TkA03G445400 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G445400

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 111073928-111078443 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2736 bp · TkA03G445400|TK1151|cDNA

CTCTTTGCTCAGATAAACTTTATATATGTCTGCCGGTTCCACATCGCACTCCGTTCGCTCACACGGGGTTAAAAACATCGGTCATCAAAGCACACTTTTGCAGAACCCCTTCTACCCTCCCCCTCCCCCCACCGCTGTAGTAGTCTACCGCCGTTCGCTTGCCGGTCGAGAAATCTCCAAGCAACTGAAAATCCAACACTTCTTCTATCTGCTCAGATCCTTAACTTTTAATTGCATGCTCCCAGATAAAGAAATTCTAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1401 bp · TkA03G445400|TK1151|CDS

ATGAGGCTTGGAGCAGATGTCATAGTTTTCACCCGCTATTTGACCGACAGGACATTGACTCAAAGCATCGGTCTTCTATCATATACATTTTTAACACAATCAGGATATGACAGGATAGTTGTTCCCATGGTTCACTATGAGTTCAACTTTCTGACAGGCTGTTTTGACCCCTTACAAACCTCAAATGAAAACCTTTCTGTCATCTTAAAATGGTCTCCATTTTCAACAAAGGAAGAGCTACTGAAACAATTCGAAGATGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

466 aa · TkA03G445400|TK1151|PROTEIN

MRLGADVIVFTRYLTDRTLTQSIGLLSYTFLTQSGYDRIVVPMVHYEFNFLTGCFDPLQTSNENLSVILKWSPFSTKEELLKQFEDVGSHGTKVIIYNLWLDEDGNMELDFESDPEDICIAWDGKGKGKEGSRMAVSEQHIANRLKYSLRAYLSVLYLKLPDTFAMVLRGKVILYHNIASDLKHTEFIMYKPHNDGCVEGTVITTIGFLKEAPNINVHGFNVYHKNRLILPFWPVVMFADSRGRGVVGVLEANFIEPTHN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G445400`
TK1151 ID	TkA03G445400
OH-1004 ID	LXL04_009532
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 68.429 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G445400

位置 Chr03:111073928-111078443 (-)

描述 Similar to MORC6: Protein MICRORCHIDIA 6

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g19100`	作为 RdDM 机械的一部分参与 RNA 导向的 DNA 甲基化（RdDM），并且对基因沉默是必需的。	MORC family ATPases required for heterochromatin condensation and gene silencing.2012 · DOI: 10.1126/science.1221472 Involvement of a GHKL ATPase in RNA-directed DNA methylation in Arabidopsis thaliana.2012 · DOI: 10.1016/j.cub.2012.03.061 The stochastic silencing phenotype of Arabidopsis morc6 mutants reveals a role in efficient RNA-directed DNA methylation.2013 · DOI: 10.1111/tpj.12246 Arabidopsis AtMORC4 and AtMORC7 Form Nuclear Bodies and Repress a Large Number of Protein-Coding Genes.2016 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1005998 Two Components of the RNA-Directed DNA Methylation Pathway Associate with MORC6 and Silence Loci Targeted by MORC6 in Arabidopsis.2016 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1006026
`At4g36280`	由不同类别的 R 蛋白触发的防御信号传导介体。	Endosome-associated CRT1 functions early in resistance gene-mediated defense signaling in Arabidopsis and tobacco.2010 · DOI: 10.1105/tpc.109.071662 CRT1 is a nuclear-translocated MORC endonuclease that participates in multiple levels of plant immunity.2012 · DOI: 10.1038/ncomms2279 Transcriptional gene silencing by Arabidopsis microrchidia homologues involves the formation of heteromers.2014 · DOI: 10.1073/pnas.1406611111
`At4g36290`	由不同类别的 R 蛋白触发的防御信号传导介体。	MORC family ATPases required for heterochromatin condensation and gene silencing.2012 · DOI: 10.1126/science.1221472 Transcriptional gene silencing by Arabidopsis microrchidia homologues involves the formation of heteromers.2014 · DOI: 10.1073/pnas.1406611111
`At4g36270`	显示 ATP酶活性。	暂无已核实直接文献
`At5g50780`	显示 ATP酶活性。	Arabidopsis AtMORC4 and AtMORC7 Form Nuclear Bodies and Repress a Large Number of Protein-Coding Genes.2016 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1005998

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009532 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002230 positive regulation of defense response to virus by host 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006282 regulation of DNA repair 生物过程

GO:0006325 chromatin organization 生物过程

GO:0009626 plant-type hypersensitive response 生物过程

GO:0031047 regulatory ncRNA-mediated gene silencing 生物过程

GO:0034052 positive regulation of plant-type hypersensitive response 生物过程

GO:0051607 defense response to virus 生物过程

GO:0060966 regulation of gene silencing by regulatory ncRNA 生物过程

GO:0080188 gene silencing by siRNA-directed DNA methylation 生物过程

GO:0098542 defense response to other organism 生物过程

GO:1900426 positive regulation of defense response to bacterium 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G19100

ath:AT4G24970

ath:AT4G36280

ath:AT4G36290

ath:AT5G50780

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.929

排名 1 · TkA03G445400 · TK1151

细胞质0.138

排名 2 · TkA03G445400 · TK1151

细胞膜0.021

排名 3 · TkA03G445400 · TK1151

线粒体0.018

排名 4 · TkA03G445400 · TK1151

内质网0.011

排名 5 · TkA03G445400 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF17942Morc6_S5147-285 aa

PF16526CLZ270-281 aa

PF16454PI3K_P85_iSH2375-463 aa

PF26095CC_Bre1410-461 aa

PF16526CLZ420-460 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G445400	`PF17942`	Morc6_S5	147	285	3.6e-60	202.8
TkA03G445400	`PF16526`	CLZ	270	281	0.087	13.9
TkA03G445400	`PF16454`	PI3K_P85_iSH2	375	463	0.078	13.3
TkA03G445400	`PF26095`	CC_Bre1	410	461	0.3	12.1
TkA03G445400	`PF16526`	CLZ	420	460	0.087	13.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q56Y74`	拟南芥	sp\|Q56Y74\|MORC6_ARATH Protein MICRORCHIDIA 6	60.800%	Swiss-Prot	中等置信
`Q5FV35`	拟南芥	sp\|Q5FV35\|MORC2_ARATH Protein MICRORCHIDIA 2	45.300%	Swiss-Prot	中等置信
`Q84WV6`	拟南芥	sp\|Q84WV6\|MORC1_ARATH Protein MICRORCHIDIA 1	43.600%	Swiss-Prot	中等置信
`F4JPP0`	拟南芥	sp\|F4JPP0\|MORC3_ARATH Protein MICRORCHIDIA 3	48.900%	Swiss-Prot	中等置信
`F4KAF2`	拟南芥	sp\|F4KAF2\|MORC4_ARATH Protein MICRORCHIDIA 4	42.300%	Swiss-Prot	中等置信

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