TkA04G012240 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G012240

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 3044655-3049724 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2795 bp · TkA04G012240|TK1151|cDNA

AAAAATCAAAAAAGTTTATTAAAAAAAATGGAATAAAAAGGACTGCGGTTTCGCCCAAGAGAAAAACCCTCCCTCCCTGCGATCAAATCAAAAATTAACGCTTCTGTAGTTCTCTTTCGTTATCCCCTGTCGCCGTCGGATATTCTCAGTCCGTCGACTATTTTCCGGCGATCTTCGTTTTCTCTCACAGATCGCAGCACCTTCAAAACACTCACAGTATAATCATATCAAAGAACAGCAGTGTGAATTTACGGGGAAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

2280 bp · TkA04G012240|TK1151|CDS

ATGAAGTTCCAAATCGAAGATGTAACAGTCTACTTCCCATACGATCACATATACCCTGAACAGTACTCCTACATGATCGAACTCAAACGAGCCCTAGACGCCAAAGGACATTGCCTCCTTGAAATGCCCACCGGTACCGGAAAAACCATCGCCCTTCTCTCATTGATCACCAGCTACACTCTCTCCAAACCATCTAACCCCGTTAAGCTACTCTACTGTACTCGCACGGTTCACGAGATGGAAAAAACCCTAGCTGAGCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

759 aa · TkA04G012240|TK1151|PROTEIN

MKFQIEDVTVYFPYDHIYPEQYSYMIELKRALDAKGHCLLEMPTGTGKTIALLSLITSYTLSKPSNPVKLLYCTRTVHEMEKTLAELKLLHKYQLENIGPSARMLALGLSSRKNLCINPEVVSAENRDSVDAGCRKLTASWVRALAIENPNIPTCSFYERYEKAGSDAVLPPGVYTLQDLRIFGKDKGWCPYFLARHMVQFANVVVYSYQYLLDPKVAGIISKEMQRESVVVFDEAHNIDNVCIEALSVSVRKQTLEGAT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G012240`
TK1151 ID	TkA04G012240
OH-1004 ID	LXL04_036984
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	97.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G012240

位置 Chr04:3044655-3049724 (-)

描述 Similar to XPD: General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g03190`	ATP依赖的5'-3' DNA解旋酶，是一般转录和DNA修复因子IIH（TFIIH）核心复合物的组成部分，参与损伤DNA的一般和转录偶联核苷酸切除修复（NER）；当与CDK激活激酶（CAK）复合时，参与RNA聚合酶II的转录。	Arabidopsis UVH6, a homolog of human XPD and yeast RAD3 DNA repair genes, functions in DNA repair and is essential for plant growth.2003 · DOI: 10.1104/pp.103.021808 Evidence that heat and ultraviolet radiation activate a common stress-response program in plants that is altered in the uvh6 mutant of Arabidopsis thaliana.1997 · DOI: 10.1104/pp.115.4.1351

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036984 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000462 maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006283 transcription-coupled nucleotide-excision repair 生物过程

GO:0006289 nucleotide-excision repair 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006362 transcription elongation by RNA polymerase I 生物过程

GO:0006366 transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006367 transcription initiation at RNA polymerase II promoter 生物过程

GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程

GO:0007059 chromosome segregation 生物过程

GO:0008283 cell population proliferation 生物过程

GO:0008340 determination of adult lifespan 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G03190

bta:100125238

hsa:2068

mmu:13871

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.683

排名 1 · TkA04G012240 · TK1151

细胞质0.340

排名 2 · TkA04G012240 · TK1151

内质网0.036

排名 3 · TkA04G012240 · TK1151

细胞膜0.035

排名 4 · TkA04G012240 · TK1151

高尔基体0.033

排名 5 · TkA04G012240 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04851ResIII24-77 aa

PF13086AAA_1128-134 aa

PF00270DEAD34-93 aa

PF13401AAA_2235-67 aa

PF00176SNF2-rel_dom38-241 aa

PF09848SLFN-g3_helicase44-85 aa

PF06733DEAD_272-256 aa

PF18127NAMPT_N191-242 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G012240	`PF04851`	ResIII	24	77	5.6e-07	30.3
TkA04G012240	`PF13086`	AAA_11	28	134	0.012	16.1
TkA04G012240	`PF00270`	DEAD	34	93	8.5e-06	26.3
TkA04G012240	`PF13401`	AAA_22	35	67	0.13	13.3
TkA04G012240	`PF00176`	SNF2-rel_dom	38	241	0.02	14.7
TkA04G012240	`PF09848`	SLFN-g3_helicase	44	85	0.15	12.1
TkA04G012240	`PF06733`	DEAD_2	72	256	4.3e-51	173.7
TkA04G012240	`PF18127`	NAMPT_N	191	242	0.027	15.4
TkA04G012240	`PF04851`	ResIII	202	240	5.6e-07	30.3
TkA04G012240	`PF00270`	DEAD	202	241	8.5e-06	26.3
TkA04G012240	`PF09848`	SLFN-g3_helicase	222	241	0.15	12.1
TkA04G012240	`PF13401`	AAA_22	227	248	0.13	13.3
TkA04G012240	`PF06777`	HBB	270	413	1.8e-41	142.2
TkA04G012240	`PF18127`	NAMPT_N	411	426	0.027	15.4
TkA04G012240	`PF06777`	HBB	437	470	1.8e-41	142.2
TkA04G012240	`PF13307`	Helicase_C_2	524	699	6e-29	102.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8W4M7`	拟南芥	sp\|Q8W4M7\|ERCC2_ARATH General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD	81.900%	Swiss-Prot	高置信

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