TkA03G488900 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G488900

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 122548059-122552951 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2568 bp · TkA03G488900|TK1151|cDNA

AGGAGATCGGTGCACAAATATTTATTTAGAAGGAATGGAAAAGAATCAAAACGGAAGACGCCCGCATAACGTGGTCATTTTCCACCCATACACGCACACAGACACATCGCACACACTCTCAGAAGAAGCGTTACAACGGTGAGCCATTGACATCTTCACACTCCTTTAATTTAGAGAGAGAAAATGTGCTCGTAGACTCTCAGAGAGACCCAATTGTATGGCTATGGGAGGTGGTTCAGTAGGAGGAGTGATTGTGCCGT...

CDS

下载 CDS FASTA

2025 bp · TkA03G488900|TK1151|CDS

ATGGCTATGGGAGGTGGTTCAGTAGGAGGAGTGATTGTGCCGTCGGTGAAGTCGGAACCGCCTGAACCTTCAACGGAGGGACTCGCATCTTCGTCTCCACCACTTCCGGTGGCTCAGGAACCTCAGTTGCAGCTTCCGGCGCCAGATTCCGCTGTGGCCGTGGTGGAGATGGAGGCAAGGGGAAATGATCGTGAGGTGTTGGATGCGGCAGCGCTGGATAAAGATGTGTTGTGTCCGATATGCATGCAGATCATTAAGGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

674 aa · TkA03G488900|TK1151|PROTEIN

MAMGGGSVGGVIVPSVKSEPPEPSTEGLASSSPPLPVAQEPQLQLPAPDSAVAVVEMEARGNDREVLDAAALDKDVLCPICMQIIKDAFLTSCGHNFCYMCIATHLQNKSDCPCCSQYLTTNQIFPNFLLNKLLMKTSACQIAKGASPVEQVRLAFQQGCDVSIKDLDSLIGVLTDKKKIMEQEEAESNLQIMHEFLYCLRRQKLEELNEIQKDLGYIKEDINAVERHRIELHRARERCSVKLRILTDDSTVKTSWPSLM...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G488900`
TK1151 ID	TkA03G488900
OH-1004 ID	LXL04_010005
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G488900

位置 Chr03:122548059-122552951 (-)

描述 Similar to COP1: E3 ubiquitin-protein ligase COP1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g32950`	E3 泛素蛋白连接酶，作为光形态发生的阻遏物和黑暗中黄化的激活剂。	Two interacting bZIP proteins are direct targets of COP1-mediated control of light-dependent gene expression in Arabidopsis.2002 · DOI: 10.1101/gad.969702 Short Hypocotyl in White Light1 Interacts with Elongated Hypocotyl5 (HY5) and Constitutive Photomorphogenic1 (COP1) and Promotes COP1-Mediated Degradation of HY5 during Arabidopsis Seedling Development.2015 · DOI: 10.1104/pp.15.01184 PHYTOCHROME INTERACTING FACTOR8 Inhibits Phytochrome A-Mediated Far-Red Light Responses in Arabidopsis.2020 · DOI: 10.1105/tpc.19.00515 Role of a COP1 interactive protein in mediating light-regulated gene expression in arabidopsis.1998 · DOI: 10.1105/tpc.10.7.1083
`At1g53090`	光形态发生的阻遏物。	The SPA1-like proteins SPA3 and SPA4 repress photomorphogenesis in the light.2003 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2003.01813.x Functional and expression analysis of Arabidopsis SPA genes during seedling photomorphogenesis and adult growth.2006 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2006.02812.x Arabidopsis SPA proteins regulate photoperiodic flowering and interact with the floral inducer CONSTANS to regulate its stability.2006 · DOI: 10.1242/dev.02481

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010005 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0009585 red, far-red light phototransduction 生物过程

GO:0009640 photomorphogenesis 生物过程

GO:0009641 shade avoidance 生物过程

GO:0009647 skotomorphogenesis 生物过程

GO:0009649 entrainment of circadian clock 生物过程

GO:0009963 positive regulation of flavonoid biosynthetic process 生物过程

GO:0010119 regulation of stomatal movement 生物过程

GO:0010212 response to ionizing radiation 生物过程

GO:0010224 response to UV-B 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G32950

ath:AT3G15354

hsa:64326

mmu:26374

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.706

排名 1 · TkA03G488900 · TK1151

细胞质0.310

排名 2 · TkA03G488900 · TK1151

细胞膜0.041

排名 3 · TkA03G488900 · TK1151

线粒体0.036

排名 4 · TkA03G488900 · TK1151

溶酶体／液泡0.032

排名 5 · TkA03G488900 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14835zf-RING_670-116 aa

PF13920zf-C3HC4_375-119 aa

PF11789zf-Nse75-116 aa

PF18279zf-WRNIP1_ubi76-90 aa

PF04564U-box77-130 aa

PF24921RING_XB3-XBAT3177-111 aa

PF16685zf-RING_1077-119 aa

PF13923zf-C3HC4_278-115 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G488900	`PF14835`	zf-RING_6	70	116	0.056	14.0
TkA03G488900	`PF13920`	zf-C3HC4_3	75	119	7.2e-07	29.6
TkA03G488900	`PF11789`	zf-Nse	75	116	2.0	9.0
TkA03G488900	`PF18279`	zf-WRNIP1_ubi	76	90	6.2	8.4
TkA03G488900	`PF04564`	U-box	77	130	0.0022	18.8
TkA03G488900	`PF24921`	RING_XB3-XBAT31	77	111	0.018	15.8
TkA03G488900	`PF16685`	zf-RING_10	77	119	0.023	15.5
TkA03G488900	`PF13923`	zf-C3HC4_2	78	115	2.7e-10	40.6
TkA03G488900	`PF00097`	zf-C3HC4	78	115	3.3e-08	34.0
TkA03G488900	`PF13639`	zf-RING_2	78	115	4.7e-06	27.5
TkA03G488900	`PF15227`	zf-C3HC4_4	78	115	6.5e-05	23.7
TkA03G488900	`PF13445`	zf-RING_UBOX	78	113	9.7e-05	23.0
TkA03G488900	`PF14634`	zf-RING_5	78	117	0.0052	17.4
TkA03G488900	`PF14447`	Prok-RING_4	78	120	0.28	11.8
TkA03G488900	`PF12861`	zf-ANAPC11	78	121	5.2	7.9
TkA03G488900	`PF12678`	zf-rbx1	79	115	0.33	11.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P43254`	拟南芥	sp\|P43254\|COP1_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase COP1	70.800%	Swiss-Prot	高置信
`Q94BM7`	拟南芥	sp\|Q94BM7\|SPA4_ARATH Protein SPA1-RELATED 4	48.700%	Swiss-Prot	低置信

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