TkA03G502750 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G502750

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 126221273-126227261 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2358 bp · TkA03G502750|TK1151|cDNA

ATGGTTTCGTGTTATGAAATTCGCATACCACAGCCAGAGGCTCTGCCTCTTGGATCCCGGAAGGTGTTGCCACCTCTTGACCCACTGTCAGGGGCATTGCTTCCGAACATCCATGAAGAAGAAGTTTCAAGAATCGTTCCTTTCCAGCTTCAATTCGACAAACCAGTAGCGTCCCAGATCAAAATAGCTGAATGGAACCCAGAGAAAGATTTGCTGGCTATGGTTACCGAAGATTCAAAGATTCTGTTGCATCGGTTCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

2358 bp · TkA03G502750|TK1151|CDS

ATGGTTTCGTGTTATGAAATTCGCATACCACAGCCAGAGGCTCTGCCTCTTGGATCCCGGAAGGTGTTGCCACCTCTTGACCCACTGTCAGGGGCATTGCTTCCGAACATCCATGAAGAAGAAGTTTCAAGAATCGTTCCTTTCCAGCTTCAATTCGACAAACCAGTAGCGTCCCAGATCAAAATAGCTGAATGGAACCCAGAGAAAGATTTGCTGGCTATGGTTACCGAAGATTCAAAGATTCTGTTGCATCGGTTCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

785 aa · TkA03G502750|TK1151|PROTEIN

MVSCYEIRIPQPEALPLGSRKVLPPLDPLSGALLPNIHEEEVSRIVPFQLQFDKPVASQIKIAEWNPEKDLLAMVTEDSKILLHRFNWQRLWTISPGRCITSLCWRPDGKAIAIGLQDGTISLHDVENGKLLRSMKSHTVAVVCLNWEDDGGGEISDDKFYTSKYEDRTSRFFPPPPRVPRAPGLVPGESGFMDESENLSQELSNSSHQRFNILCSADKDGIINFSIFGIFPIGKIDIHDFSVTFPIGKEHVDCKLLNAS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G502750`
TK1151 ID	TkA03G502750
OH-1004 ID	LXL04_010146
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	92.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G502750

位置 Chr03:126221273-126227261 (+)

描述 Similar to APC4: Anaphase-promoting complex subunit 4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g21530`	后期促进复合物/环体 (APC/C) 的组成部分，这是一种细胞周期调节的 E3 泛素-蛋白连接酶复合物，可控制细胞周期有丝分裂和 G1 期的进展。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010146 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007346 regulation of mitotic cell cycle 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0030071 regulation of mitotic metaphase/anaphase transition 生物过程

GO:0031145 anaphase-promoting complex-dependent catabolic process 生物过程

GO:0048481 plant ovule development 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

GO:0051445 regulation of meiotic cell cycle 生物过程

GO:0070936 protein K48-linked ubiquitination 生物过程

GO:0070979 protein K11-linked ubiquitination 生物过程

GO:0141198 protein branched polyubiquitination 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G21530

ddi:DDB_G0285223

hsa:29945

mmu:52206

pon:100172595

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.537

排名 1 · TkA03G502750 · TK1151

细胞核0.363

排名 2 · TkA03G502750 · TK1151

高尔基体0.113

排名 3 · TkA03G502750 · TK1151

内质网0.088

排名 4 · TkA03G502750 · TK1151

溶酶体／液泡0.070

排名 5 · TkA03G502750 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25171Beta-prop_WDR36-Utp21_1st54-147 aa

PF23414Beta-prop_EML_256-151 aa

PF23775Beta-prop_RIG_2nd56-81 aa

PF23381Beta-prop_IFT122_1st57-173 aa

PF24817WD40_WDHD1_1st57-151 aa

PF23389Beta-prop_WDR19_1st57-151 aa

PF25460Beta-prop_Aladin57-131 aa

PF04762Beta-prop_ELP1_1st57-88 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G502750	`PF25171`	Beta-prop_WDR36-Utp21_1st	54	147	5.2e-06	26.8
TkA03G502750	`PF23414`	Beta-prop_EML_2	56	151	1.9e-07	31.5
TkA03G502750	`PF23775`	Beta-prop_RIG_2nd	56	81	0.00026	21.2
TkA03G502750	`PF23381`	Beta-prop_IFT122_1st	57	173	9.7e-13	48.8
TkA03G502750	`PF24817`	WD40_WDHD1_1st	57	151	9.6e-09	35.5
TkA03G502750	`PF23389`	Beta-prop_WDR19_1st	57	151	7.5e-08	32.5
TkA03G502750	`PF25460`	Beta-prop_Aladin	57	131	0.0014	18.5
TkA03G502750	`PF04762`	Beta-prop_ELP1_1st	57	88	0.02	14.5
TkA03G502750	`PF24797`	Beta-prop_WDR35_TULP_N	58	149	6.8e-07	29.5
TkA03G502750	`PF24814`	WD40_Prp19	58	147	1e-06	28.8
TkA03G502750	`PF16755`	Beta-prop_NUP159_NUP214	58	131	0.055	13.4
TkA03G502750	`PF25174`	Beta-prop_THOC3	59	151	7.7e-09	35.7
TkA03G502750	`PF25175`	Beta-prop_WDR5	59	150	3.1e-08	34.0
TkA03G502750	`PF23756`	Beta-prop_HPS5	59	133	0.0035	17.3
TkA03G502750	`PF26550`	Tricorn_2nd	60	151	0.17	11.3
TkA03G502750	`PF24807`	WD40_CDC20-Fz	62	150	5e-11	43.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O65418`	拟南芥	sp\|O65418\|APC4_ARATH Anaphase-promoting complex subunit 4	64.900%	Swiss-Prot	高置信

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