TkA04G010220 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G010220

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 2424515-2435243 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1443 bp · TkA04G010220|TK1151|cDNA

CTGCTGCCACGTTTCGCACACATACAGAGACATATGAACGAGTACACCGCTAATCGTCTTGGGGTTCTTCCGATTTTATCAAAATTTGGGTGCTTTTAGATTACTGCATTTCGAGTACTCCGTCAGTAGAAACAACGACGAAATCTTCACTGTTCATACTTAAAAGCTTATATTTCACAGAAGAAGCGGTATATTAATGCCAATTAAGTTTAGGAAGACTATAGATTTAGAAGAAGGATGGGAGTTTCTGGAGACTGGGA...

CDS

下载 CDS FASTA

759 bp · TkA04G010220|TK1151|CDS

ATGCCAATTAAGTTTAGGAAGACTATAGATTTAGAAGAAGGATGGGAGTTTCTGGAGACTGGGATAAACAAATTGAAAAGAATTCTGGAAGGGCATCCTGAACCACAATTTGAGCCTGAAGAGTACATGATGATGTACACCACTGTCTTTAACATGGCCAACCAGAAATGCCGCCATGATTATTCTAGAGAGCTATATGAAAAGTACAAGGAAACAATTCAAGATTACATCAGTTCAATGGTATTGCCATCATTAAGAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

252 aa · TkA04G010220|TK1151|PROTEIN

MPIKFRKTIDLEEGWEFLETGINKLKRILEGHPEPQFEPEEYMMMYTTVFNMANQKCRHDYSRELYEKYKETIQDYISSMVLPSLREKHGEFMLRELVNRWMNHKVMVKWLYKFFQYLERYFISRRDFPSLDEVALTCFRDMVYEELKGKAKDVVIALIDQEREGEVIDRALVKNVVDIYVEIGMGDMNYYVNDFENDMLSATAVYYSQKASNWIMEDSSSLLKAEDCLRNEKERVSHYLHSSSEAKLLENV

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G010220`
TK1151 ID	TkA04G010220
OH-1004 ID	LXL04_037024
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	97.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.206 / OH-1004 95.817 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G010220

位置 Chr04:2424515-2435243 (-)

描述 Similar to CUL1: Cullin-1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g02570`	参与靶蛋白的泛素化和随后的蛋白酶体降解。	Null mutation of AtCUL1 causes arrest in early embryogenesis in Arabidopsis.2002 · DOI: 10.1091/mbc.e02-02-0077 Arabidopsis CAND1, an unmodified CUL1-interacting protein, is involved in multiple developmental pathways controlled by ubiquitin/proteasome-mediated protein Degradation.2004 · DOI: 10.1105/tpc.021949
`At1g59790`	推定的Cullin样蛋白2。	暂无已核实直接文献
`At1g43140`	推测Cullin样蛋白 1。	暂无已核实直接文献
`At1g02980`	多个 SCF（SKP1-CUL1-F-box 蛋白）E3 泛素蛋白连接酶复合物的核心组分。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0369000`	参与靶蛋白的泛素化和随后的蛋白酶体降解。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037024 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009753 response to jasmonic acid 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0009867 jasmonic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0009873 ethylene-activated signaling pathway 生物过程

GO:0010087 phloem or xylem histogenesis 生物过程

GO:0010265 SCF complex assembly 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0042752 regulation of circadian rhythm 生物过程

GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G02980

ath:AT1G43140

ath:AT1G59790

ath:AT4G02570

dosa:Os01g0369000

osa:4325735

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.687

排名 1 · TkA04G010220 · TK1151

细胞核0.316

排名 2 · TkA04G010220 · TK1151

细胞膜0.120

排名 3 · TkA04G010220 · TK1151

高尔基体0.082

排名 4 · TkA04G010220 · TK1151

溶酶体／液泡0.069

排名 5 · TkA04G010220 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00888Cullin15-250 aa

PF29822PM120153-97 aa

PF29822PM1201168-235 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G010220	`PF00888`	Cullin	15	250	4.3e-48	165.5
TkA04G010220	`PF29822`	PM1201	53	97	0.13	13.0
TkA04G010220	`PF29822`	PM1201	168	235	0.13	13.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q94AH6`	拟南芥	sp\|Q94AH6\|CUL1_ARATH Cullin-1	65.900%	Swiss-Prot	高置信
`Q9XIE9`	拟南芥	sp\|Q9XIE9\|CLL2_ARATH Putative cullin-like protein 2	58.400%	Swiss-Prot	高置信
`P0CH31`	拟南芥	sp\|P0CH31\|CLL1_ARATH Putative cullin-like protein 1	52.800%	Swiss-Prot	高置信
`Q9SRZ0`	拟南芥	sp\|Q9SRZ0\|CUL2_ARATH Cullin-2	51.200%	Swiss-Prot	高置信
`Q5ZC88`	水稻	sp\|Q5ZC88\|CUL1_ORYSJ Cullin-1	64.300%	Swiss-Prot	高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情