TkA04G000680 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G000680

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 164329-170236 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3670 bp · TkA04G000680|TK1151|cDNA

TTTATCCTGTGTTTTGCTTGTGCGTACGAAAGAAAAGGACACACCAAAAGATAAGGGCATTCCGCACACATACTCAAAAATTTATTTTGTAATTTCCCGGATTATCTCGTTGCTGTTTTGCCGTATCCAGATCGACACCTTATCCGAACCAGTTTGATTTGCTAGTCTCGTCCAGTTTTCCCCACTCATTTTCTTCGTCTTCTTCCTTAGTTCTATAACTGGAGAAGGGGTTCTTACCTTCGAAGTTATGGGGAAGCCAG...

CDS

下载 CDS FASTA

1842 bp · TkA04G000680|TK1151|CDS

ATGCAGGGTAGGCGTTGGAGTGATGGGCTTCACCAGGCGGTGGAAGCCAAAGAAAGCTTGCCCATACAAAATGAGACCGTGACCCTCGCCTCAATTAGCTACCAAAACTTCTTTCTTCAGTTTCCAAAACTTTGTGGCATGACCGGCACCGCTGCAACCGAGAGTTCAGAGTTTGAAAGTATTTACAAGCTCAAAGTCACAATCGTGCCCACAAACAAGCCTATGATACGAAAGGATGAGTCGGACGTGGTGTTTAGGGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

613 aa · TkA04G000680|TK1151|PROTEIN

MQGRRWSDGLHQAVEAKESLPIQNETVTLASISYQNFFLQFPKLCGMTGTAATESSEFESIYKLKVTIVPTNKPMIRKDESDVVFRATTGKWQAVVVEVSRMNKTGRPVLVGTTSVEQSDTLSKQLREAGIPHEVLNAKPENVEREAEIVAQSGRLGAVTIATNMAGRGTDIILGGNAEFMARLKLRELLMPSVVKPAEGVFVSVKKAPPNKTWKVSESLFPCPLSQENSLVVEEAVHLAVSSWGRRSLAELEAEERLSY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G000680`
TK1151 ID	TkA04G000680
OH-1004 ID	LXL04_037138
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 58.049 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G000680

位置 Chr04:164329-170236 (-)

描述 Similar to SECA1: Protein translocase subunit SECA1, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g01800`	在 ATP 水解与蛋白质跨类囊体膜转移的耦合中发挥核心作用。	Plastids contain a second sec translocase system with essential functions.2011 · DOI: 10.1104/pp.110.166546

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037138 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006605 protein targeting 生物过程

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0009646 response to absence of light 生物过程

GO:0009658 chloroplast organization 生物过程

GO:0010090 trichome morphogenesis 生物过程

GO:0010109 regulation of photosynthesis 生物过程

GO:0017038 protein import 生物过程

GO:0065002 intracellular protein transmembrane transport 生物过程

GO:0071806 protein transmembrane transport 生物过程

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009535 chloroplast thylakoid membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ag:CAA57798

ath:AT4G01800

olu:OSTLU_36933

tel:tll1851

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.532

排名 1 · TkA04G000680 · TK1151

细胞质0.242

排名 2 · TkA04G000680 · TK1151

细胞核0.144

排名 3 · TkA04G000680 · TK1151

质体0.114

排名 4 · TkA04G000680 · TK1151

过氧化物酶体0.065

排名 5 · TkA04G000680 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01043SecA_PP_bind1-15 aa

PF07517SecA_DEAD9-59 aa

PF21090P-loop_SecA74-363 aa

PF00271Helicase_C95-172 aa

PF07516SecA_SW268-298 aa

PF00271Helicase_C304-328 aa

PF30778SBP_bac_4HB361-430 aa

PF07516SecA_SW365-580 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G000680	`PF01043`	SecA_PP_bind	1	15	0.0022	19.3
TkA04G000680	`PF07517`	SecA_DEAD	9	59	4.8e-15	56.3
TkA04G000680	`PF21090`	P-loop_SecA	74	363	3.2e-84	282.4
TkA04G000680	`PF00271`	Helicase_C	95	172	0.0029	18.5
TkA04G000680	`PF07516`	SecA_SW	268	298	9.5e-56	189.7
TkA04G000680	`PF00271`	Helicase_C	304	328	0.0029	18.5
TkA04G000680	`PF30778`	SBP_bac_4HB	361	430	0.082	13.9
TkA04G000680	`PF07516`	SecA_SW	365	580	9.5e-56	189.7
TkA04G000680	`PF01043`	SecA_PP_bind	511	544	0.0022	19.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SYI0`	拟南芥	sp\|Q9SYI0\|SECA1_ARATH Protein translocase subunit SECA1, chloroplastic	85.400%	Swiss-Prot	高置信

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