TkA03G488340 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G488340

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 122214746-122215620 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

357 bp · TkA03G488340|TK1151|cDNA

ATGGATGAAGAATTACTCGAACTACAGCGGCAATTTGAATCCGCTCAAGAAGCGAAATCAAGCATTCGTTTATCAGAACGAAACGTTGTTGAATTAGTTCAAAAGCTTCAACAACTCCATATCATCGACTTCGATCTCCTAAACACTGTATGTGGCAAAGAGTACATCACTCCTGTACGTATACTCGGTCTGTTGGAAGTTGGTTCGGAAGTAATCGTGACTTTATTGGAGCCTCGACTTCGATCCCTGTCCAGGTATTC...

CDS

下载 CDS FASTA

357 bp · TkA03G488340|TK1151|CDS

ATGGATGAAGAATTACTCGAACTACAGCGGCAATTTGAATCCGCTCAAGAAGCGAAATCAAGCATTCGTTTATCAGAACGAAACGTTGTTGAATTAGTTCAAAAGCTTCAACAACTCCATATCATCGACTTCGATCTCCTAAACACTGTATGTGGCAAAGAGTACATCACTCCTGTACGTATACTCGGTCTGTTGGAAGTTGGTTCGGAAGTAATCGTGACTTTATTGGAGCCTCGACTTCGATCCCTGTCCAGGTATTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

118 aa · TkA03G488340|TK1151|PROTEIN

MDEELLELQRQFESAQEAKSSIRLSERNVVELVQKLQQLHIIDFDLLNTVCGKEYITPVRILGLLEVGSEVIVTLLEPRLRSLSRYSECIPMVTLFVHPSTVEMMDAAVEDAIERCSW

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G488340`
TK1151 ID	TkA03G488340
OH-1004 ID	LXL04_036478
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	83.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 60.169 / OH-1004 8.582 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G488340

位置 Chr03:122214746-122215620 (+)

描述 Similar to Os05g0117600: E3 UFM1-protein ligase 1 homolog

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g46220`	E3 UFM1-蛋白连接酶，介导靶蛋白的UFM化。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: B8AXB6`	E3 UFM1-蛋白连接酶，介导靶蛋白的UFM化。	暂无已核实直接文献
`Os05g0117600`	E3 UFM1-蛋白连接酶，介导靶蛋白的UFM化。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036478 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000077 DNA damage checkpoint signaling 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0008284 positive regulation of cell population proliferation 生物过程

GO:0010468 regulation of gene expression 生物过程

GO:0010508 positive regulation of autophagy 生物过程

GO:0031397 negative regulation of protein ubiquitination 生物过程

GO:0032434 regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0032790 ribosome disassembly 生物过程

GO:0032880 regulation of protein localization 生物过程

GO:0033146 regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway 生物过程

GO:0034976 response to endoplasmic reticulum stress 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G46220

dosa:Os05g0117600

osa:9266232

rno:313115

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.557

排名 1 · TkA03G488340 · TK1151

细胞质0.447

排名 2 · TkA03G488340 · TK1151

线粒体0.074

排名 3 · TkA03G488340 · TK1151

细胞膜0.056

排名 4 · TkA03G488340 · TK1151

内质网0.041

排名 5 · TkA03G488340 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF09743E3_UFM1_ligase4-61 aa

PF28752WHD_RecQ_mid_bact21-45 aa

PF17081SOP433-113 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G488340	`PF09743`	E3_UFM1_ligase	4	61	5.2e-18	66.4
TkA03G488340	`PF28752`	WHD_RecQ_mid_bact	21	45	0.14	12.7
TkA03G488340	`PF17081`	SOP4	33	113	0.11	12.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LX73`	拟南芥	sp\|Q9LX73\|UFL1_ARATH E3 UFM1-protein ligase 1 homolog	80.700%	Swiss-Prot	低置信
`B8AXB6`	水稻	sp\|B8AXB6\|UFL1_ORYSI E3 UFM1-protein ligase 1 homolog	77.200%	Swiss-Prot	低置信
`B9FM64`	水稻	sp\|B9FM64\|UFL1_ORYSJ E3 UFM1-protein ligase 1 homolog	77.200%	Swiss-Prot	低置信

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