TkA03G482820 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G482820

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 120765873-120768673 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

908 bp · TkA03G482820|TK1151|cDNA

TCTTCTCCATCTTTTATAAACGATATATTGAAGTGTAGGTTCTCAGTGATCCAGCTCAACGAATGGTATATGATGAAATCCATGGATATGCATTGACTGCAATAAACCCTTTTTATGATGATGCCAGCCCAAAGGATCATGTATTTGTTGATGAGTTTAGTTGTATAGGCTGCAAAAATTGTGCGAATGTTTGCTCGGAAGTCTTTACAATAGAAGAAGACTTTGGTAGAGCCAGAGCATGTAACCAGCAAGGGAGCCTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1023 bp · TkA03G482820|TK1151|CDS

ATGACTCAATTGTTATCTCCGGTTTGCACAGATCCAATTAAATTTCAAAACGGATTAAGCAGCTTGTGTCCGCCAAGCAGCAGATGGTCGATGTTGGGGACCAACAACAGTATAAAGTGGAACGGAATCGGCCATGGTGAGGGAAGGAGAAGACGATTTGGTAGAGTGAAAGTCGCCACTGATCCGTCGCCGTATTCGTCAGATGCTGTTGCTGATGATTACTATGCTGTCTTAGGACTGCTTCCAGATGCAACACCTGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

340 aa · TkA03G482820|TK1151|PROTEIN

MTQLLSPVCTDPIKFQNGLSSLCPPSSRWSMLGTNNSIKWNGIGHGEGRRRRFGRVKVATDPSPYSSDAVADDYYAVLGLLPDATPEQIKKAYYNCMKSCHPDLSGNNVDTTNFCIFINEVYEVLSDPAQRMVYDEIHGYALTAINPFYDDASPKDHVFVDEFSCIGCKNCANVCSEVFTIEEDFGRARACNQQGSLDLIQQAIDSCPVDCIHWTSAAQVSLLEDEMRRVERVNVALMLAGMGSSADVFRMASTRWEKRQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G482820`
TK1151 ID	TkA03G482820
OH-1004 ID	LXL04_009920
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA03G482820`
位置	Chr03:120765873-120768673 (-)
描述	Similar to DJC76: Chaperone protein dnaJ C76, chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_009920` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006260 DNA replication 生物过程 GO:0006457 protein folding 生物过程 GO:0007005 mitochondrion organization 生物过程 GO:0009408 response to heat 生物过程 GO:0042026 protein refolding 生物过程 GO:0045879 negative regulation of smoothened signaling pathway 生物过程 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0005739 mitochondrion 细胞组分 GO:0005741 mitochondrial outer membrane 细胞组分 GO:0005829 cytosol 细胞组分 GO:0009507 chloroplast 细胞组分 GO:0005113 patched binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用	ate:Athe_1550 ath:AT5G23240 chy:CHY_0416 csc:Csac_1753 dme:Dmel_CG5504 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.962

排名 1 · TkA03G482820 · TK1151

线粒体0.039

排名 2 · TkA03G482820 · TK1151

细胞核0.037

排名 3 · TkA03G482820 · TK1151

细胞质0.024

排名 4 · TkA03G482820 · TK1151

过氧化物酶体0.015

排名 5 · TkA03G482820 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00226DnaJ73-135 aa

PF30912TIM141_C77-109 aa

PF13459Fer4_1581-96 aa

PF12797Fer4_295-100 aa

PF12837Fer4_695-101 aa

PF13187Fer4_995-102 aa

PF14697Fer4_2195-101 aa

PF13237Fer4_1095-100 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G482820	`PF00226`	DnaJ	73	135	5.5e-18	65.6
TkA03G482820	`PF30912`	TIM141_C	77	109	0.034	14.8
TkA03G482820	`PF13459`	Fer4_15	81	96	5.4e-07	30.9
TkA03G482820	`PF12797`	Fer4_2	95	100	0.00047	20.7
TkA03G482820	`PF12837`	Fer4_6	95	101	0.036	14.8
TkA03G482820	`PF13187`	Fer4_9	95	102	0.062	14.1
TkA03G482820	`PF14697`	Fer4_21	95	101	0.066	14.1
TkA03G482820	`PF13237`	Fer4_10	95	100	0.9	10.2
TkA03G482820	`PF12838`	Fer4_7	96	175	0.00051	21.2
TkA03G482820	`PF00037`	Fer4	96	100	0.0072	16.8
TkA03G482820	`PF12800`	Fer4_4	96	101	0.59	11.4
TkA03G482820	`PF13183`	Fer4_8	96	101	1.2	10.5
TkA03G482820	`PF14697`	Fer4_21	156	175	0.066	14.1
TkA03G482820	`PF12797`	Fer4_2	157	176	0.00047	20.7
TkA03G482820	`PF13459`	Fer4_15	158	214	5.4e-07	30.9
TkA03G482820	`PF13237`	Fer4_10	158	187	0.9	10.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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