TkA04G013240 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G013240

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 3285557-3292272 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3120 bp · TkA04G013240|TK1151|cDNA

ATATATATAGGAGAGTGGTTTCCATCCAATAACCTATAAAAATATACTATTCTGAAAGCCTATAAATCCGTTACCTTCAGGTGACACTTCGTCTTTGTAAAAAGCCGAGTTTATAAACAAGAAACCCGATAATACAAGCATCATGAAAACGATGATCTCGTCGCCGATCATAAACTTCCACCCCCAGTCTTCTCTGGCCTCGGGTTATCATCGTCTTTCTCCCCTCCTTCCATCACCAACTGGAACTGTAGTCCTTAAAG...

CDS

下载 CDS FASTA

1827 bp · TkA04G013240|TK1151|CDS

ATGAAAACGATGATCTCGTCGCCGATCATAAACTTCCACCCCCAGTCTTCTCTGGCCTCGGGTTATCATCGTCTTTCTCCCCTCCTTCCATCACCAACTGGAACTGTAGTCCTTAAAGGATCCAATTTTCAATGTAAGGCCGTATCAAAATCTCCTACACAAGAATACCTTGATGTACTTCAAAAAAATGGTTTGCCATTTATAAACTGGCAAAATGACATCGTGGAGGATGACGTGGCTACAGATAAGATTTTGTACCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

608 aa · TkA04G013240|TK1151|PROTEIN

MKTMISSPIINFHPQSSLASGYHRLSPLLPSPTGTVVLKGSNFQCKAVSKSPTQEYLDVLQKNGLPFINWQNDIVEDDVATDKILYPSDEIKGFVERIRAMLGSMDEGEITVSAYDTAWVALVQDVNGTGRPQFPSSLEWIMNNQLPDGSWGDRLIFSAHDRIINTLACVIALTSWNVHPNKCKKGLKFLNENISKLEEENPEHMPIGFEVAFPSLIDIARKLDIEVPEDSPALKEIYARRNLKLTKIPKNLMHKVPTTL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G013240`
TK1151 ID	TkA04G013240
OH-1004 ID	LXL04_036969
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	99.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.178 / OH-1004 75.093 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA04G013240`
位置	Chr04:3285557-3292272 (+)
描述	Similar to TPS28: (-)-kolavenyl diphosphate synthase TPS28, chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_036969` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0009686 gibberellin biosynthetic process 生物过程 GO:0016102 diterpenoid biosynthetic process 生物过程 GO:0009507 chloroplast 细胞组分 GO:0000287 magnesium ion binding 分子功能 GO:0009905 ent-copalyl diphosphate synthase activity 分子功能 GO:0010333 terpene synthase activity 分子功能 GO:0016853 isomerase activity 分子功能 GO:0102161 copal-8-ol diphosphate synthase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用	ag:ANO43021 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.958

排名 1 · TkA04G013240 · TK1151

细胞质0.062

排名 2 · TkA04G013240 · TK1151

线粒体0.051

排名 3 · TkA04G013240 · TK1151

过氧化物酶体0.051

排名 4 · TkA04G013240 · TK1151

细胞核0.022

排名 5 · TkA04G013240 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03936Terpene_synth_C192-224 aa

PF01397Terpene_synth271-477 aa

PF08730Rad33336-366 aa

PF08730Rad33537-569 aa

PF03936Terpene_synth_C563-606 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G013240	`PF03936`	Terpene_synth_C	192	224	4e-05	23.8
TkA04G013240	`PF01397`	Terpene_synth	271	477	2.3e-49	168.4
TkA04G013240	`PF08730`	Rad33	336	366	0.095	13.4
TkA04G013240	`PF08730`	Rad33	537	569	0.095	13.4
TkA04G013240	`PF03936`	Terpene_synth_C	563	606	4e-05	23.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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