TkA03G442050 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G442050

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 110163633-110167118 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2711 bp · TkA03G442050|TK1151|cDNA

GTTTTTCCATGTTTTCTTTGGAAGAAAGAAAGAAATACAGGAACTATACTATTCACACCGCTCTTTATATACCCGACCCATAACTCATGCCATTTCCATAACCTCATAGCGATCGAATTCGCTCTCTCTTCGCGGCTCACGGCTACGCGTTTCGGATCAATTTCATATCTTTCAATCTAACTGGGTTTTCTTTTTCATCTTTAATAATCAATCGGAGCTATCGTCTCTTCGTTTTCGCAAGCTTTGTTTCTGTTTCTTTC...

CDS

下载 CDS FASTA

2199 bp · TkA03G442050|TK1151|CDS

ATGGCTTCTTCGTCAATCGTGATCAAGGTTAAGTTCGGGGAAACACTCAGACGCTTCACTGCATCCATCAACGACAAGAAACTTGACCTTGACGTTGTTGCTTTAAGGGCAAAGATCCGTAGCTTCTTCAATTTCAACCCTGATGTTGCTTTCACTCTCACATACGTTGATGAAGATGGAGATGCTGTTACTCTTGCTGATGATGACGATCTTCATGATGTTGTCCGCCAGTCTCTGAACCCCTTAAGGCTTACTGTCAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

732 aa · TkA03G442050|TK1151|PROTEIN

MASSSIVIKVKFGETLRRFTASINDKKLDLDVVALRAKIRSFFNFNPDVAFTLTYVDEDGDAVTLADDDDLHDVVRQSLNPLRLTVTLPKDNNTPTGPSGTSTPMRSVPPPPPPPPHHPSGPLSDFLKSMPEPLSNFLKSMPEPFRDQLTKLPLELASKASQSSTSGISELAEKLTAAYLNQMPNSMAVPRPSTEPESSSSKNKEKSVFVSEDVKSTDIEPPKRVDLKHPYFDYDSFPAPVEGYNGKPSVENKKDKNTTD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G442050`
TK1151 ID	TkA03G442050
OH-1004 ID	LXL04_009495
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	97.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G442050

位置 Chr03:110163633-110167118 (-)

描述 Similar to NBR1: Protein NBR1 homolog

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g24690`	自噬底物在液泡中通过非选择性自噬降解。	Plant NBR1 is a selective autophagy substrate and a functional hybrid of the mammalian autophagic adapters NBR1 and p62/SQSTM1.2011 · DOI: 10.4161/auto.7.9.16389 NBR1-mediated selective autophagy targets insoluble ubiquitinated protein aggregates in plant stress responses.2013 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1003196 E3 ubiquitin ligase CHIP and NBR1-mediated selective autophagy protect additively against proteotoxicity in plant stress responses.2014 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1004116

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009495 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006914 autophagy 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0016236 macroautophagy 生物过程

GO:0032480 negative regulation of type I interferon production 生物过程

GO:0032720 negative regulation of tumor necrosis factor production 生物过程

GO:0045087 innate immune response 生物过程

GO:0050687 negative regulation of defense response to virus 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0051258 protein polymerization 生物过程

GO:0071211 protein targeting to vacuole involved in autophagy 生物过程

GO:1900181 negative regulation of protein localization to nucleus 生物过程

GO:0000407 phagophore assembly site 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G24690

gga:419902

pon:100174370

sot:102582603

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.539

排名 1 · TkA03G442050 · TK1151

细胞核0.496

排名 2 · TkA03G442050 · TK1151

细胞膜0.098

排名 3 · TkA03G442050 · TK1151

内质网0.065

排名 4 · TkA03G442050 · TK1151

溶酶体／液泡0.036

排名 5 · TkA03G442050 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF17618SL4P5-93 aa

PF00564PB16-86 aa

PF25671T4_Tape_measure157-271 aa

PF00569ZZ332-366 aa

PF16158N_BRCA1_IG431-532 aa

PF16158N_BRCA1_IG548-571 aa

PF24932UBA_NBR1_C648-687 aa

PF22562UBA_7650-662 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G442050	`PF17618`	SL4P	5	93	0.32	11.8
TkA03G442050	`PF00564`	PB1	6	86	1.9e-09	38.0
TkA03G442050	`PF25671`	T4_Tape_measure	157	271	2.7	7.5
TkA03G442050	`PF00569`	ZZ	332	366	7.3e-09	36.0
TkA03G442050	`PF16158`	N_BRCA1_IG	431	532	8.9e-31	107.4
TkA03G442050	`PF16158`	N_BRCA1_IG	548	571	8.9e-31	107.4
TkA03G442050	`PF24932`	UBA_NBR1_C	648	687	5.4e-32	110.1
TkA03G442050	`PF22562`	UBA_7	650	662	0.00065	20.3
TkA03G442050	`PF00627`	UBA	652	681	0.00013	22.5
TkA03G442050	`PF00569`	ZZ	670	677	7.3e-09	36.0
TkA03G442050	`PF24932`	UBA_NBR1_C	690	727	5.4e-32	110.1
TkA03G442050	`PF22562`	UBA_7	693	719	0.00065	20.3
TkA03G442050	`PF00627`	UBA	694	709	0.00013	22.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SB64`	拟南芥	sp\|Q9SB64\|NBR1_ARATH Protein NBR1 homolog	37.600%	Swiss-Prot	中等置信

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