TkA04G023270 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G023270

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 5975714-5981450 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2534 bp · TkA04G023270|TK1151|cDNA

TTACAACACGCCCTACCAATTTTCCCCATTGTATTGTATGTGCCCTACTAATTTCTTTTCGAGTTCGCAACGAAGCTTTCGTTGGTAAGGAGATGCGAAAGAATTGAATCTTAATTCCAGTAGTGTATTTGGATAGTCTGAATCTGTTAAGCTATAAGTGATGGCTCCCAATCCCAGAGTTGCAAAAGCCTTTCGTGCCATGAGAGAGATTGGGATTCCTGAAGAGAAAACAAAACCAGTTTTAAAAGACCTTCTTAAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

2088 bp · TkA04G023270|TK1151|CDS

ATGGCTCCCAATCCCAGAGTTGCAAAAGCCTTTCGTGCCATGAGAGAGATTGGGATTCCTGAAGAGAAAACAAAACCAGTTTTAAAAGACCTTCTTAAAACCTATGAAAAAAATTGGGAACTTATTGAAGCAGAAAACTATCGAGCACTTGCAGATGCTATTTTCGACAGTGAGGAAGCAGAAGCTTTAGAACAGAAGAAAAAACAAGAAATTGCTGAAGCTGAAGCATTAGAACAGAAAAAGAAACTCGAGTTAGCTGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

695 aa · TkA04G023270|TK1151|PROTEIN

MAPNPRVAKAFRAMREIGIPEEKTKPVLKDLLKTYEKNWELIEAENYRALADAIFDSEEAEALEQKKKQEIAEAEALEQKKKLELAERMKVLEEETQIPEEPERPLKRLRLRHQDSPSCTTSNPNSNTTPLKKPKLEIDDIPYAIPRLRSQGRNKGKQPVSDMTESDVLTETGSESGISVRHLRNKGKEPILSQEKRVVSDRVSSHGVRFKEPKVKQSPFFLVKPKDEPVTDDTSAPAVVPLAVIRPEPLTNGDSSTENG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G023270`
TK1151 ID	TkA04G023270
OH-1004 ID	LXL04_036825
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.993 / OH-1004 98.286 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G023270

位置 Chr04:5975714-5981450 (-)

描述 Similar to SUVR2: Probable inactive histone-lysine N-methyltransferase SUVR2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g43990`	可能不活跃的组蛋白赖氨酸甲基转移酶，作为转录基因沉默的调节因子，其作用独立于组蛋白H3K9甲基化。	SUVR2 is involved in transcriptional gene silencing by associating with SNF2-related chromatin-remodeling proteins in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1038/cr.2014.156
`At3g04380`	组蛋白甲基转移酶，在未结合泛素时，将组蛋白H3的单甲基化'Lys-9'（H3K9me1）转化为二甲基化'Lys-9'（H3K9me2）；在结合泛素时，将'Lys-9'转化为三甲基化（H3K9me3）。	The SUVR4 histone lysine methyltransferase binds ubiquitin and converts H3K9me1 to H3K9me3 on transposon chromatin in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1001325
`At1g04050`	可能不活跃的组蛋白赖氨酸甲基转移酶，作为转录基因沉默的调节因子，其作用独立于组蛋白H3K9甲基化。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036825 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006325 chromatin organization 生物过程

GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程

GO:0006346 DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation 生物过程

GO:0018026 peptidyl-lysine monomethylation 生物过程

GO:0018027 peptidyl-lysine dimethylation 生物过程

GO:0031047 regulatory ncRNA-mediated gene silencing 生物过程

GO:0032259 methylation 生物过程

GO:0040029 epigenetic regulation of gene expression 生物过程

GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0045995 regulation of embryonic development 生物过程

GO:0050821 protein stabilization 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G04050

ath:AT3G04380

ath:AT5G43990

mmu:77683

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.950

排名 1 · TkA04G023270 · TK1151

细胞质0.103

排名 2 · TkA04G023270 · TK1151

细胞膜0.028

排名 3 · TkA04G023270 · TK1151

内质网0.013

排名 4 · TkA04G023270 · TK1151

线粒体0.013

排名 5 · TkA04G023270 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF10440WIYLD6-59 aa

PF00856SET111-119 aa

PF22724NCAB1298-383 aa

PF00856SET537-659 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G023270	`PF10440`	WIYLD	6	59	4.6e-23	81.5
TkA04G023270	`PF00856`	SET	111	119	5.7e-20	72.4
TkA04G023270	`PF22724`	NCAB1	298	383	0.036	14.8
TkA04G023270	`PF00856`	SET	537	659	5.7e-20	72.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FNC7`	拟南芥	sp\|Q9FNC7\|SUVR2_ARATH Probable inactive histone-lysine N-methyltransferase SUVR2	38.000%	Swiss-Prot	中等置信
`Q8W595`	拟南芥	sp\|Q8W595\|SUVR4_ARATH Histone-lysine N-methyltransferase SUVR4	61.100%	Swiss-Prot	低置信
`Q946J2`	拟南芥	sp\|Q946J2\|SUVR1_ARATH Probable inactive histone-lysine N-methyltransferase SUVR1	37.100%	Swiss-Prot	中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情