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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G012390
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 3098061-3100494 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2004 bp · TkA04G012390|TK1151|cDNA

GTCCCCACTTCGCAGTTCAAATTGCCCTGAATACTTTTCAAAGGGTTTTCAATTTGCCGGCGGACCAAAGAGGCGCTCCGGAGTTTTTCAACAGGTGAGAAGTTCAATAACCGGCGTCTCTCTTCAACATCCATCACCGGTTACTTTACCATGGAGTCTCCCACACCAAATCACTTACGCACAATCAAACTCTGGCCTCCAAGTCACGGCACTCGTCTAGTCCTGGTACAACGTATAGTAAAAAACCTTACCTCTCCTTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1635 bp · TkA04G012390|TK1151|CDS

ATGGAGTCTCCCACACCAAATCACTTACGCACAATCAAACTCTGGCCTCCAAGTCACGGCACTCGTCTAGTCCTGGTACAACGTATAGTAAAAAACCTTACCTCTCCTTCCATTCTATCCAGAAAATACGGTATCTTAAGCAAAGAAGAAGCAGAAGAAGAAGCAAAACAAATAGAAGCTTCAGCTTTCACCATTGCAAACCAACACTTTGAAAAAGAACCAGATAGTGATGGAGGATCTGCTGTTCAAACTTACGCCAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

544 aa · TkA04G012390|TK1151|PROTEIN

MESPTPNHLRTIKLWPPSHGTRLVLVQRIVKNLTSPSILSRKYGILSKEEAEEEAKQIEASAFTIANQHFEKEPDSDGGSAVQTYAKESSKLMVEAVKRGPKPKSEPESEPVPDSLTPQHEQETFFDISGGKRAFIESEEAQELLKPLSEPGNKYTKICFSNRSFGLEAAHVAGPVLSALKQQLTEVDLSDFIAGRPEAEAIEVMTIFSSALEGSNLRYLNLSNNALGEKGVRAFEKLLSSQSNLEELYLMNDGISEEAA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G012390
TK1151 IDTkA04G012390
OH-1004 IDLXL04_036977
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)96.300
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 98.692
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G012390
位置Chr04:3098061-3100494 (-)
描述Similar to RANGAP1: RAN GTPase-activating protein 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g19320 用作核Ras相关调节蛋白Ran的GTP酶激活因子，将其转化为推测的不活跃GDP结合状态。 暂无已核实直接文献
At3g63130 用作核Ras相关调节蛋白Ran的GTP酶激活因子，将其转化为推测的不活跃GDP结合状态。
Plant RanGAPs are localized at the nuclear envelope in interphase and associated with microtubules in mitotic cells.2002 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2002.01324.x
RanGAP1 is a continuous marker of the Arabidopsis cell division plane.2008 · DOI: 10.1073/pnas.0806157105

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036977 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000911 cytokinesis by cell plate formation 生物过程
GO:0006606 protein import into nucleus 生物过程
GO:0006913 nucleocytoplasmic transport 生物过程
GO:0007249 canonical NF-kappaB signal transduction 生物过程
GO:0032687 negative regulation of interferon-alpha production 生物过程
GO:0032688 negative regulation of interferon-beta production 生物过程
GO:0032715 negative regulation of interleukin-6 production 生物过程
GO:0032720 negative regulation of tumor necrosis factor production 生物过程
GO:0043124 negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction 生物过程
GO:0045824 negative regulation of innate immune response 生物过程
GO:0048147 negative regulation of fibroblast proliferation 生物过程
GO:0050680 negative regulation of epithelial cell proliferation 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G63130
ath:AT5G19320
hsa:197358
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.619
排名 1 · TkA04G012390 · TK1151
细胞核0.558
排名 2 · TkA04G012390 · TK1151
线粒体0.053
排名 3 · TkA04G012390 · TK1151
细胞膜0.028
排名 4 · TkA04G012390 · TK1151
内质网0.023
排名 5 · TkA04G012390 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13943WPP12-106 aa
PF29265LRR_CARMIL154-437 aa
PF12799LRR_4182-191 aa
PF13516LRR_6184-191 aa
PF29247LRR_MHP1-HER1-GIP3204-278 aa
PF13855LRR_8214-252 aa
PF29255LRR_NLRC3215-467 aa
PF27087LRR_TMOD-LMOD215-333 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G012390PF13943WPP121061.3e-34119.4
TkA04G012390PF29265LRR_CARMIL1544375.4e-1349.2
TkA04G012390PF12799LRR_41821916.3e-0833.3
TkA04G012390PF13516LRR_61841911.4e-1556.7
TkA04G012390PF29247LRR_MHP1-HER1-GIP32042784.9e-0730.0
TkA04G012390PF13855LRR_82142520.1812.3
TkA04G012390PF29255LRR_NLRC32154677.5e-29101.4
TkA04G012390PF27087LRR_TMOD-LMOD2153332.1e-1041.1
TkA04G012390PF13516LRR_62162351.4e-1556.7
TkA04G012390PF00560LRR_12162384.2e-0935.5
TkA04G012390PF12799LRR_42162526.3e-0833.3
TkA04G012390PF29252LRR_NLRC42203060.0001521.8
TkA04G012390PF13516LRR_62442641.4e-1556.7
TkA04G012390PF00560LRR_12442584.2e-0935.5
TkA04G012390PF12799LRR_42442816.3e-0833.3
TkA04G012390PF13855LRR_82712820.1812.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9M651拟南芥sp|Q9M651|RAGP2_ARATH RAN GTPase-activating protein 266.700%Swiss-Prot高置信
Q9LE82拟南芥sp|Q9LE82|RAGP1_ARATH RAN GTPase-activating protein 170.600%Swiss-Prot高置信

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