TkA03G469400 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G469400

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 117298460-117299825 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1212 bp · TkA03G469400|TK1151|cDNA

ATGCTGTCTGCTTCGAATCGCTTGAAATTAGTGGTAGTTCCCCGATGGAAAACCCCCCATTTGATGTGCGTTAATTCCTTCTTATCCAATAGTTGCAGCAATCCGAGTTATGATCGTGGTCAATCTAATTTCTCTCCGAAGGTACTACATATTTATATCACATCAACCCCAGTTAAGCTTCCATGGATACATCCACTATCCTCCATGCTAAAAACCTGCACACTGAAACCCCGATCATTAGTAACACAAGCATCCATCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1212 bp · TkA03G469400|TK1151|CDS

ATGCTGTCTGCTTCGAATCGCTTGAAATTAGTGGTAGTTCCCCGATGGAAAACCCCCCATTTGATGTGCGTTAATTCCTTCTTATCCAATAGTTGCAGCAATCCGAGTTATGATCGTGGTCAATCTAATTTCTCTCCGAAGGTACTACATATTTATATCACATCAACCCCAGTTAAGCTTCCATGGATACATCCACTATCCTCCATGCTAAAAACCTGCACACTGAAACCCCGATCATTAGTAACACAAGCATCCATCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

403 aa · TkA03G469400|TK1151|PROTEIN

MLSASNRLKLVVVPRWKTPHLMCVNSFLSNSCSNPSYDRGQSNFSPKVLHIYITSTPVKLPWIHPLSSMLKTCTLKPRSLVTQASINDEELAHQIFNKITSDSQKTANSITDLCTNHTNKLCKSKNLQAAIKLLQLLLNTSTINPIEILPSYNLLLNAASENNKTEIAANIFKDMYINNLPMDSTTYFHTTKAISKSNDLSFISSFLQEISDINPTRDVTVFNRIIYGFAECGHVHNAILVFDNIKSLKCKPNLITYNTV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G469400`
TK1151 ID	TkA03G469400
OH-1004 ID	LXL04_009758
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 63.524 / OH-1004 63.524 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G469400

位置 Chr03:117298460-117299825 (+)

描述 Similar to At1g11900: Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g11900

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g11900`	含五肽重复结构域的蛋白 At1g11900。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009758 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G11900

ath:AT5G02860

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.713

排名 1 · TkA03G469400 · TK1151

质体0.150

排名 2 · TkA03G469400 · TK1151

细胞核0.059

排名 3 · TkA03G469400 · TK1151

细胞质0.031

排名 4 · TkA03G469400 · TK1151

细胞膜0.008

排名 5 · TkA03G469400 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08631SPO2264-141 aa

PF13812PPR_386-99 aa

PF23276TPR_2487-136 aa

PF13877RPAP3_C89-134 aa

PF29070MSC6_N92-132 aa

PF17177PPR_long108-271 aa

PF24760TPR_IF140_C118-175 aa

PF12854PPR_1120-134 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G469400	`PF08631`	SPO22	64	141	0.69	10.0
TkA03G469400	`PF13812`	PPR_3	86	99	5.8e-27	94.3
TkA03G469400	`PF23276`	TPR_24	87	136	4.2e-17	63.0
TkA03G469400	`PF13877`	RPAP3_C	89	134	0.073	14.3
TkA03G469400	`PF29070`	MSC6_N	92	132	1.6e-16	61.1
TkA03G469400	`PF17177`	PPR_long	108	271	8.4e-11	42.4
TkA03G469400	`PF24760`	TPR_IF140_C	118	175	0.016	16.3
TkA03G469400	`PF12854`	PPR_1	120	134	1.7e-25	89.1
TkA03G469400	`PF13041`	PPR_2	121	135	1.4e-40	137.8
TkA03G469400	`PF01535`	PPR	121	136	2.9e-29	100.0
TkA03G469400	`PF29070`	MSC6_N	121	306	1.6e-16	61.1
TkA03G469400	`PF00290`	Trp_syntA	121	202	0.075	12.7
TkA03G469400	`PF13041`	PPR_2	151	187	1.4e-40	137.8
TkA03G469400	`PF01535`	PPR	151	175	2.9e-29	100.0
TkA03G469400	`PF13812`	PPR_3	151	175	5.8e-27	94.3
TkA03G469400	`PF12854`	PPR_1	151	175	1.7e-25	89.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q5BIV3`	拟南芥	sp\|Q5BIV3\|PPR35_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g11900	29.000%	Swiss-Prot	低置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情