TkA03G479000 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G479000

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 119758547-119762102 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1923 bp · TkA03G479000|TK1151|cDNA

ATCCATTGATCAAAAACTTCAAAGTCTTGTTTTATTTTGCCCTAACCCCTTTTCTTCATCAATTCATTCGTCCCCCACTGTCTCTCATTAATTCATTCGCACAATTCCGTTTCCTTTCATCAAATGCATCCGCCTGCTATTTAGGGTTACCATTGTTCATAGAAGGAATCGAGCGGCGATCGTGGGTTTCCACGCTGTGAGATTCGTTGGTGATCTAGGGGAAACAGATGCAACTCAAAGCCTGCTTTGCTTTCCAGCGA...

CDS

下载 CDS FASTA

897 bp · TkA03G479000|TK1151|CDS

ATGATGTTCATGAATCAACCGAGGATCATGGTCATGAGTCATGGCGGACTGATTTCTCAACGTGGAGCTTCGGAAGACGTCTTTTTGTCGTCATTGGATTTTGTATTCCTTTGTTCTTTGCCACAAATTCAGGCTAGAAATCAGAAGGTAGGGGAACCGCCACTTCTTTCATTTTCCACTTTCTTACAAGCCGCCCGCAACAACATGATTCTTGTTGTTCCAGCACTTCTTTATGCTATCAATAACTACTTAAAGTTCAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

298 aa · TkA03G479000|TK1151|PROTEIN

MMFMNQPRIMVMSHGGLISQRGASEDVFLSSLDFVFLCSLPQIQARNQKVGEPPLLSFSTFLQAARNNMILVVPALLYAINNYLKFIMQLYFNPTTVKMLSNLKVLVIAILLRIIMKRRFSVIQWEALALLLIGISITQMQALPKDSSGIGVPVAMGAYIYTFVFVTVPSLASVCNEYALKSQYDTSIYLQNLFSYGYGAIFNFLGILGTVVLKGPESFDILRGHSKATMLLIINNAGQGILYSFFLQICRYNFEKVFVN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G479000`
TK1151 ID	TkA03G479000
OH-1004 ID	LXL04_009859
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 76.174 / OH-1004 99.127 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G479000

位置 Chr03:119758547-119762102 (+)

描述暂无功能描述

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g59360`	糖转运蛋白参与 CMP-唾液酸从细胞质转运至高尔基体。	暂无已核实直接文献
`At2g43240`	糖转运蛋白参与 CMP-唾液酸从细胞质转运至高尔基体。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0604300`	糖转运蛋白参与 CMP-唾液酸从细胞质转运至高尔基体。	暂无已核实直接文献
`UniProt: Q7X7C4`	糖转运蛋白参与 CMP-唾液酸从细胞质转运至高尔基体。	暂无已核实直接文献
`UniProt: Q01IU9`	糖转运蛋白参与 CMP-唾液酸从细胞质转运至高尔基体。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009859 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0015739 sialic acid transport 生物过程

GO:0055085 transmembrane transport 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0015136 sialic acid transmembrane transporter activity 分子功能

GO:0015165 pyrimidine nucleotide-sugar transmembrane transporter activity 分子功能

GO:0022857 transmembrane transporter activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G43240

ath:AT3G59360

dosa:Os02g0604300

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

高尔基体0.510

排名 1 · TkA03G479000 · TK1151

内质网0.384

排名 2 · TkA03G479000 · TK1151

细胞质0.091

排名 3 · TkA03G479000 · TK1151

细胞核0.059

排名 4 · TkA03G479000 · TK1151

细胞膜0.051

排名 5 · TkA03G479000 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16913PUNUT40-168 aa

PF04142Nuc_sug_transp59-248 aa

PF00892EamA70-137 aa

PF00892EamA198-198 aa

PF16913PUNUT205-258 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G479000	`PF16913`	PUNUT	40	168	0.00019	21.5
TkA03G479000	`PF04142`	Nuc_sug_transp	59	248	1.4e-17	64.6
TkA03G479000	`PF00892`	EamA	70	137	0.00055	20.9
TkA03G479000	`PF00892`	EamA	198	198	0.00055	20.9
TkA03G479000	`PF16913`	PUNUT	205	258	0.00019	21.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C5H6`	拟南芥	sp\|Q9C5H6\|CSTR3_ARATH CMP-sialic acid transporter 3	75.700%	Swiss-Prot	高置信
`Q8GY97`	拟南芥	sp\|Q8GY97\|CSTR2_ARATH CMP-sialic acid transporter 2	77.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q6K8S7`	水稻	sp\|Q6K8S7\|CSTR5_ORYSJ CMP-sialic acid transporter 5	76.600%	Swiss-Prot	高置信
`Q7X7C4`	水稻	sp\|Q7X7C4\|CSTR4_ORYSJ CMP-sialic acid transporter 4	74.800%	Swiss-Prot	高置信
`Q01IU9`	水稻	sp\|Q01IU9\|CSTR4_ORYSI CMP-sialic acid transporter 4	74.300%	Swiss-Prot	高置信

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