TkA03G513450 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G513450

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 128799079-128801175 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1329 bp · TkA03G513450|TK1151|cDNA

ATGGATGGCTATTATGTCTCTTTTTTTGGCCTATTTAGTGGAAGACTATTGTGGAATCAGGCTATTGGGTCAAAAACTCAAGAACATATTATATGCCATCTCAACGGCATGTCTGTACAGCAGGCATTGGATGAAAACAAACTCTTCGTATTAGATTACCGCGACATTTACCTCCCATTTTTAGAGAGGATAAATGCTCAAGAAGACCGAAAAGCATATGGAACCCGTACAATCTTCTTCTTGACAACAACAGGAACTCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1329 bp · TkA03G513450|TK1151|CDS

ATGGATGGCTATTATGTCTCTTTTTTTGGCCTATTTAGTGGAAGACTATTGTGGAATCAGGCTATTGGGTCAAAAACTCAAGAACATATTATATGCCATCTCAACGGCATGTCTGTACAGCAGGCATTGGATGAAAACAAACTCTTCGTATTAGATTACCGCGACATTTACCTCCCATTTTTAGAGAGGATAAATGCTCAAGAAGACCGAAAAGCATATGGAACCCGTACAATCTTCTTCTTGACAACAACAGGAACTCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

442 aa · TkA03G513450|TK1151|PROTEIN

MDGYYVSFFGLFSGRLLWNQAIGSKTQEHIICHLNGMSVQQALDENKLFVLDYRDIYLPFLERINAQEDRKAYGTRTIFFLTTTGTLNPIAIELSLPNNDCKLPSKQVVTPPVDATTNWLWQLAKAHVCSNDTGVHQLIHHWLRVHASMEPFVIAAHRNLSSTSGIIEDGFSSGIYSTEMVCAAYRDWWRFDLEGLPQDLIRRGMAVSDDTSPHGLRLLIEDYLYANDGLLIWSAIQELVHTYDTELQSWYNEAINVGHY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G513450`
TK1151 ID	TkA03G513450
OH-1004 ID	LXL04_010237
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	86.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 95.023 / OH-1004 95.281 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G513450

位置 Chr03:128799079-128801175 (-)

描述 Similar to LOX3: Lipoxygenase 3, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g17420`	13S-脂氧合酶，可以使用亚麻酸作为底物。	暂无已核实直接文献
`At1g72520`	植物脂氧化酶可能参与植物生理的多个不同方面，包括生长发育、抗虫害、衰老或对创伤的响应。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os04g0447100`	植物脂氧合酶可能参与植物生理的多种不同方面，包括生长发育、抗虫性以及衰老或对伤害的响应。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010237 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006633 fatty acid biosynthetic process 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0008299 isoprenoid biosynthetic process 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0009611 response to wounding 生物过程

GO:0009617 response to bacterium 生物过程

GO:0009620 response to fungus 生物过程

GO:0009625 response to insect 生物过程

GO:0009644 response to high light intensity 生物过程

GO:0009695 jasmonic acid biosynthetic process 生物过程

GO:0009753 response to jasmonic acid 生物过程

GO:0009901 anther dehiscence 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G17420

ath:AT1G72520

sot:102597498

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.585

排名 1 · TkA03G513450 · TK1151

细胞核0.237

排名 2 · TkA03G513450 · TK1151

细胞外0.143

排名 3 · TkA03G513450 · TK1151

过氧化物酶体0.074

排名 4 · TkA03G513450 · TK1151

线粒体0.059

排名 5 · TkA03G513450 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00305Lipoxygenase26-162 aa

PF00305Lipoxygenase163-425 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G513450	`PF00305`	Lipoxygenase	26	162	1.6e-161	539.9
TkA03G513450	`PF00305`	Lipoxygenase	163	425	1.6e-161	539.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LNR3`	拟南芥	sp\|Q9LNR3\|LOX3_ARATH Lipoxygenase 3, chloroplastic	59.200%	Swiss-Prot	高置信
`Q9FNX8`	拟南芥	sp\|Q9FNX8\|LOX4_ARATH Lipoxygenase 4, chloroplastic	57.300%	Swiss-Prot	高置信
`Q7XV13`	水稻	sp\|Q7XV13\|LOX5_ORYSJ Putative lipoxygenase 5	55.100%	Swiss-Prot	高置信

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