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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G007690
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 1839299-1842053 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1584 bp · TkA04G007690|TK1151|cDNA

TAATGGGGCGCAAAAAAAGAGTTGGTTTTCTAGTTATATACAAAGAGAGAAGTGGATAAACGGTTGTCTTCCATGAGACCTCAATGGCTGTGATAAATCCCGCGCTCCGGCACCACCGTCACCACCACTACCACCACCACTCCTCCATCTCCCCAAATCAATCAATATCCTCCTTACTACTACTCCTCCGCAGAAAACCTACTTTCAATTCCCCCCAAAAGTCTCATTTTTCACCAATTTCCTGCTCTTCTTCAGCATCG...

CDS

下载 CDS FASTA

1356 bp · TkA04G007690|TK1151|CDS

ATGGCTGTGATAAATCCCGCGCTCCGGCACCACCGTCACCACCACTACCACCACCACTCCTCCATCTCCCCAAATCAATCAATATCCTCCTTACTACTACTCCTCCGCAGAAAACCTACTTTCAATTCCCCCCAAAAGTCTCATTTTTCACCAATTTCCTGCTCTTCTTCAGCATCGCCGCCACCACCTTCCCCGACGCCGGAAGTTGGTTCCGAAACAGCAGAATCTTGCGTCAATTTAGGGCTCGCACTCTTCTCCAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

451 aa · TkA04G007690|TK1151|PROTEIN

MAVINPALRHHRHHHYHHHSSISPNQSISSLLLLLRRKPTFNSPQKSHFSPISCSSSASPPPPSPTPEVGSETAESCVNLGLALFSKGRVKDALIQFETALTLNPNPMEAQAALYNKACCHAYRGEGKKAADCLRTALKEYNLKFGTILNDPDLASFRVLPEFKQLQEEARVGGEDVGYGFRRDLKLISEVQAPFRGVRRFFYVAFTAAAGISLFLTFPRLFLAFKGGDGAPDILATSQNLAINIGGIVVFVALFLWDNK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G007690
TK1151 IDTkA04G007690
OH-1004 IDLXL04_037052
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)99.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G007690
位置Chr04:1839299-1842053 (-)
描述Similar to LPA1: Protein LOW PSII ACCUMULATION 1, chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g02910 高效光系统 II 组装所需的伴侣。
LOW PSII ACCUMULATION1 is involved in efficient assembly of photosystem II in Arabidopsis thaliana.2006 · DOI: 10.1105/tpc.105.037689

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037052 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009416 response to light stimulus 生物过程
GO:0009611 response to wounding 生物过程
GO:0009644 response to high light intensity 生物过程
GO:0010206 photosystem II repair 生物过程
GO:0010207 photosystem II assembly 生物过程
GO:0010270 photosystem II oxygen evolving complex assembly 生物过程
GO:0015979 photosynthesis 生物过程
GO:0005576 extracellular region 细胞组分
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0009523 photosystem II 细胞组分
GO:0009534 chloroplast thylakoid 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G02910
ath:AT1G55480
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.973
排名 1 · TkA04G007690 · TK1151
线粒体0.031
排名 2 · TkA04G007690 · TK1151
细胞核0.025
排名 3 · TkA04G007690 · TK1151
细胞质0.017
排名 4 · TkA04G007690 · TK1151
细胞膜0.012
排名 5 · TkA04G007690 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13374TPR_1073-102 aa
PF07719TPR_274-106 aa
PF00515TPR_174-106 aa
PF13181TPR_874-106 aa
PF13176TPR_776-105 aa
PF13424TPR_1278-139 aa
PF22316ABhydrolase-like_N78-168 aa
PF13432TPR_1679-141 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G007690PF13374TPR_10731020.01116.5
TkA04G007690PF07719TPR_2741064.9e-1142.6
TkA04G007690PF00515TPR_1741062.6e-1040.4
TkA04G007690PF13181TPR_8741061.5e-0525.5
TkA04G007690PF13176TPR_7761050.2712.2
TkA04G007690PF13424TPR_12781390.01416.2
TkA04G007690PF22316ABhydrolase-like_N781680.2611.9
TkA04G007690PF13432TPR_16791410.005917.7
TkA04G007690PF13174TPR_6791060.08414.3
TkA04G007690PF13428TPR_14801140.04215.3
TkA04G007690PF13414TPR_11811110.01116.1
TkA04G007690PF27626CNOT10_TPR1031400.2112.0
TkA04G007690PF07719TPR_21121414.9e-1142.6
TkA04G007690PF00515TPR_11131392.6e-1040.4
TkA04G007690PF13181TPR_81131391.5e-0525.5
TkA04G007690PF13374TPR_101131430.01116.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SRY4拟南芥sp|Q9SRY4|LPA1_ARATH Protein LOW PSII ACCUMULATION 1, chloroplastic74.500%Swiss-Prot高置信

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