TkA03G460590 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G460590

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 114943452-114948449 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3264 bp · TkA03G460590|TK1151|cDNA

GTAAATACGAAAGCAAAGAAAGGAACATTTGAATATTAATATTACAAGGAAATTTCAAAAGACTCCAACCGATCAAGGTCAATAATGGTAGTTAAATTTAACGGGTATGGTGGTTTCCTGTCTTCCTTCGTATTTCAATCTTCCACTCACAAATTACAAATATTACTGTTTCTCACGTCTACATCAATTGCGATATTTATAGAAACTTTAAATTTTCTCCGACATCTCTCAGAATTAAATGTCACCGTGAAACTGGTGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

2085 bp · TkA03G460590|TK1151|CDS

ATGACATTTGAGGCTGTAGATCATGATCATCACCATCAAGGTGTTGAAACGAAGAATATTTTGGTGGGAATTCGATTTGATGAATGTGGTCGAGAGCTTCTTGATTGGGCTATAGTGAAAGTTGCAGATGCCGGTGATCGTGTTATCGCCATTAACGTTTGTCGGAATTCAGACTCTGTATCGAAGTACAAGAGTTTGTTGGATGATTATTTGGCTGACTATGAAGGCCTTTGTGACCATAAACAGGTGGACCTTACGGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

694 aa · TkA03G460590|TK1151|PROTEIN

MTFEAVDHDHHHQGVETKNILVGIRFDECGRELLDWAIVKVADAGDRVIAINVCRNSDSVSKYKSLLDDYLADYEGLCDHKQVDLTGQVLIGNSVRKVLVKEAKFYSAAAVIVGVSKIKAFGGWLSIAKYCAKKLPLATEVLALHNGKVVFKRFSNGQLSGSMRDPRPSFYLIGKSHIKDTQSEFCESEVSEMGRHSSEGVKSLKDEDSDPFELRKKALSSVSVVIEDFAHQRPGWPLLRANTMLTPTAIEARKMSVVKW...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G460590`
TK1151 ID	TkA03G460590
OH-1004 ID	LXL04_009659
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G460590

位置 Chr03:114943452-114948449 (-)

描述 Similar to RBK2: Receptor-like cytosolic serine/threonine-protein kinase RBK2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g16750`	促进细胞在赤霉素（GA）信号通路中的增殖，在RGA下游起作用，并可能通过对两个细胞周期蛋白依赖性激酶抑制因子SIM和SMR1的负向调控实现作用。	暂无已核实直接文献
`At3g24550`	富脯氨酸受体样蛋白激酶 PERK1。	暂无已核实直接文献
`At3g05140`	类受体胞质丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 RBK2。	暂无已核实直接文献
`At3g24540`	富脯氨酸受体样蛋白激酶 PERK3。	暂无已核实直接文献
`At1g70460`	负向调控根毛伸长。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009659 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009611 response to wounding 生物过程

GO:0009620 response to fungus 生物过程

GO:0009739 response to gibberellin 生物过程

GO:0009740 gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0010476 gibberellin mediated signaling pathway 生物过程

GO:0046777 protein autophosphorylation 生物过程

GO:0051781 positive regulation of cell division 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0004672 protein kinase activity 分子功能

GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G10620

ath:AT2G16750

ath:AT3G05140

ath:AT3G24550

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.568

排名 1 · TkA03G460590 · TK1151

细胞质0.304

排名 2 · TkA03G460590 · TK1151

细胞核0.290

排名 3 · TkA03G460590 · TK1151

内质网0.041

排名 4 · TkA03G460590 · TK1151

高尔基体0.031

排名 5 · TkA03G460590 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07714PK_Tyr_Ser-Thr12-45 aa

PF00582Usp17-136 aa

PF00069Pkinase342-609 aa

PF07714PK_Tyr_Ser-Thr344-611 aa

PF03109ABC1354-373 aa

PF03109ABC1458-488 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G460590	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	12	45	3e-37	129.0
TkA03G460590	`PF00582`	Usp	17	136	3.2e-05	25.2
TkA03G460590	`PF00069`	Pkinase	342	609	1.8e-42	146.3
TkA03G460590	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	344	611	3e-37	129.0
TkA03G460590	`PF03109`	ABC1	354	373	0.098	12.5
TkA03G460590	`PF03109`	ABC1	458	488	0.098	12.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`B5X4Z9`	拟南芥	sp\|B5X4Z9\|STU_ARATH Protein kinase STUNTED	45.900%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9LV48`	拟南芥	sp\|Q9LV48\|PERK1_ARATH Proline-rich receptor-like protein kinase PERK1	41.900%	Swiss-Prot	中等置信
`Q8RXC8`	拟南芥	sp\|Q8RXC8\|RBK2_ARATH Receptor-like cytosolic serine/threonine-protein kinase RBK2	41.100%	Swiss-Prot	中等置信
`Q1PEM5`	拟南芥	sp\|Q1PEM5\|PERK3_ARATH Proline-rich receptor-like protein kinase PERK3	40.500%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9CAL8`	拟南芥	sp\|Q9CAL8\|PEK13_ARATH Proline-rich receptor-like protein kinase PERK13	41.100%	Swiss-Prot	中等置信

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