TkA04G001790 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G001790

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 448307-450979 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2216 bp · TkA04G001790|TK1151|cDNA

GTGGAGGCTTCGGTAATAAACGCACAATAGACCTTCTCTTCCTCTCCCCTATCCATCCAAAAATAAACCCTTCCCATGCTCATGGATGCTCTCTCCTTAAACGCCTTGATATTCGGGATCACCGCTCGCATTATTGAAACCCGTACAATCCCATCTCACGTTACCACCTTCCGCACCACCACAACTGCTATCTCCTCCGAGAAATCGATTTCTCCTCTACCACCTAAGACAGGGTCATGGAGTTTCTCTCTGAGATACCC...

CDS

下载 CDS FASTA

1764 bp · TkA04G001790|TK1151|CDS

ATGCTCATGGATGCTCTCTCCTTAAACGCCTTGATATTCGGGATCACCGCTCGCATTATTGAAACCCGTACAATCCCATCTCACGTTACCACCTTCCGCACCACCACAACTGCTATCTCCTCCGAGAAATCGATTTCTCCTCTACCACCTAAGACAGGGTCATGGAGTTTCTCTCTGAGATACCCTCTTACATCTTTGCTTTCCGGCGACTGTAACCGGTGCTATGCGGTGACTGCGGAAGACGCCGTTTCGGAAGACGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

587 aa · TkA04G001790|TK1151|PROTEIN

MLMDALSLNALIFGITARIIETRTIPSHVTTFRTTTTAISSEKSISPLPPKTGSWSFSLRYPLTSLLSGDCNRCYAVTAEDAVSEDEKEESERNENWLLRVLQVRSFWNTHGDEHVNNRAQNETDHDNEVSIDEECDACRVDDDGDDEDKLEFDRDSFSKLLSTVSLADARLYVQMAYLGSLSYTIPKIKLGNLLKRHRLRYVTSSLEKKAELAAKAKKEKASEEVGKGEFTNSETFVVKQSVEDDLNLLYSSPCEWFIC...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G001790`
TK1151 ID	TkA04G001790
OH-1004 ID	LXL04_037115
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G001790

位置 Chr04:448307-450979 (+)

描述 Similar to PLIP3: Phospholipase A1 PLIP3, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g02660`	Sn-1 特异性磷脂酶 A1，催化氧脂素和茉莉酸生物合成的初始步骤。	Two Abscisic Acid-Responsive Plastid Lipase Genes Involved in Jasmonic Acid Biosynthesis in <i>Arabidopsis thaliana</i>.2018 · DOI: 10.1105/tpc.18.00250
`At3g62590`	Sn-1 特异性磷脂酶 A1，催化氧脂素和茉莉酸 (JA) 生物合成的初始步骤。	Two Abscisic Acid-Responsive Plastid Lipase Genes Involved in Jasmonic Acid Biosynthesis in <i>Arabidopsis thaliana</i>.2018 · DOI: 10.1105/tpc.18.00250
`At3g61680`	Sn-1 特异性磷脂酶 A1 参与种子油生物合成。	A Plastid Phosphatidylglycerol Lipase Contributes to the Export of Acyl Groups from Plastids for Seed Oil Biosynthesis.2017 · DOI: 10.1105/tpc.17.00397

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037115 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002213 defense response to insect 生物过程

GO:0015908 fatty acid transport 生物过程

GO:0016042 lipid catabolic process 生物过程

GO:0019432 triglyceride biosynthetic process 生物过程

GO:0031349 positive regulation of defense response 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009534 chloroplast thylakoid 细胞组分

GO:0009535 chloroplast thylakoid membrane 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

GO:0031969 chloroplast membrane 细胞组分

GO:0008970 glycerophospholipid phospholipase A1 activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G02660

ath:AT3G61680

ath:AT3G62590

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.822

排名 1 · TkA04G001790 · TK1151

细胞质0.105

排名 2 · TkA04G001790 · TK1151

细胞核0.085

排名 3 · TkA04G001790 · TK1151

细胞膜0.071

排名 4 · TkA04G001790 · TK1151

内质网0.054

排名 5 · TkA04G001790 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF10380CRF133-144 aa

PF10380CRF1209-221 aa

PF01764Lipase_3271-408 aa

PF00756Esterase309-348 aa

PF26363Phospholipase-like319-344 aa

PF27153BrxC_ab501-523 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G001790	`PF10380`	CRF1	33	144	0.071	14.1
TkA04G001790	`PF10380`	CRF1	209	221	0.071	14.1
TkA04G001790	`PF01764`	Lipase_3	271	408	6.6e-25	88.4
TkA04G001790	`PF00756`	Esterase	309	348	0.019	15.4
TkA04G001790	`PF26363`	Phospholipase-like	319	344	0.26	11.2
TkA04G001790	`PF27153`	BrxC_ab	501	523	0.18	12.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4HXL0`	拟南芥	sp\|F4HXL0\|PLIP2_ARATH Phospholipase A1 PLIP2, chloroplastic	46.200%	Swiss-Prot	中等置信
`Q940L4`	拟南芥	sp\|Q940L4\|PLIP3_ARATH Phospholipase A1 PLIP3, chloroplastic	47.100%	Swiss-Prot	中等置信
`Q7Y220`	拟南芥	sp\|Q7Y220\|PLIP1_ARATH Phospholipase A1 PLIP1, chloroplastic	41.700%	Swiss-Prot	中等置信

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