TkA03G445030 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G445030

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 110935350-110938328 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2225 bp · TkA03G445030|TK1151|cDNA

AGACAATAGTACAATATGAATTAGCATTAATACCCATTTGGGTTTTGCAAACAAGTTAGACAAAGAGAGAGGCAAAAATGCTATTCCTCCATGTTATCTAGGCAATGGCCAACAACGGCTAGTGGGTTGGGGGAGGTGTAGAACACCAAGAACGCCGTTTTGGATGTGCCACGTATGTGGTGTTTCGGAGAACGGCTACCCACATCGGGTAGCTTGAGAGAAAACTGAACAAAAATACATTTTTTTTCGGAAATAAACAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1422 bp · TkA03G445030|TK1151|CDS

ATGGGACTGAATATTGTCGGGACTGTTGAGAAGGTAAATGGTAATGAACTGAGTTACACTAGTTTTGTCGAGAACTACTTCTCGAAGAACAAACCCGTCGTTTTAACGGGACTCATGGACGATTGGGGAGCTTGTAGAGATTGGGTTTTTGACGATGGAAGACCTAATCTCCAGTTTATATCTTCCACTTTCGGCAATTCCAAAGTTCAGGTAGCTGACTGTGGTAGCAGAGAGTTCACCGATCAGAAGAGGTCTGACAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

473 aa · TkA03G445030|TK1151|PROTEIN

MGLNIVGTVEKVNGNELSYTSFVENYFSKNKPVVLTGLMDDWGACRDWVFDDGRPNLQFISSTFGNSKVQVADCGSREFTDQKRSDMSVSEFIAKWHDVSSTENGNPSTSKLNGNTLLYLKDWHFVKEYPEYKAYTTPLFFHDDWLNLYLDHYHMHEDPDTSQKNDDISCSDYRFVYMGANGTWTPFHADVFRSYSWSANVCGKKKWYFLSPSQHHLAFDRNMKNSVYDIFEEVNESIFPNFKKTTWLECTQDQNEIIFV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G445030`
TK1151 ID	TkA03G445030
OH-1004 ID	LXL04_009521
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G445030

位置 Chr03:110935350-110938328 (+)

描述 Similar to jmjd4: 2-oxoglutarate and iron-dependent oxygenase JMJD4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g63080`	组蛋白去甲基化酶，特异性去甲基化组蛋白H4的“Arg-3”（H4R3me），对H4R3me2具有特异活性。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009521 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009740 gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0010030 positive regulation of seed germination 生物过程

GO:0010099 regulation of photomorphogenesis 生物过程

GO:0010114 response to red light 生物过程

GO:0010476 gibberellin mediated signaling pathway 生物过程

GO:0017185 peptidyl-lysine hydroxylation 生物过程

GO:0018126 protein hydroxylation 生物过程

GO:0040029 epigenetic regulation of gene expression 生物过程

GO:0045905 positive regulation of translational termination 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G63080

dre:767690

gga:420400

hsa:65094

mmu:194952

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.545

排名 1 · TkA03G445030 · TK1151

细胞核0.524

排名 2 · TkA03G445030 · TK1151

线粒体0.076

排名 3 · TkA03G445030 · TK1151

细胞膜0.050

排名 4 · TkA03G445030 · TK1151

内质网0.047

排名 5 · TkA03G445030 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13621Cupin_821-283 aa

PF08030NAD_binding_647-84 aa

PF02373JmjC176-281 aa

PF13621Cupin_8315-342 aa

PF08030NAD_binding_6345-363 aa

PF04084RecA-like_ORC2406-441 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G445030	`PF13621`	Cupin_8	21	283	8.4e-22	79.0
TkA03G445030	`PF08030`	NAD_binding_6	47	84	0.0071	17.1
TkA03G445030	`PF02373`	JmjC	176	281	3.2e-18	67.0
TkA03G445030	`PF13621`	Cupin_8	315	342	8.4e-22	79.0
TkA03G445030	`PF08030`	NAD_binding_6	345	363	0.0071	17.1
TkA03G445030	`PF04084`	RecA-like_ORC2	406	441	0.073	13.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q67ZB6`	拟南芥	sp\|Q67ZB6\|JMJ20_ARATH Arginine-specific demethylase JMJ20	56.200%	Swiss-Prot	高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情