TkA04G008840 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G008840

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 2121670-2122480 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

564 bp · TkA04G008840|TK1151|cDNA

ATGAAGTGCTTGGTCTCTTCTGGAATAAGCAACTCAAATGTATTATCCACCCATGTTCATTGTGATGACACACTTTTCCAGGTTTGGCTTCCACTGAAGACGATTTCTCTTGATTTTGTCCATTATACTATAAATGCTTTCTGTGCAGGTGAATTGGGAGAGACATATTCTTGTGTGAAAATACATATAATGGCTGAAAGCAATGAGCATATAGAGCTTAAATTCAGAATATATGATGGAACAGATATAGGCCATAGCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

564 bp · TkA04G008840|TK1151|CDS

ATGAAGTGCTTGGTCTCTTCTGGAATAAGCAACTCAAATGTATTATCCACCCATGTTCATTGTGATGACACACTTTTCCAGGTTTGGCTTCCACTGAAGACGATTTCTCTTGATTTTGTCCATTATACTATAAATGCTTTCTGTGCAGGTGAATTGGGAGAGACATATTCTTGTGTGAAAATACATATAATGGCTGAAAGCAATGAGCATATAGAGCTTAAATTCAGAATATATGATGGAACAGATATAGGCCATAGCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

187 aa · TkA04G008840|TK1151|PROTEIN

MKCLVSSGISNSNVLSTHVHCDDTLFQVWLPLKTISLDFVHYTINAFCAGELGETYSCVKIHIMAESNEHIELKFRIYDGTDIGHSNYALSTTVTALKQKLVSEWPPGKSVVPKTVNDIKIIHSGKVLENNKTLSECGVGDGAFSGGIITMHIVVQPVVNKKKSGQFIPLLLKLYVCIPIFTVYKKS

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G008840`
TK1151 ID	TkA04G008840
OH-1004 ID	LXL04_037041
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	91.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 87.701 / OH-1004 77.885 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G008840

位置 Chr04:2121670-2122480 (-)

描述 Similar to MUB3: Membrane-anchored ubiquitin-fold protein 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g24990`	可能作为停靠位点，促进其他蛋白与质膜的结合。	暂无已核实直接文献
`At1g22050`	可能作为停靠位点，促进其他蛋白与质膜的结合。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0750600`	可能作为停靠位点，促进其他蛋白与质膜的结合。	暂无已核实直接文献
`Os04g0393300`	可能作为停靠位点，促进其他蛋白与质膜的结合。	暂无已核实直接文献
`Os03g0426800`	可能作为停靠位点，促进其他蛋白与质膜的结合。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037041 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G22050

ath:AT3G26980

ath:AT4G24990

dosa:Os02g0750600

dosa:Os04g0393300

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.380

排名 1 · TkA04G008840 · TK1151

细胞核0.299

排名 2 · TkA04G008840 · TK1151

内质网0.216

排名 3 · TkA04G008840 · TK1151

细胞膜0.156

排名 4 · TkA04G008840 · TK1151

高尔基体0.130

排名 5 · TkA04G008840 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF30974DUF877254-76 aa

PF29976vWA_LIC1001260-112 aa

PF13881Rad60-SLD_269-165 aa

PF00240ubiquitin80-143 aa

PF30974DUF877287-122 aa

PF18037Ubiquitin_5117-140 aa

PF08817YukD117-143 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G008840	`PF30974`	DUF8772	54	76	0.27	12.0
TkA04G008840	`PF29976`	vWA_LIC10012	60	112	0.053	13.7
TkA04G008840	`PF13881`	Rad60-SLD_2	69	165	3.2e-31	108.4
TkA04G008840	`PF00240`	ubiquitin	80	143	3.5e-07	30.6
TkA04G008840	`PF30974`	DUF8772	87	122	0.27	12.0
TkA04G008840	`PF18037`	Ubiquitin_5	117	140	0.019	15.9
TkA04G008840	`PF08817`	YukD	117	143	0.17	13.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SW27`	拟南芥	sp\|Q9SW27\|MUB3_ARATH Membrane-anchored ubiquitin-fold protein 3	49.500%	Swiss-Prot	中等置信
`Q8GWJ6`	拟南芥	sp\|Q8GWJ6\|MUB6_ARATH Membrane-anchored ubiquitin-fold protein 6	53.900%	Swiss-Prot	中等置信
`Q6Z8K4`	水稻	sp\|Q6Z8K4\|MUB3_ORYSJ Membrane-anchored ubiquitin-fold protein 3	54.500%	Swiss-Prot	中等置信
`Q7XRU4`	水稻	sp\|Q7XRU4\|MUB4_ORYSJ Membrane-anchored ubiquitin-fold protein 4	47.600%	Swiss-Prot	中等置信
`Q75GT2`	水稻	sp\|Q75GT2\|MUB1_ORYSJ Membrane-anchored ubiquitin-fold protein 1	49.000%	Swiss-Prot	中等置信

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