVTLSLAYLNPLKNAQIVPPDASDQTPSSIPDNSSRRHGMTLPFKPLSMSFHNVNYFVDMPKDMNLEGVPERKLQLLSDVSGVFLPGVLTALMGSSGAGKTTLLDVLAGRKTGGYIEGEISISGFQKEQSTFARVSGYVEQNDIHSPQVTVIESLLFSAFLRLPPDVNEKQRREFVDGVMKLVELDNLRDALVGLPGSTGLS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G037300`
TK1151 ID	TkA04G037300
OH-1004 ID	LXL04_036556
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	98.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 94.898 / OH-1004 76.860 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G037300

位置 Chr04:10002574-10007529 (+)

描述 Similar to ABCG31: ABC transporter G family member 31

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g29940`	与ABCG25一起，将脱落酸（ABA）从胚乳运出，通过ABCG30和ABCG40介导的输入输送到胚，以抑制胚根伸长和随后的胚发育。	The role of Arabidopsis ABCG9 and ABCG31 ATP binding cassette transporters in pollen fitness and the deposition of steryl glycosides on the pollen coat.2014 · DOI: 10.1105/tpc.113.118935 Abscisic acid transporters cooperate to control seed germination.2015 · DOI: 10.1038/ncomms9113
`At3g16340`	可能是一种一般防御蛋白。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os10g0205500`	可能是一种一般防御蛋白。	暂无已核实直接文献
`UniProt: A2WSH0`	可能是一种一般防御蛋白。	暂无已核实直接文献
`Os01g0609300`	可能是一种一般防御蛋白。	暂无已核实直接文献
`Os01g0177900`	可能是一种一般防御蛋白。	暂无已核实直接文献
`Os06g0554800`	可能是一种一般防御蛋白。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036556 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0010208 pollen wall assembly 生物过程

GO:0010496 intercellular transport 生物过程

GO:0015850 organic hydroxy compound transport 生物过程

GO:0048581 negative regulation of post-embryonic development 生物过程

GO:0055085 transmembrane transport 生物过程

GO:0080168 abscisic acid transport 生物过程

GO:0140352 export from cell 生物过程

GO:1901140 p-coumaryl alcohol transport 生物过程

GO:1901141 regulation of lignin biosynthetic process 生物过程

GO:1901656 glycoside transport 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G29940

ath:AT3G16340

dosa:Os10g0205500

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.368

排名 1 · TkA04G037300 · TK1151

溶酶体／液泡0.272

排名 2 · TkA04G037300 · TK1151

内质网0.209

排名 3 · TkA04G037300 · TK1151

细胞质0.122

排名 4 · TkA04G037300 · TK1151

高尔基体0.117

排名 5 · TkA04G037300 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08370PDR_assoc21-75 aa

PF01061ABC2_membrane49-62 aa

PF00005ABC_tran136-287 aa

PF13481AAA_25139-165 aa

PF03193RsgA_GTPase143-169 aa

PF13304AAA_21147-166 aa

PF13555AAA_29147-164 aa

PF02463SMC_N147-165 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G037300	`PF08370`	PDR_assoc	21	75	1.9e-21	76.3
TkA04G037300	`PF01061`	ABC2_membrane	49	62	4.9e-57	193.6
TkA04G037300	`PF00005`	ABC_tran	136	287	1.2e-20	75.2
TkA04G037300	`PF13481`	AAA_25	139	165	0.06	13.7
TkA04G037300	`PF03193`	RsgA_GTPase	143	169	0.0098	16.4
TkA04G037300	`PF13304`	AAA_21	147	166	7e-07	30.2
TkA04G037300	`PF13555`	AAA_29	147	164	0.014	15.9
TkA04G037300	`PF02463`	SMC_N	147	165	0.048	13.8
TkA04G037300	`PF00004`	AAA	150	215	0.37	12.0
TkA04G037300	`PF13304`	AAA_21	266	320	7e-07	30.2
TkA04G037300	`PF02463`	SMC_N	267	326	0.048	13.8
TkA04G037300	`PF19055`	ABC2_membrane_7	316	375	1.2e-07	31.7
TkA04G037300	`PF01061`	ABC2_membrane	433	645	4.9e-57	193.6
TkA04G037300	`PF19055`	ABC2_membrane_7	474	599	1.2e-07	31.7
TkA04G037300	`PF08370`	PDR_assoc	564	579	1.9e-21	76.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q7PC88`	拟南芥	sp\|Q7PC88\|AB31G_ARATH ABC transporter G family member 31	71.400%	Swiss-Prot	高置信
`Q94A18`	拟南芥	sp\|Q94A18\|AB29G_ARATH ABC transporter G family member 29	60.400%	Swiss-Prot	高置信
`Q8S628`	水稻	sp\|Q8S628\|AB51G_ORYSJ ABC transporter G family member 51	65.800%	Swiss-Prot	高置信
`A2WSH0`	水稻	sp\|A2WSH0\|AB36G_ORYSI ABC transporter G family member 36	59.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q0JLC5`	水稻	sp\|Q0JLC5\|AB36G_ORYSJ ABC transporter G family member 36	59.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q8GU87`	水稻	sp\|Q8GU87\|AB31G_ORYSJ ABC transporter G family member 31	48.600%	Swiss-Prot	中等置信
`Q5Z9S8`	水稻	sp\|Q5Z9S8\|AB42G_ORYSJ ABC transporter G family member 42	50.800%	Swiss-Prot	高置信

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