TkA04G010350 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G010350

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 2460738-2463734 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2250 bp · TkA04G010350|TK1151|cDNA

TCAACAGGGAATAACCATGATGTTGTAAGGGCTTTTGATTACACAGAAGAAACGGAAAGCCCATTTCAGAATTTGGATGCAGATACAGAAGAGTTAGATATTCCACATTTTGTTGGGGATCTGAGAGCCCTAATGGTAGATGATAGTGAGGATGAAATTGTGTTGGATAGTGATGACGATGAAGCAATCTCTGACCAAAAACATGGAAAAATCAGAGGAAGTTTATGGAGACATGCACAATCAGTTGATGTTCGTTCTTC...

CDS

下载 CDS FASTA

2250 bp · TkA04G010350|TK1151|CDS

TCAACAGGGAATAACCATGATGTTGTAAGGGCTTTTGATTACACAGAAGAAACGGAAAGCCCATTTCAGAATTTGGATGCAGATACAGAAGAGTTAGATATTCCACATTTTGTTGGGGATCTGAGAGCCCTAATGGTAGATGATAGTGAGGATGAAATTGTGTTGGATAGTGATGACGATGAAGCAATCTCTGACCAAAAACATGGAAAAATCAGAGGAAGTTTATGGAGACATGCACAATCAGTTGATGTTCGTTCTTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

749 aa · TkA04G010350|TK1151|PROTEIN

STGNNHDVVRAFDYTEETESPFQNLDADTEELDIPHFVGDLRALMVDDSEDEIVLDSDDDEAISDQKHGKIRGSLWRHAQSVDVRSSAGSNLTDKVSNNENEIVDTKCSKGDQIVNLNDSSINFQDENLVVNESPQPGESSEANALEFVDHYLSISGVNSSPDFKILKNESSRSPFSSCAKGSQKLAMNLKTSSINKAFDWDIDQPDHGCDIFSEKKVEDEGFEELSKHQNDDNVDIFDVGLDTQMAAEAMESLIYATPP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G010350`
TK1151 ID	TkA04G010350
OH-1004 ID	LXL04_028925
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	32.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 79.306 / OH-1004 67.780 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA04G010350`
位置	Chr04:2460738-2463734 (+)
描述	Similar to Paxip1: PAX-interacting protein 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_028925` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000076 DNA replication checkpoint signaling 生物过程 GO:0006281 DNA repair 生物过程 GO:0006310 DNA recombination 生物过程 GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程 GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程 GO:0006974 DNA damage response 生物过程 GO:0010212 response to ionizing radiation 生物过程 GO:0031398 positive regulation of protein ubiquitination 生物过程 GO:0043542 endothelial cell migration 生物过程 GO:0060261 positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II 生物过程 GO:1902749 regulation of cell cycle G2/M phase transition 生物过程 GO:1990166 protein localization to site of double-strand break 生物过程
KEGG 基因交叉引用	bta:513213 hsa:22976 mmu:55982 ssc:100144453 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.974

排名 1 · TkA04G010350 · TK1151

细胞质0.074

排名 2 · TkA04G010350 · TK1151

细胞膜0.020

排名 3 · TkA04G010350 · TK1151

内质网0.010

排名 4 · TkA04G010350 · TK1151

质体0.008

排名 5 · TkA04G010350 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF30476LNK71-104 aa

PF30476LNK168-197 aa

PF16770RTT107_BRCT_5346-354 aa

PF30476LNK454-490 aa

PF16770RTT107_BRCT_5512-603 aa

PF00533BRCT540-590 aa

PF16589BRCT_2558-599 aa

PF00533BRCT628-666 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G010350	`PF30476`	LNK	71	104	0.72	11.2
TkA04G010350	`PF30476`	LNK	168	197	0.72	11.2
TkA04G010350	`PF16770`	RTT107_BRCT_5	346	354	1.4e-13	51.3
TkA04G010350	`PF30476`	LNK	454	490	0.72	11.2
TkA04G010350	`PF16770`	RTT107_BRCT_5	512	603	1.4e-13	51.3
TkA04G010350	`PF00533`	BRCT	540	590	8.7e-05	23.4
TkA04G010350	`PF16589`	BRCT_2	558	599	1.9e-15	57.7
TkA04G010350	`PF00533`	BRCT	628	666	8.7e-05	23.4
TkA04G010350	`PF16589`	BRCT_2	632	716	1.9e-15	57.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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